La présidence de Thomas Jefferson débuta le , date de l'investiture de Thomas Jefferson en tant que président des États-Unis, et prit fin le . Membre du Parti républicain-démocrate, Jefferson entra en fonction après avoir battu le président en exercice John Adams à l'élection présidentielle de 1800. Cette élection fut l'occasion d'un réalignement politique puisque le Parti fédéraliste fut balayé du pouvoir par les républicains-démocrates qui dominèrent la vie politique américaine durant toute une génération. Après avoir accompli deux mandats, Jefferson se retira de la sphère publique et fut remplacé par son secrétaire d'État James Madison, issu du même parti que lui.

À son arrivée au pouvoir, Jefferson était déterminé à démanteler le programme fédéraliste des années 1790. Son administration réduisit les impôts, les dépenses budgétaires ainsi que la dette nationale et annula les lois sur les étrangers et la sédition. Dans le domaine de la politique étrangère, les réussites les plus importantes de Jefferson furent l'achat de l'immense territoire de la Louisiane à la France en 1803, l'application d'un embargo commercial à l'encontre des Britanniques et des Français et le refroidissement des relations avec Londres, les États-Unis s'efforçant de faire respecter leur neutralité dans un contexte troublé par les guerres napoléoniennes en Europe. Jefferson ordonna la fondation d'une académie militaire et il utilisa la marine pour protéger les navires marchands américains des pirates barbaresques en Afrique du Nord. Il élabora également un plan visant à mettre les ports américains à l'abri d'une invasion étrangère par l'utilisation de petites canonnières — une précaution qui s'avéra inutile lors du déclenchement de la guerre de 1812. Il autorisa enfin l'expédition Lewis et Clark afin d'explorer le territoire de Louisiane et le Nord-Ouest Pacifique.

Au cours de son second mandat, l'attention de Jefferson fut en grande partie monopolisée par le procès de son ancien vice-président Aaron Burr, accusé de trahison mais qui fut en définitive acquitté, et par la question de l'esclavage, notamment en ce qui concernait l'importation d'esclaves depuis l'étranger. En 1806, il dénonça la traite négrière comme une « violation des droits de l'homme » et encouragea le Congrès à criminaliser cette pratique. Le Congrès répondit par l'adoption d'une loi interdisant l'importation des esclaves l'année suivante. L'accroissement des tensions entre les États-Unis et le Royaume-Uni domina la fin de son second mandat, la Royal Navy n'hésitant pas à enrôler de force des matelots américains et à attaquer des navires battant pavillon des États-Unis. Jefferson rejeta cependant le recours à la guerre et riposta par des sanctions économiques et des embargos qui finirent cependant par nuire davantage aux États-Unis qu'à la Grande-Bretagne. Les querelles avec la monarchie britannique se poursuivirent après le départ de Jefferson de la Maison-Blanche et débouchèrent sur la guerre anglo-américaine de 1812.

Jefferson, dont l'héritage a été diversement apprécié au cours des siècles, a laissé une forte empreinte dans la mémoire collective des Américains. En raison de sa contribution majeure à l'émergence de la philosophie politique républicaine de la nation, il est systématiquement évalué par les historiens, les politologues et l'opinion publique comme l'un des plus grands présidents de l'histoire américaine.

Élection présidentielle de 1800

vignette|Résultats de l'élection présidentielle américaine de 1800. Les chiffres indiquent le nombre de votes obtenus par les deux principaux candidats dans chaque État.

Jefferson s'était déjà présenté à l'élection présidentielle de 1796 sous l'étiquette du Parti républicain-démocrate, mais avait terminé deuxième derrière John Adams, candidat du Parti fédéraliste. Selon les règles en vigueur à l'époque, Jefferson devint donc vice-président des États-Unis. Cela posa un certain nombre de problèmes car Jefferson était farouchement opposé au programme des fédéralistes, notamment les lois sur les étrangers et la sédition, ce qui contribua à accroître les tensions à travers le pays. Jefferson et Adams furent de nouveau désignés pour représenter leurs partis respectifs à l'élection présidentielle de 1800 ; chez les républicains-démocrates, Aaron Burr fut choisi pour briguer la vice-présidence. La campagne d'Adams fut fragilisée par l'impopularité des mesures fiscales mises en place sous son mandat et par la controverse qui entourait son attitude au cours de la quasi-guerre au sein même du Parti fédéraliste ; .. De leur côté, les républicains-démocrates accusèrent les fédéralistes d'être secrètement partisans de la monarchie, alors que les fédéralistes firent circuler la rumeur selon laquelle Jefferson était un libertin impie complètement sous l'emprise des Français.

En vertu du système électoral en place à cette période, chaque membre du collège électoral avait la possibilité de voter pour deux candidats ; en cas d'égalité, ces derniers devaient être départagés par la Chambre des représentants. Jefferson et Burr obtinrent chacun 73 votes de grands électeurs, Adams finissant troisième avec 65 votes. Ce fut donc la Chambre des représentants, contrôlée par les fédéralistes, qui dut déterminer qui, de Jefferson ou de Burr, devait accéder à la présidence. Certains fédéralistes étaient prêts à voter pour Burr mais la principale figure du parti, Alexander Hamilton, s'exprima franchement en faveur de Jefferson. Au tour de scrutin, grâce à l'abstention d'un nombre suffisant de délégués fédéralistes, Jefferson fut élu président des États-Unis. Ce dernier qualifia sa victoire de « seconde révolution de l'Amérique » et afficha son intention de transformer le pays en limitant l'action du gouvernement et en affaiblissant le pouvoir des élites.

Cérémonie d'investiture

La première investiture de Thomas Jefferson, le , fut la première à se tenir dans la nouvelle capitale fédérale, Washington, D.C... La journée commença par une salve d'artillerie tirée par une batterie disposée sur Capitol Hill. Jefferson créa un précédent en faisant parvenir une copie de son discours au National Intelligencer afin qu'il fût publié immédiatement après la cérémonie.. Sa déclaration, longue de mots, fut prononcée devant les sénateurs réunis au Capitole des États-Unis. Il défendit le principe d'un et plaida en faveur de l'unité nationale, déclarant notamment : « nous sommes tous des républicains, nous sommes tous des fédéralistes » ; toutefois, piètre orateur, peu de gens purent entendre ses paroles. Son discours n'en fut pas moins largement diffusé à travers le pays par les républicains-démocrates qui y voyaient une affirmation claire des principes du parti. Pour l'historien Claude Fohlen, cette adresse fut . La prestation de serment se déroula sous l'autorité du juge en chef John Marshall. Le président sortant John Adams avait quitté Washington plus tôt dans la journée et n'assista pas à la cérémonie.

Composition du gouvernement

En , Jefferson arrêta définitivement la composition de son cabinet, qui rassembla en définitive le secrétaire d'État James Madison, le secrétaire au Trésor Albert Gallatin, le secrétaire à la Guerre Henry Dearborn, le procureur général Levi Lincoln et le secrétaire à la Marine Robert Smith. Le vice-président Burr, qui avait maintenu sa candidature face à Jefferson lors de l'élection à la Chambre des représentants, n'obtint aucune responsabilité au sein de la nouvelle administration. Sous son mandat, Jefferson collabora étroitement avec ses ministres qu'il avait pour habitude de consulter avant toute prise de décision. Il préférait toutefois les entretiens en tête-à-tête aux séances collégiales et le cabinet ne fut que rarement réuni au cours de son mandat. Gallatin et Madison, à la tête des deux principaux ministères, s'affirmèrent rapidement comme les figures les plus influentes de l'administration et comme de proches conseillers du président.

Au moment de l'investiture de John Adams en 1797, celui-ci avait gardé la plupart des individus nommés par son prédécesseur George Washington au sein de son gouvernement. À l'inverse, l'élection de Jefferson en 1800 fut une transition non seulement présidentielle mais partisane. En tant que chef du pouvoir exécutif, Jefferson profita du fait qu'il était autorisé à nommer ses partisans à divers postes occupés jusqu'à présent par les fédéralistes pour renouveler la totalité de son cabinet. Il s'opposa au renvoi de l'ensemble des fonctionnaires fédéralistes comme le réclamaient certains républicains-démocrates mais n'hésita pas à congédier, parmi ces employés, ceux qui avaient fait preuve de mauvaise conduite ou d'esprit partisan. La décision de Jefferson de conserver au moins en partie les fonctionnaires de la précédente administration fut suivie par ses successeurs jusqu'à l'élection d'Andrew Jackson en 1828.

vignette|Le président Thomas Jefferson. Huile sur acajou de Gilbert Stuart, National Portrait Gallery, Washington, D.C..

Cabinet JeffersonFonctionNomDatesPrésidentThomas Jefferson1801-1809Vice-présidentAaron Burr1801-1805 George Clinton1805-1809Secrétaire d'ÉtatLevi Lincoln1801 James Madison1801-1809Secrétaire au TrésorSamuel Dexter1801 Albert Gallatin1801-1809Secrétaire à la GuerreHenry Dearborn1801-1809Procureur généralLevi Lincoln1801-1805 John Breckinridge1805-1806 Caesar A. Rodney1807-1809Secrétaire à la MarineBenjamin Stoddert1801 Robert Smith1801-1809

Aspects judiciaires

Dans les derniers jours de sa présidence, Adams avait nommé de nombreux juges fédéraux pour combler les postes créés par la loi sur la magistrature de 1801. Les républicains-démocrates furent outrés par la nomination de ces « juges de minuit », presque tous fédéralistes. Jefferson et ses alliés cherchèrent à faire abroger la loi, d'une part parce que la création de nouveaux postes était inutile à leurs yeux et d'autre part pour affaiblir l’influence des fédéralistes sur les tribunaux. Le Parti fédéraliste s'opposa vigoureusement à cette tentative en affirmant que le Congrès n'avait pas le pouvoir de supprimer des emplois judiciaires pourvus. En dépit de ces objections, les républicains-démocrates adoptèrent la loi judiciaire de 1802 qui rétablissait en grande partie le système judiciaire antérieur à la loi judiciaire de 1801. L'administration Jefferson refusa également d'entériner la nomination de magistrats dont la candidature avait été validée par le Sénat sous le mandat précédent, mais qui n'étaient pas encore officiellement entrés en fonction. L'un d'eux, William Marbury, attaqua en justice le secrétaire d'État Madison pour l'obliger à honorer sa nomination. La Cour suprême trancha en faveur du gouvernement dans l'arrêt Marbury v. Madison de 1803 mais affirma la capacité des tribunaux à juger de la conformité des lois à la Constitution, renforçant ainsi le pouvoir judiciaire.