Nel teatro orientale presero parte alla guerra l'Armata Confederata del Potomac, più tardi ribattezzata Armata della Virginia Settentrionale, l'Armata della Penisola ed il Dipartimento della Carolina del Sud, Georgia e Florida.
Bandiere di Battaglia dell'Armata della Virginia settentrionale Prime Bandiere Nazionali per l'Armata Confederata del Potomac
A seguito dell'adozione della Stars and Bars come Bandiera Nazionale degli Stati Confederati, molte unità militari al livello sia di reggimento sia di compagnia l'adottarono subito come Bandiera di Battaglia. Le prime battaglie della guerra, come Rich Mountain, Bethel, Scary Creek, Phillipi e infine la Prima Manassas sarebbero state combattute sotto questo modello di Bandiera.
Nei primi mesi della Guerra il Dipartimento Confederato della Guerra si basava esclusivamente sulle effusioni patriottiche delle Signore del Sud per i colori delle unità che furono costituite a Richmond durante la primavera e l'estate del 1861. I risultati furono misti. Molte single compagnie ricevettero splendide Bandiere dalle comunità dalle quali erano state costituite, ma i reggimenti nei quali esse erano inquadrate non condividevano necessariamente il loro entusiasmo. In questi casi una delle Bandiere di compagnia veniva scelta quale Bandiera reggimentale. Il risultato fu tutto tranne che uniforme nei colori portati dalle Armate che in giugno si radunarono nella Valle dello Shenandoah ed intorno a Centreville.
Per rimediare a questa inadeguatezza il Generale Beauregard fece allestire un certo numero di Bandiere Nazionali Confederate del primo tipo dalla stoffa che era stata sequestrata all'ex deposito della Marina USA di Gosport, vicino a Portsmouth, Virginia. Questa stoffa era nelle mani di un rivenditore di materiali militari di Richmond, George Ruskell. Da questa stoffa Ruskell assemblò almeno 43 Bandiere. Le consegne cominciarono il 18 luglio 1861 e continuarono fino al 7 agosto.
Sviluppo della Bandiera di Battaglia Il fumo della battaglia, che spesso oscurava il campo, rendeva molto difficoltosa l'identificazione di amici e nemici. In alcuni casi la Stars and Bars assomigliava tanto alla Bandiera USA che le truppe sparavano sulle truppe amiche uccidendo e ferendo i loro camerati.
Per risposta gli Ufficiali Confederati a livello di Armata e Corpo in tutto il Sud cominciarono a pensare di creare Bandiere di Battaglia distintive che fossero completamente differenti da quelle dell'esercito dell'Unione, il che avrebbe reso molto più facile l'identificazione delle unità. La prima – e la più famosa – di queste fu creata nel settembre 1861 in Virginia.
Raccolti al Quartier Generale dell'Armata del Potomac (più tardi ribattezzata Armata della Virginia settentrionale) c'erano i Generali Joseph E. Johnston, Beauregard, Gustavus Smith ed il deputato al Congresso William Porcher Miles, allora aiutante nello staff di Beauregard. Le conversazioni giravano intorno all'idea di creare una "Bandiera di Battaglia" speciale per la loro Armata, da usare, secondo le parole del Gen. Beauregard, "solo in battaglia". Miles offrì il disegno con la croce di S. Andrea che aveva sottoposto alla considerazione quale Bandiera Nazionale. Altro concorrente era un disegno dalla Louisiana con una croce di San Giorgio (orizzontale/verticale). Poiché il numero degli Stati secessionisti ora raggiungeva gli undici, e con il riconoscimento confederato anche del Missouri, erano ora disponibili per l'uso sulla Bandiera 12 stelle. Così fu adottato il disegno di Miles, che aveva un aspetto molto migliore di quanto non ne avesse in febbraio, quando c'erano solo sette stelle.
Il Gen. Beauregard suggerì che I colori dovessero essere azzurro per il campo e rosso per la croce, ma Miles contestò che questo era contrario alle leggi dell'araldica. Il Gen. Johnston suggerì che il modello fosse quadrato per risparmiare stoffa e per facilitare la confezione, e questo fu accettato.
I prototipi thumb|Prototipo di Bandiera di Battaglia fatto da Hetty Cary per il Generale Joseph E. Johnston Il 21 ottobre 1861 il Generale Beauregard informò il Generale Johnston che trovava accettabile il disegno per la nuova Bandiera di Battaglia. Ma già prima di tale approvazione alcune Signore a Richmond erano venute a conoscenza del disegno e stavano preparando esemplari della nuova Bandiera di Battaglia. Tre giovani Signore di Richmond e di Baltimora, le sorelle Jennie ed Hetty Cary, e la loro cugina Constance Cary avevano deciso di fare delle Bandiere di Battaglia da regalare a tre degli Ufficiali Generali più in vista a Centreville. Le Bandiere furono inviate individualmente a questi Ufficiali nel periodo di un mese nel tardo autunno 1861. Hetty Cary inviò la Bandiera che aveva fatto al Generale Joseph E. Johnston. Constance Cary inviò la sua Bandiera al Generale Earl Van Dorn il 10 novembre 1861, annotando più tardi che il suo staff aveva celebrato l'occasione con cerimonie drammatiche, anche se ufficiose. La Bandiera di Jennie Cary non fu pronta che un mese dopo e il 12 dicembre 1861 essa infine la inviò al Generale Beauregard.
Tutte e tre le Bandiere avevano lo sfondo in sottile seta scarlatta doppia. Ambedue le facce erano attraversate da una croce di S. Andrea in seta azzurro scuro, bordata di seta Bianca e ornata di dodici stelle dorate. I bordi esterni delle Bandiere erano rifiniti con una pesante frangia dorata. Esse erano uguali alle Bandiere di Battaglia in seta del primo tipo che erano state distribuite all'Armata Confederata del Potomac il 28 novembre 1861.
I modelli in seta thumb|left|Armata della Virginia settentrionale - Bandiera di Battaglia, modello in seta (primo tipo, prima variante), 1861 thumb|Armata della Virginia settentrionale - Bandiera di Battaglia, modello in seta (secondo tipo), 1861
Fu allora ordinato un numero di Bandiere di Battaglia sufficiente a rifornire l'Armata del Potomac. Il Quartiermastro dell'Armata Colin M. Selph comprò l'intera riserva di seta di Richmond per fare le Bandiere (gli unici colori disponibili in quantità simili al rosso erano ciclamino o rosa, per cui queste Bandiere avevano delle tonalità delicate).
Furono prodotti due tipi fondamentali di modelli. Il primo tipo aveva le stelle dorate ed un manicotto bianca per il palo della Bandiera. C'erano due varianti del primo tipo, uno con una frangia dorata o gialla sui tre lati esterni e l'altra con un bordo bianco al posto della frangia. Il secondo tipo differiva dal primo per avere le stelle in seta bianca. Al posto della frangia o del bordo bianco i lati esterni avevano un bordo di seta gialla di 2". Il manicotto per il palo della Bandiera era azzurro.
A partire dal tardo novembre 1861, le nuove Bandiere di Battaglia furono consegnate alle unità Confederate a Centreville ed entro dicembre alle altre unità nei dintorni della Virginia settentrionale. Le Bandiere furono consegnate a ciascun reggimento dai Generali Beauregard e Johnston, e da altri Ufficiali dell'Armata, in elaborate parate. Un articolo su The Richmond Whig del 2 dicembre 1861 riferisce sulla consegna a Centreville il 28 novembre:
"Gli esercizi furono aperti dall'Aiutante Generale Jordan, che, in un breve ma eloquente indirizzo, diede incarico agli uomini di preservare dal disonore le Bandiere loro affidate. Gli Ufficiali allora smontarono ed i Colonnelli dei vari reggimenti avanzarono verso il centro. Il Gen. Beauregard, con poche parole, consegnò a ciascuno una Bandiera, e gli vennero date eloquenti risposte. Poi i reggimenti presentarono le armi e ricevettero le loro Bandiere con assordanti acclamazioni."
Così fu creata la prima delle Bandiere di Battaglia per cui sarebbe divenuta famosa l'Armata della Virginia settentrionale. Nonostante la creazione di questa e di altre Bandiere di Battaglia, non sarebbe sparita dall'uso la Prima Bandiera Nazionale. Vi sono numerosi esempi del suo uso per il resto della guerra nelle unità confederate, inclusa l'Armata di Lee.
Il modello in cotone
Nella primavera del 1862 la Bandiera di Battaglia dell'Armata Confederata del Potomac non era ampiamente distribuita alle forze in Virginia né era l'unica Bandiera di Battaglia in uso. In novembre e dicembre 1861, le Bandiere di Battaglia di seta fatte a Richmond erano state distribuite solo alle unità delle Quattro divisioni dell'Armata a Centreville e ad alcune brigate vicine. Nell'aprile 1862, mentre queste forze si stavano spostando verso la penisola della Virginia fra i fiumi York e James, il Generale John B. Magruder aveva istituito un altro modello nella sua Armata della Penisola che era completamente differente dal modello dell'Armata del Potomac. Inoltre, come altre unità confederate arrivavano in vicinanza di Richmond per rinforzare queste due Armate, il Dipartimento del Quartiermastro Confederato ritenne necessario trovare ulteriori Bandiere di Battaglia per le unità che non ne avevano mai ricevuto alcuna. Siccome le riserve di seta a Richmond erano state esaurite dagli sforzi del Cap. Selph l'inverno precedente, il Dipartimento si rivolse ad un altro tipo di tessuto, un misto di lana e cotone utilizzato per vestiti poco formali da tutti i giorni. Sul loro campo scarlatto vi era la croce di S. Andrea in cotone malamente tinto di azzurro e senza il consueto bordo bianco. La croce portava solo 12 stelle bianche, nonostante il riconoscimento da parte della Confederazione del Kentucky come suo tredicesimo Stato nel dicembre 1861. Tutti i quattro lati della Bandiera avevano uno stretto bordo di colore arancione. La distribuzione di questi surrogati di cotone fu assai limitata, si conoscono solo tre unità che le hanno ricevute: la Brigata di Hood della Divisione Whiting, la Brigata Elzey dalla Valle dello Shenandoah e la Maryland Line di Stuart.
Il Tenente James Lemon, del 18º Fanteria della Georgia, (che ricevette la sua Bandiera verso il 7 maggio, non appena la sua unità ebbe ricevuto la Bandiera di cotone scriveva: "È una bella Bandiera cremisi con barre azzurre e dodici stelle."
La produzione di ulteriori Bandiere di questo tipo fu preclusa dalla costituzione di un "Dipartimento per la Bandiera" al Deposito Vestiario di Richmond, che iniziò in maggio a produrre e distribuire Bandiere di Battaglia di qualità in stamina.
Primo modello in stamina thumb|Armata della Virginia Settentrionale - Bandiera di Battaglia, modello in stamina, 1862 Mentre venivano prodotte le Bandiere sostitutive in cotone, prendeva forma il primo dei modelli del deposito governativo. Il Deposito Vestiario di Richmond era stato costituito nel tardo 1861 per la manifattura di uniformi, scarpe, equipaggiamenti e Bandiere truppe della neobattezzata Armata della Virginia Settentrionale (e più tardi anche del Dipartimento della Carolina del Nord). Nel maggio 1862 il deposito stava facendo Bandiere di stamina di lana catturata inizialmente dall'ex deposito navale federale presso Norfolk, Virginia, e supplì per il resto della guerra con rifornimenti portati attraverso il blocco dalla Gran Bretagna, dove era prodotta la stoffa. Questo materiale più resistente fu usato per il resto della Guerra per fare Bandiere per l'Armata della Virginia Settentrionale. Il vessillologo Howard Madaus ha determinato che ci sono stati sette modelli in stamina di lana nel corso della guerra. Il primo di essi fu prodotto dal deposito nel maggio 1862, secondo le registrazioni del deposito negli Archivi Nazionali. Queste Bandiere avevano per la prima volta 13 stelle e i bordi in lana arancione. Le croci azzurre erano larghe 8 pollici e stelle in cotone bianco di soli 3 pollici di diametro. Il fondo era rosso di 48 pollici quadrati per le Bandiere della fanteria. Non se ne conoscono esemplari nelle dimensioni più piccolo per artiglieria e cavalleria. Il primo esempio di queste nuove Bandiere di Battaglia fu consegnato in maggio a truppe del Gen. James Longstreet.
Secondo modello in stamina thumb|left|Armata della Virginia settentrionale - Bandiera di Battaglia, secondo modello in stamina, 1862