bélyegkép|jobbra|300px|A Ħal Saflieni-i hipogeum Málta szigetein alakult ki Európa egyik legkorábbi fejlett kultúrája, amely a szigeteken ma is megtalálható megalitikus templomok és föld alatti sírok építésével érte el csúcspontját. A hatalmas kőtömbökből alkotott épületeket létrehozó kultúra egy évezrednyi virágzás után akkor tűnt el, amikor az egyiptomi fáraók hozzákezdtek a piramisok, vagy Britannia őslakói Stonehenge építéséhez. Ezután primitívebb, bronzot használó népek telepedtek meg. Tőlük már fennmaradtak települések és főként temetők is, ám életükről ugyanúgy keveset tudunk, mint a korábbi korok népeiről. Feltehetőleg hozzájuk köthetők a szigeteken mindenütt előforduló ún. keréknyomok is.
Málta szigetei bélyegkép|jobbra|250px|Málta műholdfelvételen Málta szigetcsoportja három nagy és jó néhány kisebb szigetből és sziklából áll. Fő szigetei Malta (243 km²), Għawdex (Gozo, 68,7 km²), Kemmuna (Comino, 3,5 km²), Kemmunet (Cominotto vagy Cominetto, 0,25 km²), Il-Gżira ta' Manwel (Manoel-sziget, Manoel Island, 0,2 km²), Filfla (0,06 km²), Il-Gżejjer ta' San Pawl (másik nevén Selmunett; Szent Pál-sziget, St. Paul's Island, 0,01 km²) és az Il-Ġebla tal-Ġeneral (Generális-szikla, Fungus Rock). A szigetek réteges felépítésűek, üledékes kőzetei 40-15 millió évvel ezelőtt rakódtak le a harmadkorban összezáródó Tethys-óceánban. Az alapot és a felszínt kemény mészkő alkotja, amely puhább kőzetek rétegeit fogja közre. A sorrend a felszíntől lefelé: korallmészkő, zöld homokkő, kék agyag, globigerinás mészkő és végül ismét korallmészkő. A felszínt számos törésvonal szabdalta, ezek főként Malta északi részén jól felismerhetők. A felszín további jellemzői az esővíz vájta völgyek (wied). Éghajlata mediterrán, évi csapadékmennyisége 560 mm. A növényzet kezdetben jóval sűrűbb volt, mint amilyennek ma ismerjük, ám a földműveléssel nagy területekről eltűnt a talaj, így már az őskor végére eltűnt a természetes növénytakaró.
Kutatás és datálás bélyegkép|jobbra|300px|Ħaġar Qim Jean-Pierre Houël grafikáján, 1776-ban bélyegkép|jobbra|300px|Brochtorff akvarellje a bedöntött xagħrai kőkörről bélyegkép|jobbra|300px|Sátortető a Ħaġar Qim templom fölött Málta őskori emlékeire elsőként a 17. században előkerült Ħaġar Qim megalitikus templom romjai hívták fel a figyelmet. A következő századra már több templom létére is fény derült, ám azon kívül, hogy feltehetőleg építőanyag-forrásként hasznosították őket, nem foglalkoztak velük. Az első "ásatások" lényegében a helyszíneken talált összes mozdítható törmelék és maradvány elszállítását jelentették. Így bontották le a xagħrai kőkört 1826-ban, ürítették ki a Ġgantiját 1827-ben, Ħaġar Qim romját 1839-ben, Mnajdrát 1840-ben. Emiatt váltak különösen értékessé azok a grafikák, festmények, amelyek még e munka előtt ábrázolják az épületeket. A legfontosabbak ezek közül Charles Brochtorff festményei, amelyek nélkül nem tudnánk, hogy nézett ki beomlása előtt a xagħrai kőkör hipogeuma.
1896-ban A. A. Caruana öt megalit-csoportot vizsgált a Paola külterületén lévő Corradino/Kordin Heights nevű részen.
Az 1900-as évek elején először Emmanuel Magri atya írt le több emléket, köztük a Ħal Saflieni-i hipogeumot és az időközben elpusztult xewkijai megalitikus romot, majd Sir Themistocles Zammit folytatott kiterjedt ásatásokat, főleg az akkoriban felfedezett helyszíneken (Ħal Saflieni, 1906; Tarxien, 1915-1917; Ta' Ħaġrat, 1925). Sir Thomas Ashby hármat talált meg a Caruana által leírt Kordin-megalitok közül, ezeket ásatta 1908-1909-ben, a Santa Verna templomot 1911-ben, majd Debdieba (Luqa) romjait 1914-ben. 1917-ben Ħal Ġinwinél egyértelműen templomkori, ám nem templomszerű épület romjai kerültek elő, ezek mibenlétét máig sem sikerült tisztázni. 1928-ban fedezték fel Buġibba templomát.
A második világháború nem okozott maradandó károkat a maradványokban, bár Kordin III közvetlen bombatalálatot kapott.
Az 1950-es évektől újabb ásatási és rekonstrukciós hullám indult el. 1955-ben Sir John Evans kutatta a xemxijai sírokat. A 60-as években kutatták először a Ta' Skorba templomokat, illetve ekkor zajlottak a Tarxien és Ħaġar Qim templomok rekonstrukciós munkái. 1964-ben Joseph Attard Tabone azonosította újra az 1826-ban betemetett xagħrai kőkört.
1987 és 1994 között végre szabályos ásatások kezdődtek a xagħrai kőkör hipogeumában is.
A 20. század végére fontossá vált az állagmegóvás kérdése. A 200 éve szabadon álló romokon ugyanis látványos pusztítást végzett az időjárás. Mnajdra ráadásul 2001-ben vandál pusztítás áldozata lett. Első lépésként sor került előbbi, valamint a Ħaġar Qim rom befedésére, egy fémszerkezetre húzott ponyvával, amely megvédi őket az időjárástól. Azonban további határozott lépésekre lenne szükség, mert nem utolsósorban a magánkézben lévő épületek (Ta' Marżiena vagy Tal-Qiegħan és L-Imrejżbiet) elpusztítását egyelőre semmi nem akadályozza.
Málta őskorának korszakolása Málta őskori emlékeinek datálásában nagy szerepe volt a szicíliai neolitikus maradványokkal való összehasonlításnak, a radiokarbon kormeghatározásnak és a fák évgyűrűi alapján számított korszakolásnak (ld. következő fejezet). A máltai őstörténetnek a kerámiák díszítésére támaszkodó korszakolását Sir John Evans vetette fel először az 1950-es években, ez ma is a datálás egyik fontos segítsége. Málta őskorának szakaszait (más megfogalmazásban fázisait) az első vagy legjellemzőbb ahhoz köthető lelőhelyről nevezték el. A neolitikus kort alapvetően két szakaszra osztja a templomok megjelenése. Korábbi szakaszait a cseréptöredékek lelőhelyeinek, a templomok korának szakaszai a két legfontosabb templom nevével jelölik. A bronzkori szakaszok neveit ismét a legjellemzőbb lelőhelyek adták.
Málta őskorának szakaszai két kutató összehasonlítása alapján a következők:
KorszakSzakaszIdőtartam David H. Trump szerintIdőtartam Brian Blouet szerint Neolitikum Għar Dalam Kr. e. 5000-4300 Kr. e. 5200-4500 Szürke Skorba Kr. e. 4500-4400 Kr. e. 4500-4400 Vörös Skorba Kr. e. 4400-4100 Kr. e. 4400-4100 Templomok kora Żebbuġ Kr. e. 4100-3700 Kr. e. 4100-3800 Mġarr Kr. e. 3800-3600 Kr. e. 3800-3600 Ġgantija Kr. e. 3600-3200 Kr. e. 3600-3300/3000 Saflieni Kr. e. 3300-3000 évszám nélkül említi Tarxien Kr. e. 3150-2500 Kr. e. 3300/3000-2500 Bronzkor Tarxien temető Kr. e. 2400-1500 Kr. e. 2300-1450 Borġ-in-Nadur Kr. e. 1500-700 Kr. e. 1450-800 Baħrija Kr. e. 900-700 Kr. e. 900-800
Datálási módszerek A különböző maradványok korát többféleképpen lehet meghatározni. Legegyszerűbb lenne az írásban rögzített események értelmezése, ám az őskorban az írás még nem terjedt el, Máltán pedig még az ókor első 5-700 évéből sincsenek írásos emlékek.
Ezek híján más módszerekre van szükség. Egyszerű logikai módszer a lelőhely talajrétegeinek sorrendjéből meghatározni a maradványok egymáshoz viszonyított korát. Ez - a megbolygatott helyszínek kivételével - legtöbbször biztos eredményt garantál. A másik hasonló lehetőség a fák évgyűrűi alapján az évek kiszámítása. Lehetőség van az ember-készítette tárgyak összevetésére más - esetleg már biztosan datált - lelőhelyen találtakkal vagy helyben talált, de máshol készültekkel, egyezés esetén ez is segíthet a korszakolásban.
Az egyik általánosan elfogadott műszeres módszer a radiokarbonos kormeghatározás. Ennek segítségével a fennmaradt szerves anyagok kora határozható meg, amelyek aztán datálják azt a talajréteget is, amelyben találták őket. A különböző módszerek párhuzamos használatával és az eredmények összevetésével finomítható a tárgyak és korszakok datálása.
Dmitri Bekh-Ivanov elmélete A 20. században elfogadottá vált a keréknyomokkal kapcsolatban az az elképzelés, hogy a vizes környezetben a puha kőbe vájt nyomok csak a levegőn keményedtek mészkővé. Dmitri Bekh-Ivanov orosz geológus ebből kiindulva az eddigi legkomplexebb - bár helyenként ingatag - elméletet dolgozta ki a kőkori emlékek kialakulásáról. Azzal egészíti ki a mészkő megszilárdulásának magyarázatát, hogy a Málta körüli tenger vízszintje - és ezzel Málta partvonala - Kr. e. 5000 körül állapodott meg a mai formájában, a nyomok létrejöttének idején Málta szigetei épphogy csak kiemelkedhettek a tengerből, így a ma 250 méter magasan lévő vájatok is a tengerpart közelében lehettek. Az azóta eltelt idő rövidségét kevéssé tudományos, szinte mitikus módokon magyarázza, ám tény, hogy a Földközi-tenger visszahúzódása vagy előretörése illetve Afrika közeledése hatalmas nyomáskülönbséget okozhatott a kőzetlemezben, ami a törésvonalak mentén kiválthatta egyes lemezdarabok (a szigetek, illetve a mai dombtetők) geológiailag nagyon gyors kiemelkedését is. Más területek törésvonalainál ez természetesen fordítva is bekövetkezhetett, így egy Szicília-Málta földhíd esetleges lakói valódi "bibliai" özönvizet élhettek át.
A keréknyomok az ő elmélete szerint a tektonikai változások miatt a tengertől távol került lakosok költözési útvonalai. A néhány nap alatt lezajló kiemelkedés (amely egyből mai magasságukra emelte volna a szigetek déli szikláit), elvágta az őskori embereket a víztől, ezért - és mivel a meredek sziklafalak szélére kerültek - a tengerhez közelebb kellett költözniük. Szánjaikat, csónakjaikat erre vontatták le a vízhez, még mielőtt az üledékes felszín kemény kővé szilárdult volna. Ez azt jelenti, hogy sok útvonalat csak egyszer használtak. Ezt azzal támasztja alá, hogy a nyomok szinte mindenütt a tenger felé vezetnek. Az egyik napról a másikra történő kiemelkedésnek a bizonyítékát abban is látja, hogy a déli part két sziklasora közti nyomok nem a tengerhez tartanak, sem a felső sziklaperem felé, hanem Misraħ Għar Il-Kbir irányába, ahol a felső sziklafal megszűnik. A szűk sziklapárkányon sem kőfejtő, sem templom nincs, más esetben tehát felesleges lett volna ide utat taposniuk. Az itt rekedt emberek viszont itt visszajuthattak a szigetre, és északon a lejtő felé haladhattak tovább. A költözés idején létező tómaradványok (növényekkel benőtt iszapos medencék) magyarázatot adhatnak arra is, miért tűnnek el, majd jelennek meg újra a nyomok, ugyanis a vastag iszapban a szánok talpa nem mindenhol érhette el a mészkő felszínét. Ugyanez lehet az oka annak is, hogy nincs nyoma a vájatokból kipréselt anyagnak, és hogy a nyomok - a beléjük folyt iszap miatt - megmaradtak, amíg a kőzet megszilárdult.
Bekh-Ivanov azonban nem áll meg itt, az éppen megszilárduló kőzetben magyarázatot talál a Máltán gyakori barlangokra is: a megszilárdult felszín alatt az akkori emberek felfedezték a puhább üledéket, amelybe barlangokat tudtak vájni, a kemény külső részt mennyezetnek használva. Ezzel magyarázza olyan szerkezetek kialakítását is, mint a xagħrai kőkör hipogeuma vagy a xemxijai sírok. A puha kőzetben akár ásóval is kivájható termek között oszlopokat hagytak, hogy a mennyezetet tartsa, ám ahogy lefelé megszilárdulva a kőzet nyomása egyre nagyobb lett a lent még mindig puha agyagon, a mennyezetek itt-ott beomolhattak. A Ħal Saflieni-i hipogeum több szintjét úgy értelmezi, hogy amint a felső réteg falai megszilárdultak, az emberek a mélyebben lévő, még puha kőzetbe újabb szintet vájhattak.
A templomok építéséhez használt köveket is hasonló forrásból származtatja: a megkövesedő felső réteget csak le kellett emelni az alatta lévő képlékeny agyagról, és élére állítani. Ez magyarázatot adna arra is, miért nem látszanak a nyers kőből épült templomok (Ġgantija, Ta' Ħaġrat) kövein a véső szerszámok nyomai, amelyek minden, az őskor óta megmunkált kövön megfigyelhetők. Ráadásul a több méteres köveket közvetlenül a helyszínen "termelhették ki", a messziről szállított, felső köveknek már nem kellett hatalmas méretűnek lenniük. A puha agyagot kődarabokkal elkeverve pedig létrehozhatták a torbát, azt az egyenletesen elterülő mesterséges kőzetet, amellyel a templomok padlóját borították.
Málta első lakói bélyegkép|jobbra|300px|Għar Dalam barlangja