自然生息地並びに野生動植物の保全に関する欧州理事会指令 92/43/EEC（しぜんせいそくちならびにやせいどうしょくぶつのほぜんにかんするりじかいしれい、）は、通称「EU生息地指令」（Habitats Directive）として知られる欧州共同体（現・欧州連合）の環境法令である。1992年5月21日に欧州共同体理事会によって採択され、加盟国の領域内における自生の動植物種および自然生息地の保全を目的とする。
先行する1979年のEU野鳥指令とともに、欧州連合（EU）の自然保護政策における二本柱をなし、両指令に基づき指定される保護区域網はNatura 2000と呼ばれる。指令は233種類の生息地類型と1000種を超える動植物種を附属書に列挙し、加盟国に対して特別保全地域（Special Areas of Conservation, SAC）の指定と「良好な保全状態」（favourable conservation status）の維持・回復を義務づけている。
概要 生息地指令は、欧州経済共同体設立条約第100a条（域内市場の調和）および第130s条（環境政策）を法的根拠として採択された。
前文において、加盟国領域内の自然生息地が悪化を続け、多くの野生種が深刻な脅威にさらされていること、それらが共同体の自然遺産の一部を構成し、脅威がしばしば国境を越える性質を持つことから、共同体レベルでの対策が必要であるとされた。
指令の中核概念は「良好な保全状態」であり、各加盟国は生息地・種の分布、個体数、生息地の質などについて6年ごとに欧州委員会へ報告する義務を負う。指令はまた、指定地域内で著しい影響を及ぼしうる計画・事業について、事前の「適切な評価」（Appropriate Assessment）を義務づけている（指令第6条）。
背景・制定の経緯 生息地指令の起源は、欧州共同体独自の発案ではなく、1979年に欧州評議会（Council of Europe）で採択されたベルン条約（ヨーロッパの野生生物及び自然生息地の保全に関する条約）に遡る。欧州共同体はベルン条約の締約者であり、同条約が求める生息地保護義務を域内で実施する手段として指令の制定が進められた。同時に、1979年に先行して制定されたEU野鳥指令の運用経験から、鳥類以外の種や生息地そのものを対象とする包括的な法令の必要性が認識されていたことも背景にある。
指令案は1988年に欧州委員会（当時のDG XI、環境総局）によって最初に提出された。この当初案には後の指令で中心的概念となる「良好な保全状態」は含まれておらず、代わりに野生動植物の「豊富さと多様性」を一定水準に維持することが加盟国に求められる内容であった。
1988年から1992年の採択に至るまでの制度設計段階は、政策専門家・生態学者・行政官からなるいわゆる「認識共同体」（:en:epistemic community）による技術的な協議として進められ、この時期には加盟国間・国内世論の双方で大きな政治的対立は生じなかった（「許容的合意」の時期）。
制定過程で特に積極的な役割を果たした主体の一つがオランダ政府代表団である。オランダは1990年以降、国内の自然保護政策の柱としていた「ネットワークアプローチ」（生息地を孤立した保護区としてではなく相互に連結したネットワークとして扱う考え方）をEUレベルの交渉で推進し、これが指令における生息地ネットワーク構想の形成に影響を与えたとされる。人口密度が高く、国土の大部分が海面下にあるオランダにとって、自然保護と産業・住宅・農業・水利用との調整は既に国内政策上の重要課題であり、この経験がEU交渉での積極姿勢につながったと分析されている。
指令は1992年5月21日に理事会で採択され、同年7月22日付のEU官報（Official Journal L 206）に掲載された。加盟国には1994年6月10日までの国内法化が義務づけられたが、実際にはこの期限は政治的な議論をほとんど呼ばずに通過している。指令の存在が国内政治上の争点として顕在化したのは、多くの加盟国で1990年代後半、具体的な地域指定や個別事業の許認可が現実の土地利用と衝突し始めてからであった。
主な内容 指令は複数の附属書から構成される。 附属書I - 特別保全地域の指定を要する共同体レベルで重要な自然生息地類型（優先生息地には「*」印が付される） 附属書II - 特別保全地域の指定を要する共同体レベルで重要な動植物種 附属書IV - 域内・域外を問わず厳格な保護を要する動植物種 附属書V - 採取・利用に管理措置を要しうる動植物種
指定された特別保全地域は、EU野鳥指令に基づく特別保護地域（Special Protection Areas, SPA）とあわせてNatura 2000ネットワークを構成する。Natura 2000はEU27か国の陸域約18.6パーセント、海域の一部を占め、単一の制度としては世界最大規模の保護区ネットワークとされる。
国際的な連携 EU域内の連携 Natura 2000は単一のEU法令ではなく、EU生息地指令とEU野鳥指令という二つの法令に基づく指定を統合した越境的なネットワークであり、生物地理区（アルパイン、大西洋、地中海など）ごとに加盟国間の科学的評価・調整の仕組みが設けられている。附属書I生息地類型の解釈基準は、指令第20条に基づき設置された「生息地委員会」が承認する「EU生息地解釈マニュアル」によって統一的に運用される。
EU域外との連携 生息地指令の淵源であるベルン条約は、EU加盟国以外にも欧州評議会加盟国や一部のアフリカ諸国を含む広い地理的範囲を対象としている。同条約は非EU締約国向けにエメラルドネットワーク（Emerald Network、正式名称：特別保全関心地域ネットワーク）の構築を求めており、EU加盟国のNatura 2000サイトは、EUがベルン条約締約者として負う義務を果たすための「EU側からのエメラルドネットワークへの貢献分」と位置づけられている。
2020年時点でアンドラ、ジョージア、リヒテンシュタイン、モルドバ、ノルウェー、スイス、ウクライナなど非EU諸国がエメラルドネットワークの指定作業を進めている。
また、英国はEU離脱（ブレグジット）後、既存の特別保全地域・特別保護地域の情報をエメラルドネットワークのデータベースに移管し、ベルン条約上の義務を継続的に履行する体制をとっている。
サンマリノのようなEU非加盟の欧州小国においても、生息地指令の枠組みを応用した保護区選定の試みが学術的に検討されている。
実施をめぐる軋轢 生息地指令の実施過程では、地域指定や開発規制をめぐって農業・林業・漁業従事者、土地所有者、開発事業者と、環境当局・保全団体との間でしばしば緊張が生じてきた。指令第6条第2項は、特別保全地域の生態学的特性に著しい影響を及ぼしうる悪化・攪乱を回避するよう加盟国に義務づけており、これが集約的な農業、排水、干拓、特定の林業手法などに事実上の制約を課す結果となっている。
オランダでは、指令の国内法化過程で既存の国内制度との「不整合」（ミスフィット）が顕在化した。1998年には、絶滅危惧種のヨーロッパヤマネ（コレンウォルフ）の生息地保護をめぐり非政府組織が問題提起したことを契機に、大規模な社会的論争と報道が発生している。
オランダではまた、家畜由来の窒素（アンモニア）沈着がNatura 2000サイトに与える影響をめぐり、政府が導入した許可制度（窒素影響評価枠組み）が裁判で無効とされる事態が生じ、畜産業界からの強い政治的圧力のもとで新たな評価基準の策定が行われた、いわゆる「窒素危機」（nitrogen crisis）に発展した。
フィンランドやギリシャでも、地域・国レベルの統治構造の違いから実施をめぐる対立が生じた事例が報告されている。フィンランドではムササビ（flying squirrel）の生息地保護と林業利益との衝突、ギリシャではウミガメ保護区の指定と観光業との間の緊張が典型例として挙げられ、いずれも保全政策と土地利用計画の統合過程で生じた対立とされる。
アイルランドでは、泥炭地（ピートボグ）の保護指定をめぐり、伝統的な泥炭採取業者と当局との間で長期にわたる対立が続いた。実施の遅れと不十分な地域指定は最終的に欧州司法裁判所（CJEU）への提訴に至り、2023年6月29日の判決（事件番号C-444/21）でアイルランドは生息地指令上の義務（重要生息地に対するNatura 2000サイトの適切な指定と保護体制の整備）を履行していないと認定された。
また、連邦制をとるドイツ、オーストリア、イタリア、ベルギーなどでは、中央政府と地方政府の権限競合が実施の遅延要因になったことも指摘されている。
このように、Natura 2000による土地利用規制は、地権者にとって補償が不十分なまま資産価値の低下を招くとの批判や、地域の経済的必要性を軽視したトップダウン型の指定手法への不満を招いてきた一方、指令自体は域内の生物多様性保全における最も強力な法的手段の一つとして評価されている。
生息地の保全状況とリスク 欧州環境庁（EEA）が2020年に公表した『EUにおける自然の状態』報告書によれば、2013年から2018年の報告期間において、生息地指令附属書I対象の生息地類型のうち良好な保全状態にあったのはわずか15パーセントであり、45パーセントが「不良」、36パーセントが「劣悪」と評価された。
生息地類型別に見ると、砂丘生息地および泥炭地・湿原・沼沢地生息地の半数以上、草原生息地の約49パーセントが「劣悪」と評価されており、これらは同時に悪化傾向を示す割合も最も高い部類に属する。対照的に、森林生息地は改善傾向を示す割合が最も高い類型であった。国別では、キプロス、エストニア、ギリシャ、ルーマニアを除く大半の加盟国で良好な保全状態にある生息地評価の割合が40パーセントを下回り、ベルギーとデンマークでは良好な状態にある生息地の割合が最も低く、両国と英国（当時加盟国）では70パーセント以上の生息地評価が「劣悪」とされた。報告書は、集約的農業、都市の無秩序な拡大、汚染が生息地悪化の主要な圧力要因であると指摘している。
これらの高リスク生息地に対しては、指令に基づく既存のNatura 2000保護制度に加え、後述するEU自然回復法（Nature Restoration Law）により、劣化した生息地の積極的な回復を義務づける新たな枠組みが導入されている。もっとも、回復対象の選定・優先順位づけは各加盟国の国別回復計画に委ねられており、実際の対策が最もリスクの高い生息地に確実に振り向けられるかどうかは、計画の内容と資金配分に左右される。
政治的情勢の変化と影響 生息地指令をめぐる政治環境は、2020年代に入り大きく変化した。2022年に欧州委員会が提案したEU自然回復法は、生息地指令附属書Iの対象生息地（森林、泥炭地、草原、河川・湖沼を含む）について、2030年までに劣化生息地の30パーセント、2040年までに60パーセント、2050年までに90パーセントを回復するという数値目標を定め、2024年2月27日に議会で可決、同年8月18日に発効した。
一方、2024年初頭には燃料費高騰や安価な域外農産物の流入、行政手続きの煩雑さへの不満を背景に、フランス、ドイツ、ポーランド、チェコ、スペイン、ベルギーなど加盟国各地で大規模な農民デモが発生した。デモ隊はEUの環境規制、とりわけ「欧州グリーンディール」関連法令が競争力を損なっているとして批判し、ブリュッセルの欧州機関周辺でもトラクターによる抗議行動が展開された。
これを受け、欧州委員会は2024年に共通農業政策（CAP）の「簡素化」パッケージを採択し、10ヘクタール未満の農場に対する環境コンディショナリティ（生態系保全と補助金受給を結びつける仕組み）の管理・罰則を撤廃するなど、環境要件を緩和した。
欧州委員会はその後も「オムニバス」と呼ばれる一連の簡素化法案を通じ、企業のサステナビリティ・デューデリジェンス指令など複数の環境関連法令の要件緩和を進めている。欧州オンブズマンは2025年11月、これら簡素化提案の策定過程について、少数の農業団体のみを対象とした非公開協議など複数の手続き上の欠陥があり、「行政の不備」に当たるとの見解を示した。
このような規制緩和の流れは、生息地指令そのものの改正には至っていないものの、指令の実効性を支える関連制度（CAPの環境要件、企業デューデリジェンス制度など）を弱める形で、間接的に生息地・種の保全に影響を及ぼしうるとの懸念が環境団体から示されている。
研究機関は、これら一連の政治的反発（いわゆる「グリーンラッシュ」）が、気候・生物多様性政策全般に対する欧州規模の逆風として今後も影響を持続させる可能性を指摘している。
現在の課題 生息地指令の運用が30年以上を経た現時点における主要な課題として、以下の点が挙げられる。
保全状態の低迷 EEAの評価によれば対象生息地の8割以上が依然として不良または劣悪な保全状態にあり、2020年目標は達成されなかった。草原、砂丘、泥炭地・湿原など特に脆弱な生息地類型では悪化傾向が続いている。
資金不足 自然回復法の履行には多額の投資が必要とされる一方、財源の多くは共通農業政策基金、地域基金、LIFEプログラムなど既存の枠組みからの流用に委ねられており、専用財源の確保が課題として残る。
農業・林業部門との合意形成 農民の生活基盤や小規模経営への配慮と生態系回復目標の両立は依然として政治的に困難な課題であり、2024年以降の規制緩和圧力の中で、保全目標がどこまで維持されるかが注視されている。
気候変動との相互作用 生態系の劣化と気候変動は互いを悪化させる負のフィードバック関係にあるとされ、生息地の保全・回復は気候変動適応・緩和政策の一部としても位置づけられているが、両政策領域の統合的な実施体制は発展途上にある。
モニタリングとデータの空白 海洋域の生息地・種については評価データが不足しており、「不明」とされる評価の割合が高いままである。
関連項目 Natura 2000 EU野鳥指令 ベルン条約 エメラルドネットワーク EU自然回復法 欧州環境庁 生物多様性
脚注
外部リンク Council Directive 92/43/EEC（EUR-Lex 条文原文） Habitats Directive（欧州委員会環境総局） Conservation status of habitats under the EU Habitats Directive（欧州環境庁） Emerald Network（欧州評議会）