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Il 15 maggio 2006 la NBC ha annunciato il rinnovo del contratto dei diritti di Scrubs per un'altra stagione, la sesta, che avrebbe dovuto essere messa in onda negli Stati Uniti a partire da gennaio, cioè a metà stagione televisiva. La sesta stagione di Scrubs - Medici ai primi ferri tuttavia è iniziata il 30 novembre 2006.

nºTitolo originaleTitolo italianoPrima TV USAPrima TV Italia 1 My Mirror Image (part 2) Il mio riflesso allo specchio 30 novembre 2006 4 ottobre 2007 2 My Best Friend's Baby's Baby and My Baby's Baby Il bambino della bambina del miomigliore amico e il bambino della mia bambina 7 dicembre 2006 3 My Coffee Il mio caffè 14 dicembre 2006 11 ottobre 2007 4 My House Il mio House 4 gennaio 2007 5 My Friend with Money La mia amica con i soldi 11 gennaio 2007 18 ottobre 2007 6 My Musical Il mio musical 18 gennaio 2007 7 His Story IV La sua storia VI 1º febbraio 2007 25 ottobre 2007 8 My Road to Nowhere Il mio viaggio a vuoto 8 febbraio 2007 9 My Perspective La mia prospettiva 15 febbraio 2007 8 novembre 2007 10 My Therapeutic Month Il mio mese terapeutico 22 febbraio 2007 11 My Night to Remember La mia notte dei ricordi 1º marzo 2007 15 novembre 2007 12 My Fishbowl Il mio piccolo acquario 8 marzo 2007 13 My Scrubs I miei camici 15 marzo 2007 22 novembre 2007 14 My No Good Reason (part 1) Il mio nessun buon motivo 22 marzo 2007 15 My Long Goodbye (part 2) Il mio lungo addio 5 aprile 2007 29 novembre 2007 16 My Words of Wisdom Le mie sagge parole 12 aprile 2007 17 Their Story La loro storia 19 aprile 2007 6 dicembre 2007 18 My Turf War Il mio scontro territoriale 26 aprile 2007 19 My Cold Shower La mia doccia fredda 3 maggio 2007 13 dicembre 2007 20 My Conventional Wisdom Il mio congresso medico 10 maggio 2007 21 My Rabbit (part 1) Il mio coniglio 17 maggio 2007 20 dicembre 2007 22 My Point of No Return (part 2) Il mio punto di non ritorno 24 maggio 2007

Il mio riflesso allo specchio Titolo originale: My Mirror Image (part 2) Diretto da: John Inwood Scritto da: Tim Hobert

Trama J.D. si rende conto che sta per diventare padre; il dottor Cox è preoccupato all'idea che la sua rabbia influenzerà i suoi figli; Carla e Turk si organizzano per l'imminente arrivo del loro neonato; Elliot si sente tagliata fuori, in quanto è l'unica senza figli; l'inserviente medita se ha buttato via la sua vita. J.D., il dottor Cox e l'inserviente hanno a che fare con pazienti che sono ritratti dall'attore che interpreta il rispettivo personaggio (Zach Braff, John C. McGinley e Neil Flynn), come se si guardassero allo specchio. La paziente di J.D. è Ms. Zeebee (il cognome del personaggio è costituito dalle iniziali dell'attore interprete); il paziente del dottor Cox è "il signor Slydell" (come un personaggio di un suo precedente ruolo); il degente che stringe l'amicizia con l'inserviente si chiama O'Neil (come il nome di battesimo dell'attore): mentre l'inserviente tormenta J.D., il signor O'Neil è tormentato dalla mancata laurea in legge (in inglese "Juris Doctorate", abbreviato in J.D.). Alla fine dell'episodio, le facce dei pazienti si trasformano nelle facce dei personaggi principali correlati, rivelando loro la correlazione. Alla fine, Turk aiuta l'inserviente a giocare uno scherzo a J.D. trasformandolo in una bandiera.

Il bambino della bimba del mio migliore amico e il bambino della mia bimba Titolo originale: My Best Friend's Baby's Baby and My Baby's Baby Diretto da: Gail Mancuso Scritto da: Neil Goldman, Garrett Donovan

Trama Carla deve partorire e viene quindi ricoverata in ospedale. Turk e J.D. sono pronti per festeggiare l'evento con una banda musicale. J.D. e Kim intanto devono decidere se tenere o meno il bambino. Alla fine chiederanno consiglio a Jordan e decideranno di tenerlo. Turk rimane per sbaglio intrappolato nella macchina del ghiaccio, in quanto sarebbe servito a Carla per raffreddare la sua bibita. Per questo motivo non riuscirà a stare vicino a Carla fino al momento del parto, quando riuscirà a togliere la mano incastrata ed andare in sala operatoria e vedere nascere sua figlia. Isabella "Izzie" Turk è nata e tutto il Sacro Cuore fa le congratulazioni alla neo-mamma Carla e al neo-papà Turk.

Il mio caffè Titolo originale: My Coffee Diretto da: Rick Blue Scritto da: Tad Quill

Trama Al Sacro Cuore viene aperta una caffetteria. Elliot ha in cura un altro dottore, il dr. Turner, che preferisce fare un intervento rischioso piuttosto che far uso di medicinali. Carla intanto decide di prendersi un anno di ferie dal lavoro per stare con sua figlia Izzie e Turk non è per nulla felice di questa decisione. Alla fine il dr. Turner chiede a Elliot se vuole diventare un medico privato invece che lavorare sempre come comune medico al Sacro Cuore. Elliot accetta il nuovo lavoro. Kim informa J.D. che le è stato appena offerto un lavoro a Takoma, Washington.

Il mio House Titolo originale: My House Diretto da: John Putch Scritto da: Bill Callahan

Trama Al Sacro Cuore una donna viene ricoverata perché deve partorire, inspiegabilmente il marito è di colore arancione. Cox inizia quindi a cercare di capire perché questo accada, in quanto non c'è nulla che se ingerito o usato sulla pelle possa far diventare questa di colore arancione. Cox nota che l'uomo beve spessissimo succo di pomodoro e altrettanto spesso mangia delle carote. Elliot intanto è arrabbiata con Turk e quest'ultimo non riesce a capirne il motivo. L'Inserviente nel frattempo si è dato alla verniciatura e vernicia diverse stanze nell'ospedale. Sarà proprio la sua vernice a far capire a Cox come mai il suo paziente è arancione: il bere tantissimo succo di pomodoro può far diventare rossi, mentre una persona che mangia tantissime carote diventa gialla. Una persona invece che assume grandi dosi di entrambe le cose diventerà arancione, in quanto se si mischia il colore rosso con il colore giallo si ottiene l'arancione. Cox scoprirà anche il motivo dell'arrabbiatura di Elliot: Turk la stessa mattina le aveva detto che non sarebbe cambiato nulla dopo che lei fosse diventata una dottoressa privata. Elliot si è infuriata in quanto il nuovo lavoro che ha scelto è meglio del precedente, sia a livello monetario e retributivo, sia a livello lavorativo, in quanto si lavora meno per guadagnare di più. L'unico mistero che Cox non riuscirà a risolvere è quello di chi piange sempre ogni sera. Ogni notte si sentono dei lamenti nell'ospedale e nessuno ha mai capito chi fosse: era in realtà Carla, in preda alla depressione post-partum.

La mia amica con i soldi Titolo originale: My Friend with Money Diretto da: John Michael Scritto da: Gabrielle Allan

Trama Elliot è diventata ricca e può permettersi di tutto e di questo J.D. è felicissimo. Cox e l'Inserviente intanto decidono di cooperare al fine di trovare una stanza dell'ospedale libera in cui potersi rilassare senza nessun altro. L'Inserviente trova la stanza di un uomo morto lussuosissima. Cox decide allora di tenere nascosta la morte del paziente a Kelso, al fine di poter usufruire senza problemi della stanza. I due "amici" si chiudono dentro alla stanza e guardano partite di football, bevono birre e dormono. Cox però dopo alcune stravaganze dell'Inserviente decide di andarsene. L'Inserviente decide allora di murare la porta di entrata e di rimanere chiuso dentro alla stanza per sempre, o almeno finché c'è cibo. Cox è dubbioso dopo il fatto che, tornando alla loro stanza, la porta non ci fosse più ma che all'interno si sentisse della musica, che altro non era che la musica prodotta dallo stereo acceso dall'Inserviente. J.D. e Cox intanto si sono schierati contro Elliot per il fatto che per loro il medico privato è un medico "traditore" che sfrutta solo per soldi le sue conoscenze. Alla fine però J.D. confesserà che la sua non è altro che invidia. Cox alla fine dell'episodio scala l'intero edificio con un piccone ed entra nella stanza dell'Inserviente dalla finestra per decidere cosa farne. Kelso però sfonda il muro con una motosega e rimprovera il medico e l'Inserviente per ciò che hanno fatto.

Il mio musical

Titolo originale: My Musical Diretto da: Will Mackenzie Scritto da: Deb Fordham

Trama Carla è indecisa se tornare a lavorare oppure no dopo la nascita di Isabella. Elliot e JD sono al parco e, poco lontano, una donna cade a terra. Quando si risveglia, sente cantare tutte le persone intorno a sé. La sua storia IV Titolo originale: His Story IV Diretto da: Linda Mendoza Scritto da: Mike Schwartz

Trama L'episodio è raccontato tramite il punto di vista di Kelso. Al Sacro Cuore arriva un ex-militare ferito in Iraq di nome Dancer. Kelso lo prende in simpatia e i loro discorsi sulla guerra e i politici fanno nascere una vera e propria rivalità tra tutto l'ospedale che si divide in due gruppi: democratici e repubblicani. Cox e Turk sono entrambi democratici e diventano quasi amici, mentre Elliot e Keith sono repubblicani. Tra le due "coppie" continuano a nascere battibecchi per tutto il giorno. Kelso passa invece la giornata con il soldato Dancer e rivede in lui gli anni che aveva passato da giovane in guerra. Kelso si accorge alla fine che se vuole far funzionare l'ospedale e tenere sotto controllo i medici deve fare la parte del cattivo, come spiegatogli anche dallo stesso Dancer. Kelso infatti zittisce tutti con delle minacce e ognuno inizia ad odiarlo, mentre lo stesso Kelso capisce che è bloccato in una situazione irreversibile e che dovrà sempre fingersi ciò che non è: cattivo.

Il mio viaggio a vuoto Titolo originale: My Road to Nowhere Diretto da: Mark Stegemann Scritto da: Mark Stegemann

Trama Kim sta per fare la sua prima ecografia, inizialmente J.D. pensa di non andarci poiché è molto impegnato nel cercarsi un nuovo appartamento, però, poi capisce quanto sia importante e decide di andarci. Carla, Elliot, Keith decidono di accompagnarlo e grazie a Ted useranno il nuovo camper del dottor Kelso, dove si è nascosto l'inserviente. Intanto tramite un'ecografia si scopre che il bambino che aspetta Jordan dovrà essere operato ancora prima di nascere. J.D. arriva all'ospedale dove lavora Kim, ma lei gli dice che ha subito un aborto e che ha ricevuto un'offerta di lavoro permanente nel nuovo ospedale; così J.D e Kim si lasciano da buoni amici. Alla fine della puntata si vedrà però Kim fare l'ecografia, scoprendo quindi che ciò che ha raccontato a J.D. era una bugia. Nel frattempo l'operazione del figlio di Jordan e Cox va bene, e si scopre che sarà una bambina.

La mia prospettiva Titolo originale: My Perspective Diretto da: John Putch Scritto da: Angela Nissel

Trama Senza casa e ormai single, J.D., spinto dalla disperazione, decide di chiedere un consulto medico. Intanto il dottor Kelso raduna i medici e gli impone "in ogni luogo e in ogni tempo" di mentire ai pazienti, evitando loro preoccupazioni e all'ospedale inutili cause. Turk, invece, occupatosi di J.D. tutta la settimana e succube di un suo assistente, chiede a Carla ed Elliot di occuparsene. L'inserviente stuzzica J.D. nonostante la distanza...

Il mio mese terapeutico Titolo originale: My Therapeutic Month Diretto da: Ken Whittingham Scritto da: Aseem Batra

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