La baie de Magdalena (en espagnol Bahía Magdalena) est une baie de la côte pacifique de la presqu'île mexicaine de Basse Californie (État de Basse-Californie du Sud). Longue de , elle est protégée de l'océan Pacifique par la barrière sablonneuse des îles Magdalena et Santa Margarita.
La baie est un lieu de migration saisonnière des baleines grises qui y viennent passer l'hiver.
En 1908, 16 navires de guerre américain de la Grande flotte blanche y fit relâche et y pratiqua des tirs d'entrainement.
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