Az Apró zöld emberkék az X-akták fontos epizódja, melyben először kap komolyabb súlyt a földönkívüli összeesküvés szál. Ennek megfelelően ez a rész a mytharc, vagyis a részeken átívelő történet része.
Cselekmény A film az 1977-es Voyager űrszonda indításával kezdődik, amely a híres "Aranylemez" felvételen a Földről az emberek hangját, zenéjét, képeit és békés szándékait jelző üzenetét viszi magával a csillagok közé, az idegenek számára. A jelenetet Mulder meséli el, közben hangot ad a meggyőződésének, hogy vannak, akik visszaüzennek. Ezzel Mulder nem csak a saját, de az egész Emberiség vágyát fejezi ki a bizonyosságra, hogy nem vagyunk egyedül.
Az előző évad záró epizódjában (A lombik) az X-aktákat lezárták, Scullyt és Muldert különválasztották. Mulder egy megfigyelési osztályon dolgozik, az ő intellektusával és kreativitásával nem csoda, hogy depressziós és frusztrált. Scully oktatóként dolgozik a Quantico Akadémián, de hiányzik neki a terepmunka és Mulder is.
Ebben a helyzetben Muldert egy új szereplő, Matheson szenátor hívja fel, aki politikailag és pénzügyileg is támogatja őt. Egy titkos információt oszt meg, mely szerint Arecibo (a NASA Costa Rica-i rádióteleszkóp állomása) egy ismeretlen eredetű jelet észlelt, amely visszasugározta az eredeti "Aranylemez" anyagát - mintha valaki válaszolt volna az Emberiség üzenetére. Mulder a hivatalos protokollok megkerülésével azonnal elindul a helyszínre. Ez talán az első alkalom, amikor látjuk, mennyi mindent hajlandó kockáztatni azért, hogy megtudja az igazságot (ebben az évadban erre számos további példa lesz).
Mulder tehát nem megy be dolgozni. Scully nem tudja, hol lehet, de aggódik és szeretne segíteni neki, ezért a lakásán kezd nyomozni. Miközben átnézi a számítógépét, és megtalálja az üzenetet, amit talán az idegenek küldtek, ügynökök jelennek meg, akik kérdőre vonják, hogy mit keres ott. Scully leleményesen kivágja magát a szituációból, és sikerül kimentenie a fontos nyomtatványt is. Eközben Mulder már a helyszínre érkezik, behatol a bázisra, ahol látja, hogy a gépek be vannak kapcsolva. Ekkor találkozik egy mexikói férfival, aki láthatóan nagyon ki van merülve és fél valamitől, de sajnos nem igazán értik meg egymást. A férfi egy idegen fejét rajzolja le Muldernek, azt mondja ilyen "emberekkel" találkozott.
Scully tovább nyomoz, az USA Obszervatórium egyik szakértője fedi fel neki, hogy a nyomtatott papíron idegen üzenetküldés lehet és hogy sok helyszínen folynak kutatások ez ügyben. A lehetséges helyszíneket a légiutasok listájával összevetve hamar rájön, hogy Mulder - álnéven - Costa Ricára utazott. Elhatározza, hogy követi, eközben egy jó trükkel lerázza az őt követő többi ügynököt.
Mulder a bázison kutat bizonyítékok után, amikor az üzenet ismét megszólal, ezúttal élőben. A mexikói férfi magánkívül lesz a félelemtől, és egy váratlan szélvihar ellenére kirohan az erdőbe. Mulder utánamegy, és megtalálja, de a férfi már halott. Megállapítja, hogy szó szerint halálra rémült. A nyomtató hirtelen megint köpni kezdi kifelé az üzenetet, kint nagy fény támad, az ajtó kitárul, Mulder pisztolya csütörtököt mond, és megpillant egy idegent az ajtóban. Nem tudjuk meg, ez a jelenet valóban megtörtént, vagy csak hallucináció, mert a következő jelenetben Scully ébreszti az ájult Muldert.
Perceken belül kormányügynökök lepik el a bázist, Scullyéknak menekülniük kell és csak az üzenetet tartalmazó mágnesszalagot tudják kimenteni. Hazaérve természetesen Muldert Skinner és a Cigarettás Férfi felelősségre vonja, de Muldert az kevésbé érdekli, mint a tény, hogy mágnesszalag letörlődött, teljesen üres. Semmit nem tud bizonyítani, ismét kezdhet mindent elölről. Mégis, visszatér a reménye és megerősödik a hite: "Te is megvagy, és én is megvagyok" - mondja Scullynak.
Kategória:X-akták