Biografia Secondo la Cronaca Piniatense, Federico era il terzo figlio maschio del re d'Aragona Pietro III il Grande e di Costanza di Hohenstaufen,.

Primogenito di Pietro era Alfonso, mentre Giacomo era il secondogenito; l'ultimogenito era Pietro, come conferma anche Ramon Muntaner nelle Cronache catalane del secolo xiii e xiv, di Ramon Muntaner, Volume 1, che nomina i fratelli come figli di Pietro III (le seigneur infant Pierre) e della moglie, Costanza (la fille de Mainfroi roi de Sicile…Constance).

Pietro III, dopo aver conquistato la Sicilia ed essersi fatto incoronare re a PalermoC.W. Previté-Orton, L'Italia nella seconda metà del XIII secolo, in Storia del mondo medievale, vol. V, 1999, pag. 238, nel maggio del 1283 rientrò in Aragona, lasciando come reggente in Sicilia la moglie Costanza assieme a Federico. Morì poi nel 1285, lasciando i regni iberici ad Alfonso e, per rappacificarsi con la chiesa, il Regno di Sicilia a Giacomo.C.W. Previté-Orton, L'Italia nella seconda metà del XIII secolo, in Storia del mondo medievale, vol. V, 1999, pag. 240

Il 19 giugno 1291, Alfonso III morì improvvisamente a 27 anni, mentre a Barcellona si preparava a festeggiare gli accordi di pace il 18 giugno del 1291; dato che non aveva discendenza, il trono passò a Giacomo; Alfonso aveva disposto che la Sicilia andasse a Federico, che invece fu inviato in Sicilia come governatoreC.W. Previté-Orton, L'Italia nella seconda metà del XIII secolo, in Storia del mondo medievale, vol. V, 1999, pag. 242; infatti Giacomo II, dopo essersi fatto incoronare a Saragozza nel mese di luglio, come successore del padre, Pietro III, e non del fratello, per cui aveva mantenuto anche il trono di Sicilia, come riporta lo storico, biografo, britannico, Edward ArmstrongEdward Armstrong, L'Italia al tempo di Dante, in Storia del mondo medievale, vol. VI, 1999, pag. 239, inviò il fratello Federico in Sicilia come governatore, dove raggiunse la madre, Costanza.

Giacomo II voleva porre fine alla situazione che vedeva l'Aragona in perenne lotta contro il papato la Francia e la situazione si sbloccò dopo l'elezione al papato, il 23 dicembre 1294, di Bonifacio VIII, che, elaborando la proposta del suo predecessore, papa Celestino V, ad Anagni, il 12 giugno del 1295 stipulò con Giacomo II e con Carlo II di Napoli il Trattato di Anagni; con questo accordo, Giacomo acconsentiva a cedere la Sicilia e, in cambio, avrebbe ottenuto i feudi di Sardegna e di Corsica, se li avesse saputi conquistare, e avrebbe sposato la figlia di Carlo II d'Angiò; mentre Federico, che perdeva il governatorato della Sicilia sarebbe stato compensato dal matrimonio con l'erede dell'impero d'oriente, Caterina Courtenay, figlia dell'imperatore titolare Filippo I di Courtenay e Beatrice d'Angiò, con l'impegno di Federico di aiutare il futuro suocero a riconquistare l'impero, come riporta la storica britannica, Hilda JohnstoneHilda Johnstone, "Francia: gli ultimi capetingi", in Storia del mondo medievale, vol. VI, 1999, pag. 587. Il re di Francia, Filippo il Bello, pur approvando il trattato di Anagni, rifiutò di accettare quest'ultima clausola e, in quello stesso anno, il fidanzamento tra Federico e Caterina fu rotto, come riporta Sturdza, Grandes Familles De Grece, D' Albanie Et De Constantinople. Dictionnaire Historique , e Federico, amareggiato, oltre che dalla rottura del fidanzamento, anche dal fatto che Giacomo II non aveva ottemperato al testamento di Alfonso III, accettò le offerte dei Siciliani, che, sentendosi traditi da Giacomo II, lo dichiararono decaduto, offrendo il trono di Sicilia a Federico, come riportano sia il Diccionario biográfico español, Real Academia de la Historia, che la Gran Enciclopèdia Catalana e La web de las biografias.

L'11 dicembre 1295, a Palermo, Federico fu proclamato Signore della Sicilia, e il Parlamento siciliano riunito al Castello Ursino di Catania, il 15 gennaio 1296, lo riconobbe Federico III Re di Sicilia. L'incoronazione ufficiale avvenne, il 25 marzo del 1296, nella Cattedrale di Palermo.

Federico riprese le guerre del Vespro e, prendendo l'iniziativa nei confronti degli Angioini, non solo conservava la Sicilia ma portava la guerra in Calabria e nel napoletano. Allora Bonifacio VIII, agli inizi del 1297, convocò a Roma sia Giacomo II che Carlo II d'Angiò e li spronò a riconquistare la Sicilia secondo il trattato di Anagni; dovettero abbandonare la Sicilia, per ordine di Giacomo II, sia Giovanni da Procida che Ruggero di Lauria, che divenne ammiraglio della flotta alleata anti-sicilianaEdward Armstrong, L'Italia al tempo di Dante, in Storia del mondo medievale, vol. VI, 1999, pagg. 241 e 242. Anche la regina madre Costanza dovette abbandonare il figlio prediletto Federico e raggiungere Giacomo II, che intervenne, a fianco degli Angioini, contro il fratello Federico e i Siciliani e con la sua flotta aragonese affiancata da quella napoletana, nella battaglia di Capo d'Orlando, nel luglio del 1299, sconfisse Federico, che si riuscì a salvare con solo 17 galee. Giacomo II, l'anno dopo, visto che il fratello continuava a resistere, fece ritorno in Aragona. La guerra fu proseguita con successo da Roberto d'Angiò, nominato da Carlo II vicario generale in Sicilia, e suo fratello Filippo I, con la conquista di alcuni importanti centri nella Sicilia orientale: nell'ottobre 1299 Catania, per la ribellione dei suoi nobili cittadini Virgilio Scordia e Napoleone Caputo, passava in mano angioina; Paternò dopo un breve assedio veniva consegnata dal conte camerario Manfredi Maletta; Noto, difesa valorosamente da Ugolino Callari, compare dello stesso Federico, veniva infine a patti con Roberto d'Angiò. Messina, difesa dai Palizzi, tuttavia resisteva all'assedio angioino e Federico riportava una notevole vittoria nella battaglia di Falconara, facendo prigioniero Filippo di Taranto.

Allora il papa, nel 1300, chiamò in aiuto i templari, gli ospitalieri e i riluttanti Genovesi, ma ad eccezione di una nuova brillante vittoria della flotta di Lauria su quella siciliana, il 14 giugno del 1300, la situazione non progredì. Infine Bonifacio VIII si rivolse al re di Francia, Filippo IV, che inviò un esercito al comando del fratello, Carlo di Valois: questi, arrivato in Sicilia, nel maggio del 1302, bruciando e depredando, l'attraversò sino a Sciacca, dove però arrivò distrutto dalla malaria e, per la paura di un deciso attacco da parte di Federico, accettò la pace che gli venne offerta. Allora da Carlo di Valois, Carlo II d'Angiò e dal papa, fu proposto a Federico di sposare la figlia di Carlo II di Napoli e di Maria d'Ungheria e sorella del duca di Calabria Roberto, Eleonora; durante la trattativa fu offerto a Federico, in cambio della Sicilia, il regno di Albania, creato per lui oppure il regno di Cipro, dopo averlo tolto alla famiglia Lusignano. Federico rifiutò, ma, nell'agosto del 1302, fu trovato un compromesso che prevedeva che Federico III mantenesse il potere sulla Sicilia col titolo di Re di Trinacria (quello di Sicilia spettava solo al re di Napoli) fino alla sua morte, dopo la quale l'isola sarebbe dovuta passare nuovamente agli Angiò.

La guerra dei Vespri siciliani terminò con la pace di Caltabellotta: il 31 agosto del 1302, probabilmente nel castello del Pizzo, si firmò il trattato di pace. Questo trattato, modificato dal papa il 12 maggio 1303, comunque confermò che Federico III mantenesse il potere sulla Sicilia, portatagli in dote dalla moglie Eleonora, col titolo di Re di Trinacria e dopo la sua morte l'isola sarebbe dovuta passare nuovamente agli Angiò. Il matrimonio con Eleonora venne celebrato nel maggio 1302, a Messina; l'anno viene confermato dai continuatori del Chronicon di Guillaume de Nangis Eleonora era al suo secondo matrimonio, avendo sposato in prime nozze, nel 1299, Filippo II de Toucy, futuro Principe titolare di Antiochia (dalla madre, Lucia di Tripoli) futuro Signore di Laterza (dal padre, Narjot de Toucy). Il matrimonio era stato annullato dalla bolla di papa Bonifacio VIII, il 17 gennaio 1300, per la troppo giovane età della sposa.

Nel 1311, la Compagnia Catalana invitò Federico a dichiararsi sovrano del ducato di Atene, dopo che la compagnia aveva conquistato il territorio dopo aver sconfitto Gualtieri V di BrienneNel 1310 la Compagnia Catalana aveva offerto I suoi servigi a Gualtieri V di Brienne, Duca di Atene e, in un anno aveva liberato il ducato, ma il Brienne che si era rifiutato di pagare alla Compagnia i servigi ottenuti. La Compagnia si vendicò sconfiggendo e uccidendo il Brienne nella battaglia di Halmyros, sulle rive del fiume Kifisos ( in greco), il 15 marzo 1311 e assumendo il controllo del Ducato di Atene. Federico nominò il figlio Manfredi, duca di Atene (nel 1317, alla morte di Manfredi, fu succeduto dall'altro figlio, Guglielmo) mentre, l'altro figlio, illegittimo, Alfonso Federico, fu nominato capitano-generale del ducato come riporta Sturdza, Grandes Familles De Grece, D' Albanie Et De Constantinople. Dictionnaire Historique .

Nel 1311, Federico III si alleò con Enrico VII di Lussemburgo (Arrigo), che era calato in Italia per essere eletto Re dei Romani a Milano e imperatore del sacro romano impero a Roma (1312). In quel periodo, Federico intavolò con l'imperatore una trattativa per il fidanzamento di suo figlio Pietro con la figlia ultimogenita di Arrigo, Beatrice; ma la trattativa, nel 1312, sfumò per la scelta di Arrigo di imparentarsi con gli Angiò e a Pietro preferì Carlo, figlio del re di Napoli, Roberto d'Angiò.Arrigo e Roberto stipularono un accordo di nozze, che poi non si fecero, probabilmente per la morte di Arrigo, a Buonconvento, il 24 agosto del 1313). Nonostante le trattative con Roberto, Arrigo e Federico preparavano la guerra contro il regno di Napoli, che avrebbe dovuto essere attaccato da Arrigo via terra e da una potente flotta imperiale-siciliana, già armata nel 1313 e comandata da Federico, via mare; ma la prematura morte dell'imperatore fece fallire il piano. Alla morte di Arrigo, Federico propose un'alleanza in chiave antiangioina alla ghibellina Repubblica di Pisa, che fu rifiutata in quanto Federico in cambio pretendeva il possesso della Sardegna (promessa dal papa in feudo da conquistare a suo fratello, il re d'Aragona, Giacomo II il Giusto).

La pace di Caltabellotta durò solo una dozzina di anni e, dopo che nel 1313 la guerra tra Angioini e Aragonesi era ripresa, il parlamento siciliano, il 12 giugno 1314, disattendendo l'accordo siglato con la Pace di Caltabellotta, riconosceva il figlio di Federico, Pietro come erede al trono, e quindi, alla sua morte, successore di Federico, e, il 9 agosto, confermava Federico re di Sicilia e non più di Trinacria. Seguirono due anni di guerra, in cui Roberto d'Angiò cercò di conquistare l'isola nel 1314, a cui seguì una tregua di due anni, sino al 1316. Allo scadere della tregua, Roberto attaccò la Sicilia occidentale e si diresse su Palermo, su cui confluiva anche la flotta napoletana. Federico, vedendosi a mal partito, nel 1317, chiese una tregua che gli fu concessa a patto di restituire agli angioini tutte le posizioni che ancora deteneva sul continente (quasi tutte in Calabria); la nuova tregua sarebbe scaduta a Natale del 1320.

Finita la tregua, Federico, nel 1321, inviò una flotta con reparti di cavalleria di fronte a Genova, in aiuto ai ghibellini che combattevano contro la repubblica di Genova, ma Roberto d'Angiò, alleato di Genova, inviò 82 galee che costrinsero la flotta siciliana a ritirarsi e rientrare in Sicilia (passando da Ischia la saccheggiò). Nel settembre dello stesso anno, la flotta siciliana tornò a Genova e coordinando gli attacchi con le truppe dei ghibellini lombardi capitanati da Marco Visconti, riuscì a creare grandi difficoltà per i difensori, senza però riuscire a fare cadere la città. Col cattivo tempo, la flotta, molto danneggiata, dovette rientrare definitivamente in Sicilia.