Pécs története a jelenlegi baranyai megyeszékhely, illetve a korábban Sopianae névre hallgató ókori római, még korábban pedig kelta település történelmére vonatkozik. Miután 1543-ban elfoglalták az oszmán hódítók, megerősítették Pécset, és igazi keleti várossá formálták. A templomokat mecsetté alakították (törökül cami, ejtsd dzsámi – két dzsámi ma is áll, de az egyik mára keresztény templom lett). Badeni Lajos serege 1686. október 14-én elfoglalta a várost a törököktől. Pécs 1780-ban szabad királyi városi rangot kapott a királytól.
Pécs nyerte el 2005. október 19-én a 2010-es Európa kulturális fővárosa (EKF) címet (megelőzve Miskolc és Eger városát), ennek keretében hatalmas projektekkel látott neki a város önkormányzata a fejlesztésekhez, úgymint egy koncertközpont, egy tudásközpont és a Zsolnay Kulturális Negyed
Az ókori római és a kora középkori város bélyegkép|balra|296 után Sopianae lett Valeria fővárosa bélyegkép|jobbra|Az ókeresztény sírkamra fölé emelt kápolna maradványai A mecseki, mélyvölgyi barlangban 60-80 ezer évvel ezelőtti telep nyomaira bukkantak, a Makár-hegy körülbelül hatezer éves neolitikus településnek adott otthont, a Jakab-hegyen pedig kelta sáncrendszerek maradványira találtak rá a régészek. A vonaldíszes kerámia népe lakta ezt a környéket először, magaslati településük a Makár-hegy fennsíkján terült el. A rómaiak előtt (a keltákon kívül) illírek is laktak a környéken.
Sopianae városát a rómaiak alapították a Kr. u. első század második felében, amikor a Dunántúl a Római Birodalom Pannonia provinciája volt. Városi rangot csak később kapott Hadrianus császár uralkodása idején (117–138). A név a mocsarat jelentő kelta „sop” szó többes számából eredhet. Sopianae központja ott volt, ahol ma a Postapalota áll. A római vízvezeték egyes részei a mai napig láthatóak. Amikor Pannoniát négy részre osztották, a 3. század végén Diocletianus ideje alatt, Sopianae lett a Valeria nevű tartomány fővárosa. A tartomány nevét, Galerius Maximianus (kb. 250–311. május 5.) császár feleségének nevéről kapta. 2008 őszén a volt központtól több mint egy kilométerre, a Balokányban római leletekre bukkantak. Ezek már egyértelműen a római városon kívül helyezkedtek el. Sopianae a rómaiak idejében 8-10 ezer fős város volt.
A 4. század első felében terjedt el a kereszténység. Az első keresztény temetők a városban ebben a korban keletkeztek, azon a helyen, ahol ma a székesegyház áll.
A század végére a barbár betörések és a hunok hódításai következtében a rómaiak hatalma gyengült a térségben. Amikor Nagy Károly csapatai megérkeztek, a várost már avarok és szlávok lakták. Nagy Károly rövid időre a Frank Birodalomhoz csatolta a területet. Egyházi szempontból a salzburgi püspökséghez tartozott.
A kora középkorban egy salzburgi dokumentum említi először a várost Quinque Basilicae („öt székesegyház”) néven, 871-ben. A név utalhat arra, hogy a város templomainak építésekor öt ókeresztény kápolna köveit használták fel, de a város északnyugati határában létesített „központi” temetőre is.
A város a középkorban bélyegkép|200px|A székesegyház altemploma bélyegkép|balra|200px|Régi városfal Pécs belvárosában, a Citrom utcában
A honfoglalás után nem Pécs, hanem a közeli Baranyavár lett az újonnan megalapított Baranya vármegye központja, Pécs azonban fontos egyházi központ, püspöki székhely maradt. Latin nyelvű dokumentumok Quinque Ecclesiae („öt templom”) néven említik. I. István király 1009-ben megalapította a pécsi püspökséget.
Orseolo Péter magyar király idején épült a pécsi székesegyház, amely végül az uralkodó temetkezési helye is lett. 1064-ben itt koronázta meg Salamon királyt Szent Mór pécsi püspök. Abban az évben a király itt ünnepelte a húsvétot, miután kibékült unokatestvérével, a későbbi I. Géza királlyal. A rákövetkező napon a katedrális leégett és csak ezután épült a ma is létező székesegyház.
A várost 1235-ben említik először Pécs néven; egy feljegyzésben fordul elő a Pechyut (pécsi út) név. A városban több szerzetesrend is megtelepedett, elsőként a bencések 1076-ban. 1181-ben már ispotály állt a városban. Az első dominikánus kolostor 1238-ban épült Pécsett. Ekkoriban a városnak nem lehetett kőből épült várfala, ugyanis 1242 február végén Pécset könnyen elfoglalták és kifosztották Batu kán csapatai.Pécs ezer éve, 30. oldal
Nagy Lajos 1367-ben egyetemet alapított Pécsett, alkancellárja, Vilmos pécsi püspök tanácsára. Ez volt Magyarország első egyeteme. V. Orbán pápa által kiadott alapító oklevele nagymértékben hasonlít a bécsi egyetemére, kijelenti, hogy az egyetemnek a teológia kivételével minden tudomány oktatásához joga van. A tanárok domonkos szerzetesek voltak, ám ennél több adat jóformán nem maradt fenn. Azt sem tudni, hogy pontosan hol állt az egyetem és pontosan mennyi ideig. Az utolsó hiteles adat az egyetemről 1464-ből való. 1387 áprilisában Horváti János és Palisnai János vránai perjel megtámadta a várost, nagy pusztítást okoztak, lerombolták a templomokat, kolostorokat, felperzselték a házakat, de a várat nem vették be. A támadás oka a mai napig nem ismert, viszont Horváti Jánost nem sokkal később kivégezték.
Kedves tartózkodási helye volt e város Mátyás királynak, s fia is, Corvin János herceg, a sárvári ütközet után a megmentett koronával ide menekült, Zsigmond püspökhöz. 1459-ben Janus Pannonius humanista költő lett Pécs püspöke; ő tovább erősítette a város kulturális jellegét. 1476-ban itt ülésezett az országgyűlés is. 1495-ben II. Ulászló magyar király és a török porta itt három évre fegyverszünetet kötött, a mohácsi vész után azonban Nagy Szulejmán seregei kifosztották Pécset, lemészárolták a lakosságot, és felégették a várost.
Pécs a török uralom idején
bélyegkép|jobbra|Jakováli Hasszán dzsámija a Kórház téren bélyegkép|jobbra|A Barbakán bélyegkép|jobbra|Dóm tér: a káptalani levéltár homlokzata a székesegyház oszlopai mellől nézve
Az ország véleménye megosztott volt abban a tekintetben, ki legyen a magyar király. Pécs városa Habsburg Ferdinándot támogatta, Baranya vármegye többi része azonban Szapolyai Jánost. 1527 nyarán Ferdinánd legyőzte Szapolyai seregeit, és november 3-án megkoronázták. Ferdinánd megjutalmazta a várost hűségéért, és az 1528 februárjában kiadott két oklevelében felmentette a várost 12 évnyi adózás alól, és ezzel lehetőséget nyújtott a város újjáépítésére és megerősítésére.Pécs ezer éve, 63. oldal
1529-ben a törökök újra elfoglalták Pécset, és Bécs ellen vonultak, de nem sikerült elfoglalni a várost. 1532 ismét próbálkoztak a Habsburg főváros elfoglalására. Ekkor török nyomásra a város elfogadta Jánost királynak, aki egy hónapot élt a városban 1533 tavaszán.Pécs ezer éve, 64. oldal 1540-ben a király meghalt. 1541-ben a törökök csellel elfoglalták Budát, és utasították Izabellát, János özvegyét, hogy adja nekik Pécset, amely stratégiai fontossággal bírt. A lakosok az ellenállás mellett döntöttek, sikeresen meg is védték a várost, és hűséget esküdtek Ferdinándnak, aki eleinte segítette őket, később azonban tanácsadói javaslatára inkább Székesfehérvárra és Esztergomra összpontosított. Pécs lakói tudták, hogy Ferdinánd segítsége nélkül nem tudják tartani a várost, ezért 1543. július 20-án önként megnyitották a kapukat az Gázi Kászim bég előtt.Pécs ezer éve, 65. oldal
Miután elfoglalták, az oszmán hódítók megerősítették és igazi keleti várossá formálták Pécset. A templomokat mecsetté alakították (, ejtsd dzsámi) – két dzsámi ma is áll, de az egyik mára keresztény templom lett. Ezenkívül török fürdők, türbék épültek, Korán-iskolákat alapítottak (medresze), a Tettyén szufi kolostort is építettek (tekke). Pecsuj (Pécs) jelentős balkáni kereskedővárossá alakult, amelynek szépségét a híres török utazó, Evlija Cselebi Isztambulhoz hasonlítja. Kiemeli a tiszta vizű patakok jelenlétét és fontosságát a városban. Mint gazdag oszmán kereskedőváros, Pécs száz éven át a béke szigete volt a körülötte forrongó, háborús zűrzavarban.
Pécs lett a 16. század végén az unitarizmus egyik központja. A Mindenszentek templomát 1570-től egészen 1691-ig használták. A városban lelkészképzés is folyt a helyi unitárius főiskolán, 1588-ban hitvitát (Pécsi Disputa)is tartottak Skaricza Máté ráckevei reformátorral és Válaszuti György pécsi pécsi unitárius lelkésszel,Pécs ezer éve, 80. oldal a pécsi polgárokkal és unitárius lelkészekkel.
Székely Mózes erdélyi fejedelem is felkereste a Krími Kánság vezetőjét Pécsen, 1602–1603 telén. Gázi Giráj kánnal folytatott megbeszéléseit Pecevi Ibrahim írta le a Tarih-i Pecevi című, Isztambulban megjelentett művében. Erre a leírásra tesz utalást Várfalvi Nagy János is. Székely Mózes Pécsről még ugyanazon a télen, novemberben vagy decemberben Isztambulba ment, hogy személyesen kérje fejedelmi kinevezésének megerősítését a szultántól.
1664-ben Zrínyi Miklós seregei Pécshez értek. Zrínyi tudta, hogy ha beveszi is a várost, nem tudja tartani, olyan mélyen volt bent oszmán területen. A Mecsekről mozsárágyúkkal lövette szét, majd kifosztotta és felégette; a várát viszont nem sikerült bevennie. A középkori Pécs ezzel el is pusztult (lásd bővebben: Pécs ostroma 1664-ben).
Buda felszabadítása után (1686) a keresztény sereg Pécs felszabadítására indult. Az elővéd be is tört a városba, és kifosztotta, ugyanis a falakat nem erősítették meg az évek során. A törökök látták, hogy nem fogják tudni tartani a várost, ezért felégették, és behúzódtak a várba. Badeni Lajos serege október 14-én elfoglalta a várost és lerombolta a várba vezető vízvezetéket. A bennrekedt törököknek így nem volt más választásuk, október 22-én feladták a várat is. A városban haditörvényszék uralkodott, Karl von Thüngen parancsnok irányítása alatt. A bécsi udvar először el akarta pusztítani a várost, de később úgy döntött, megtartja, hogy ellensúlyozza a még mindig török kézen lévő Szigetvár befolyását.
2011-es kutatások szerint a török korban Pécs lakosságának 2/5-e magyar volt és több mint fele délszláv. A város vezetői muzulmán délszlávok voltak.
A város újjászületése bélyegkép|balra|200px|A székesegyház belseje A város lassan újra fejlődésnek indult, de korábbi pompáját többé soha nem érte el. A fejlődést tovább lassította az 1690-es években kitört két pestisjárvány.
1688-ban a dél-német tartományokból telepesek érkeztek a városba az elmenekült és legyilkolt lakosság pótlására. Az elkövetkezendő időkben Pécs népességének körülbelül egynegyede volt magyar, a többiek németek, illetve délszlávok voltak. A fallal körülvett belvárosba jellemzően német lakosság költözött, a délszlávok a falon kívüli külvárosokban telepedtek le, míg a magyar kisebbség nagyrészt a város környéki szőlőhegyeken lakott. Pécs nem támogatta a Rákóczi-szabadságharcot, ezért II. Rákóczi Ferenc seregei 1704-ben kifosztották a várost.