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La terza stagione della serie televisiva X-Files è andata in onda negli Stati Uniti su FOX dal 22 settembre 1995 al 17 maggio 1996.

In Italia è stata trasmessa su Italia 1 dal 22 settembre 1996 al 3 aprile 1997. Nella sua prima trasmissione italiana non è stato seguito l'ordine cronologico originale degli episodi; in particolare, i primi due episodi sono stati trasmessi circa a metà della stagione, preceduti dall'episodio 2x25, con il quale formano una storia unica.

nºTitolo originale Titolo italianoPrima TV USAPrima TV Italia 1 The Blessing Way Il rituale 22 settembre 1995 5 novembre 1996 2 Paper Clip Operazione Paper Clip 29 settembre 1995 3 D.P.O. Fulmini 6 ottobre 1995 22 settembre 1996 4 Clyde Bruckman's Final Repose Previsioni 13 ottobre 1995 5 The List La lista 20 ottobre 1995 29 settembre 1996 6 2Shy Liposuzione 3 novembre 1995 7 The Walk Fuori dal corpo 10 novembre 1995 6 ottobre 1996 8 Oubliette Rapimenti 17 novembre 1995 9 Nisei Autopsia di un alieno I 24 novembre 1995 26 novembre 1996 10731 Autopsia di un alieno II 1º dicembre 1995 11 Revelations Miracoli 15 dicembre 1995 13 ottobre 1996 12 War of the Coprophages Scarafaggi 5 gennaio 1996 13 Syzygy Congiunzione astrale 26 gennaio 1996 20 ottobre 1996 14 Grotesque Il volto del maligno 2 febbraio 1996 15 Piper Maru L'ufo degli Abissi I 9 febbraio 1996 12 novembre 1996 16 Apocrypha L'ufo degli Abissi II 16 febbraio 1996 17 Pusher Il persuasore 23 febbraio 1996 27 ottobre 1996 18 Teso Dos Bichos L'urna maledetta 8 marzo 1996 19 Hell Money Estrazioni macabre 29 marzo 1996 19 novembre 1996 20 Jose Chung's From Outer Space Dov'è la verità? 12 aprile 1996 3 dicembre 1996 21 Avatar Visite in sogno 26 aprile 1996 19 novembre 1996 22 Quagmire Il mistero del lago 3 maggio 1996 21 novembre 1996 23 Wetwired Messaggi occulti 10 maggio 1996 24 Talitha Cumi Il guaritore 17 maggio 1996 3 aprile 1997

Il rituale Titolo italiano alternativo: Il file da non aprire (seconda parte) Titolo originale: The Blessing Way Diretto da: R.W. Goodwin Scritto da: Chris Carter Trama Una squadra di soldati in mimetica, capitanata dall'Uomo che Fuma, è alla ricerca di Mulder e del nastro per computer creduto essere in suo possesso. Albert Hosteen e la sua famiglia vengono interrogati e picchiati, e Scully, la cui visita al carro ferroviario non l'ha condotta da nessuna parte, viene arrestata, perquisita e interrogata. Ma gli sforzi dell'Uomo che Fuma si rivelano vani. Presso la sede centrale dell'F.B.I., a Scully viene dato un permesso obbligatorio di assenza fino a quando una commissione non avrà chiarito la natura della sua insubordinazione. Dopo la lavata di testa, Scully ritorna a casa dalla sua famiglia. Dice a sua madre di aver sbagliato a contraddire i suoi superiori. Quando Scully ritorna a Washington, Frohike l'informa che Cervellone, l'hacker di computer che ha avuto accesso ai file MJ, è stato assassinato in maniera professionale da ignoti assalitori. Quando Scully avvisa Skinner delle novità, e ipotizza che Mulder e Cervellone potrebbero essere stati uccisi dagli stessi individui, Skinner si mostra interessato solo al nastro per computer scomparso. Nel frattempo, Albert e la sua famiglia indagano su delle poiane che volano in circolo sopra il deserto del Nuovo Messico. Trovano il corpo esanime di Mulder vicino ad un tunnel dalle parti della cava. Questo viene trasportato in un hogan Navajo, una cupola di fango simile ad un igloo, dove sul suo corpo viene compiuto un rituale di guarigione chiamato La Via della Benedizione. Mentre la cerimonia avanza, l'anima di Mulder incontra un ponte che si stende attraverso due mondi. Egli incontra la visione di Gola Profonda e quella di suo padre, così come quelle degli alieni intrappolati all'interno del carro merci. Nel terzo giorno del rituale, i Navajo vedono Mulder che riprende conoscenza. Mentre passa attraverso un posto di controllo della sicurezza presso la sede centrale dell'FBI, Scully fa suonare il metal detector. Una guardia della sicurezza avvicina una sonda alla sua nuca e di nuovo scatta l'allarme. Confusa, Scully va al laboratorio medico, dove un dottore rimuove un microchip che si trovava impiantato nel suo collo, appena sotto la pelle. Melissa convince sua sorella a far visita al Dott. Pomerantz, un ipnotista. Mentre è sotto ipnosi, Scully incontra delle visioni represse di uomini, luci ed allarmi. Dopo essersi ripreso dal suo incontro con la morte, Mulder ritorna a casa di sua madre a Martha's Vineyard. Cerca degli indizi su suo padre e la gente con cui lavorava, certo che tali informazioni lo guideranno alla sua sorella scomparsa, Samantha.Mentre partecipa al funerale del Sig. Mulder, Scully viene avvicinata da un uomo distinto. L'estraneo le dice che Mulder è morto, e che una squadra speciale sta per ucciderla. Più tardi, Skinner avvicina Scully fuori dal suo appartamento. I due vanno nell'appartamento di Mulder, dove una Scully molto diffidente e sospettosa estrae la pistola e chiede a Skinner di rispondere alle sue domande.Frugando, coperti dalle tenebre, nell'appartamento di Scully, Alex Krycek e il suo aiutante incontrano Melissa e, scambiandola per la sorella, esplodono un colpo di pistola su Melissa, che crolla sul pavimento.Mentre lo stallo tra Scully e Skinner continua, qualcuno si avvicina alla porta di ingresso dell'appartamento di Mulder. Prendendo di sorpresa Scully, Skinner riesce a disarmarla. Altri interpreti: Mitch Pileggi (Walter Skinner), Peter Donat (William Mulder), Floyd 'Red Crow' Westerman (Albert Hosteen), Melinda McGraw (Melissa Scully), Sheila Larken (Margaret Scully), Nicholas Lea (Alex Krycek), William B. Davis (L'Uomo che Fuma), Tom Braidwood (Melvin Frohike), Jerry Hardin (Gola Profonda), Alf Humphreys (Dott. Pomerantz), Dakota House (Eric Hosteen), Rebecca Toolan (Sig.ra Teena Mulder). Note: questo episodio è il seguito di Anasazi e prosegue in Operazione Paper Clip. — Nel gennaio del 1996 questo episodio insieme agli altri due è stato trasformato in un film e pubblicato in VHS col titolo X-Files: Il file da non aprire.

Operazione Paper Clip Titolo italiano alternativo: Il file da non aprire (terza parte) Titolo originale: Paper Clip Diretto da: Rob Bowman Scritto da: Chris Carter Trama Mentre lo stallo tra Scully e Skinner (dall'episodio precedente) continua, Mulder irrompe dalla porta di entrata del suo appartamento ed ordina a Skinner di lasciar cadere la propria arma. Skinner accetta, ed esibisce il disco per computer che contiene i file top secret del Dipartimento della Difesa sulla vita extraterrestre. Comprendendo che il disco è la sola prova che il trio ha per poter consegnare l'assassino del padre di Mulder alla giustizia, insiste per custodirlo lui stesso. Mulder e Scully esaminano un insieme di vecchie fotografie del Sig. Mulder con i suoi collegi statali. Con l'aiuto dei Guerrieri Solitari, Mulder e Scully identificano un uomo di nome Victor Klemper. Quest'ultimo è un criminale di guerra nazista ed un partecipante dell'Operazione Paperclip, un'operazione del governo degli Stati Uniti finalizzata a garantire un luogo sicuro ai criminali di guerra in cambio delle loro conoscenze scientifiche. Prima di intervistare Klemper, Scully viene a sapere che sua sorella Melissa è in condizioni critiche in un vicino ospedale, ma temendo un'imboscata dei sicari, Scully si unisce a Mulder nella ricerca di Klemper.Gli agenti riescono a far ricordare all'anziano Klemper alcune informazioni, tra cui che la foto di gruppo è stata fatta alla Strughold Mining Company nella Virginia dell'ovest, ed un suo riferimento alla costante di Nepero, la base di tutti i logaritmi naturali. Quando gli agenti visitano la sgangherata miniera, scoprono delle pesanti porte di metallo costruite sul roccioso lato della montagna. Gli agenti riescono ad avere accesso digitando la costante di Nepero su un tastierino numerico. All'interno, trovano dei corridoi apparentemente senza fine di archivi contenenti documenti e campioni di tessuto di centinaia di migliaia di cittadini americani. La loro ricerca viene interrotta quando un U.F.O. scende dal cielo. Nello stesso istante una squadra del governo circonda l'edificio. I soldati sparano contro Mulder che cerca di rifugiarsi. Lui e Scully trovano una via di fuga attraverso la quale giungono alla salvezza.Skinner va a far visita all'ospedale dove Melissa è ricoverata. Lì incontra la Sig.ra Scully, ed Albert Hosteen, che pregano per la guarigione di Melissa. Skinner è allertato da una ombrosa figura all'interno della stanza. In una buia tromba delle scale viene attaccato da Krycek e dal suo complice. I due sopraffanno Skinner e gli rubano il disco per computer.Mulder e Scully vanno a interrogare una seconda volta Klemper, ma quando arrivano, vengono informati dall'Uomo dalle mani curate che Klemper è morto. Mulder lo riconosce per uno di quelli della foto di gruppo di suo padre. L'Uomo dalle mani curate narra come, nel 1947, era stato riportato l'avvenuto recupero di un'astronave aliena del suo occupante in seguito all'incidente di Roswell, nel Nuovo Messico. Questo evento ha coinciso con l'avvio dell'Operazione Paper Clip. Mulder sospetta che Klemper sperimentasse la creazione di una super razza, un ibrido tra umani e alieni. Gli archivi immagazzinati nella montagna, Mulder comprende, sono il registro delle vaccinazioni di centinaia di milioni di americani che hanno ricevuto la vaccinazione per il vaiolo, un database del DNA, virtualmente di ogni persona nata dagli anni 50.Skinner minaccia di smascherare l'Uomo che Fuma se dovesse succedere qualcosa a Mulder o Scully. Rivela inoltre che Albert Hosteen, che ha letto il disco per computer, ha diffuso il contenuto dei file fra la sua gente Navajo attraverso l'antica tradizione orale, capitoli e versi, file per file. Più tardi, Mulder va a trovare Scully all'ospedale, e viene a sapere che Melissa è morta durante l'operazione.

Altri interpreti: Mitch Pileggi (Walter Skinner), Walter Gotell (Victor Klemper), Melinda McGraw (Melissa Scully), Sheila Larken (Margaret Scully), Nicholas Lea (Alex Krycek), William B. Davis (L'Uomo che Fuma), Tom Braidwood (Melvin Frohike), Dean Haglund (Richard 'Ringo' Langly), Bruce Harwood (John Fitzgerald Byers), Floyd "Red Crow" Westerman (Albert Hosteen), Rebecca Toolan (Sig.ra Teena Mulder). Note: questo episodio è il seguito di Anasazi e Il rituale. — Nel gennaio del 1996 questo episodio insieme ai due seguenti è stato trasformato in un film e pubblicato in VHS col titolo X-Files: Il file da non aprire.

Fulmini Titolo originale: D.P.O. Diretto da: Kim Manners Scritto da: Howard Gordon Trama Dopo essere stato in una sala giochi, un ragazzino viene ritrovato morto con il cuore scoppiato nel petto, come se fosse stato colpito da un fulmine. Mulder e Scully iniziano le indagini. I due agenti sono incuriositi dal fatto che ben cinque persone sono state colpite da un fulmine in una sola cittadina dell'Oklahoma. Poco tempo prima Darren Peter Oswald, un adolescente che vive nella zona, è sopravvissuto a una folgorazione e ora possiede poteri telecinetici ed è capace di attirare fulmini. Oswald prende di mira il marito di Sharon Kiveat, un'insegnante per la quale ha una cotta: manda in tilt i semafori di un incrocio in modo che l'uomo sia coinvolto in un incidente. Poi va da Sharon, sperando che la donna voglia stare con lui, ma lei fugge. Nel frattempo i sospetti di Mulder e Scully puntano proprio su Darren, dopo aver interrogato il suo amico Zero. Mulder cerca quindi di proteggere Sharon, ma lei scappa con Darren, fingendo di essere innamorata di lui, per paura che il ragazzo possa uccidere tutti con i suoi poteri. Mulder li segue e, quando Sharon gli confessa che non vuole stare con lui, Darren uccide lo sceriffo e poi viene arrestato da Mulder e Scully. Una volta in prigione, Darren viene custodito in una stanza a prova di alto voltaggio.