Историјата на Прилеп започнува уште од праисторијата, а на неговата територија е забележан интензивен континуиран живот.

Праисторија и антички период Градот Прилеп и воопшто населби на подрачјето на поширокиот прилепски регион, датираат уште од антиката, како што е археолошкото наоѓалиште Стибера, кај селото Чепигово.

На Златоврв (манастир Трескавец) е откриена населба Колобаиса од втор век п.н.е со можно постоење на храм на Артемида и Аполон.Втората фаза е од доцноантичкиот период со антички бедем, а потоа е средновековниот сегмент од 12 до 14 век. Сознанијата од 5-6 век се преку откриени остатоци од базилика, со што ни се сугерира раното христијанство.

И во близина на градот, на Марковите Кули се откриени траги од предисториска населба. Во раната антика тука израснала населбата Керамија (Ceramie), обновена во доцната антика, која до крајот на антиката останала селска населба и не прераснала во град и епископија.Иван Микулчиќ. „Средновековни градови и тврдини во Македонија“. Скопје, 1996, стр. 249-250.

Во антички пишани извори се спомнуваат две етнички заедници кои живееле во тоа време во прилепскиот дел од котлината Пелагонија, како и во делот на областа Мариово кој гравитира кон градот Прилеп, Дериопите и Пелагонците.

Дериопите го населувале северозападниот дел од котлината, односно горниот тек на Црна Река. Познати се три нивни населени места расположени покрај самата река, Брианион кај денешното село Граиште, Алкомена кај селото Бучин и Стибера во непосредна близина на селото Чепигово. Иако сознанијата пред се говорат за развојот на наведените места во времето после припојувањето од страна на Македонија и особено во периодот на владеење на империјата на Римјаните, сепак не би требало да е спорна одредена територијална автохтоност на Дериопите уште од раната антика. Единствено познато име на личност од областа Дериоп за време на владеењето на античките македонски кралеви е она на офицерот Пеитон, со потекло од Алкомена, кој служел во војската на Александар III. За подоцнежниот римски царски период дознаваме од повеќе пронајдени епиграфски наоди, а со опсежни археолошки истражувања се потврди дека градот Стибера се развил во значаен урбан центар на областа во тој период.

За автохтоното потекло на Пелагонците кои го населувале североисточниот дел од котлината и горниот, прилепски дел од Мариово, исто така може само да претпоставиме. Од два епиграфски наода пронајдени во Атина, дознаваме дека тие имале свое автономно кнежевство пред доаѓањето на Македонците. Во нив се спомнува крал со име Менелај, кој во шеесетите години на IV век п.н.е. во два наврати испратил помош во финансиски средства и во житарки на флотата на стратегот Тимотеј за време на конфликтот на Атина со Халкидиските градови. Откриената монументална гробница на локалитетот Павла Чука помеѓу селата Подмол и Бонче, мошне веројатно била наменета за некој од базилеите на Пелагонците. Според одредени анализи, гробницата била подигната кон крајот на IV век п.н.е., што значи дека тие имале одредена автономија и подоцна, за време на најголемиот процут на македонската држава под Александар III и во времето на неговите наследници. За разлика од сознанијата за три градови во областа Дериоп, за населени места на Пелагонците сè уште не може ништо со сигурност да се каже.

Истражувачите сепак, повеќе дискутираат околу тоа на која поголема етничка група припаѓале Дериопите и Пелагонците, односно нивните размислувања не водат кон постоењето на засебност и автохтоност на двете заедници. За некои од нив и Дериопите и Пелагонците имале Пајонско потекло, а за други дека биле Илирски племиња.

Средновековна историја Денешната местоположба на градот Прилеп потекнува од раниот среден век, кога Прилеп бил многу важен трговски и воено-стратегиски град. Токму во градот Прилеп, по катастрофалниот пораз на самoиловата војска во Беласичката битка, 1014 година, кога ги видел своите ослепени војници, царот Самиул починал од срцев удар.

По смртта на Самуил градот потпаднал под византиска власт, сè до распаѓањето на Византија во 1204 год при четвртиот крстоносен поход. Низ XIII век Прилеп преминува постојано во рацете на новите господари — двапати на деспотите од Епир, двапати на Бугарија, еднаш на царот од Никеја., т.е. под возобновената Византиско Царство.

По смртта на царот Иван Асен II во 1241 година, Прилеп е под власта на епирскиот деспот, а во 1254, под никејскиот цар. Во годините 1257-1258, неколкупати, во пишаните документи се сретнува податок за престојот во Прилеп на намесникот на никејскиот цар Теодор II Ласкарис, познатиот византиски писател Георги Акрополит. Во 1258 година, епирските воени сили успеваат со измама да ја освојат прилепската тврдина и да го заробат Акрополит.

Византија го држи како истурено воено упориште до 1334 година Прилеп заедно со цела Македонија стануваат дел од Српското Кралство, на чело со Стефан Душан.

Прилепско Кралство десно|мини|Приближната територија на Прилепското Кралство по 1377 година

Царот Урош V потпирајќи се врз најверните феудалци, се обидел преку нова прераспределба на земјата и поседи­те и сменувањето на непослушните намесници, да го зачува Српското Царство, но во тоа не успеал, зашто насекаде веќе зела широки раэмери феудалната анархија. Од средината на 60-те години на XIV век, градовите и областите од северна и централна Македонија, кои дотогаш ja признавале власта на Урош V, се осамостоиле и станале јадро на новосоздаденото Прилепско Кралство, на чело со Волкашин. До прогласувањето на Волкашин за крал во 1365 година, тој го управувал Прилепскиот крај како жупан.

По убиството на кралот Волкашин и брат му Углеша во битката со Турците на реката Марица во 1371 година, на чело на Прилепското Кралство дошол син му Марко (1371—1395). Кога дошол на власт Крали Марко веќе имал доста искуство во водењето на државните работи, зашто уште од 60-те години обавувал важни државни мисии. Во првите години на сво­ето кралување, тој успеал да ги зачува границите на Прилеп­ското Кралство. Тогаш, под негова власт покрај Прилеп, биле и Поречката област, Охрид, Дебар, дури и Скопје и Призрен. Според Мавро Орбини, по смртта на Волкашин, од Прилеп­ското кралство биле оттргнати градовите Приштина и Ново Брдо од страна на кнезот Лазар. Во 1372 година Ѓураѓ Балшиќ го зел и Призрен. Околу 1377 година Вук Бранковиќ го оттргнал и Скопje, со што Прилепското Кралство на Крали Марко значително било стеснато кон крајот на 70-те години на XIV век.

Османлиско ропство Прилеп потпаднал под османлиско ропство за време на владеењето на султанот Мурат I, третиот османлиски султан. Според податоците од 1468 година, градот е седиште на нахија и заедно со околу 19 села од истата нахија е вклучен во зијаметот на Хусеин Бег.

Со доаѓањето на Турците, Прилеп од високоразвиен трговски град, се преориентира кон селското производство особено на тутун. Со воведувањето на чифлигарскиот систем во 1528 година во Прилепската нахија имало 16 чифлици, а нивниот број пораснал на повеќе од 30 во 1544/45 година. Во Прилеп во 1564/65 година ќе се случи и првиот поголем бунт на македонскиот народ кон неподносливата турска власт, кога незадоволните Мариовци, ќе направат голем протест, проследен со нереди пред судот во Прилеп. Оваа буна е најстар протест против турските власти во Македонија. Со заповед на султанот Сулејман Величествениот (од 3 октомври 1564 година) биле задолжени скопскиот бег и прилепскиот кадија да преземат енергични мерки за смирување на побунетиот крај. Буната била задушена до крајот на 1565 година.

мини|десно|Западниот ѕид од некогашниот Куршумли ан За градот Прилеп во XVII век повеќе дознаваме од патописот на познатиот османлиски патописец Евлија Челебија кој го посетил градот. Тој, во својот Патопис (Сејахатнаме) меѓу другото запишал:

Насекаде низ Македонија во XVIII век крстосувале арамиски дружини, кои броле од 400-500 луѓе од албанска и турска националност, кои често дејствувале во соработка со одредени феудалци и државни службеници. Познато е дека во 1709 година, закупецот на данокот во Прилеп, Кади-Заде Мустафа, се здружил со арамиите и преку нив вршел притисок врз селаните..

Во XVIII и XIX век во градот се одржувал голем панаѓур, кој бил еден од најголемите во Румелија и траел 25 дена. На панаѓурот доаѓале трговци од Велес, Скопје, Врање, Ниш, Софија, Пловдив, Карлово, Сер, Солун, Битола, Корча, Охрид, Елбасан и други места. Главни производи кои се тргувале на панаѓурот биле: тутун, жито, пиперка, женски ракотворби, особено ќилими, стока и др.

Период на преродбата Во XIX век, во Прилеп учителствувал големиот македонски преродбеник и собирач на народно творештво Димитар Миладинов, заедно со својот помошник Рајко Жинзифов и токму во овој период во контакт со Миладинов, Марко Цепенков (роден прилепчанец) ќе ја прифати идејата на преродбеникот за собирање на македонското народно творештво. Реформите во војската и администрацијата што почнале да ги спроведуваат турските султани од почетокот на XIX век наишле на отпор, особено кај феудалците во Албанија и Босна. Во 1830 година пашата Мустафа Решид Бушатлија од Скадар навлегол во Македонија со цел да ја освои Битола. Меѓутоа, во неколку битки кај Прилеп и планината Бабуна, во април и мај 1831 година бил поразен и се повлекол во Скадар. Во средината на XIX век во Прилеп доаѓа до брз развој на занаетчиството и трговијата. Во овој период во Прилеп биле развиени: казанџискиот, ковачкиот, абаџискиот и ќурчискиот занает, а нешто подоцна почнал да се развива и терзискиот занает. Во 1843 година во Прилеп било отворено првото народно училиште „Св. Кирил и Методиј“, а во 1865 година било отворено и Првото женско училиште, кое од 1880 година било сместено во новоизградена зграда во дворот на црквата „Св. Благовештение“. Во 1865 година била отворена и првата пошта во Прилеп и преку оваа поштенска станица поминувала целата пошта за Западна Македонија. Првиот магацин за откуп и обработка на тутун во Прилеп е изграден во 1873 година со што започнува организираното производство на тутун во Македонија.

Во последната деценија од XIX век и почетокот на XX век се забележуваат и бројни вооружени чети кои дејствувале на македонска територија. Ваквите чети биле уфрлани преку границите и истите со своите активности уште повеќе го расцепкувале единството на народот, вршеле грабежи и убиства и сл. Најпознат од сите водачи на вакви банди во Прилеп и околината бил Ќучук Сулејман. Тој тепал, силувал, неказнето глобувал и потурчувал моми по околните прилепски села. Трпението на прилепчани завршило со чинот на неговиот насилнички акт врз поп Цеко од прекуридските села и неговото грозно убиство (наденат на кол). Поради тоа, Прилепската општина презела мерки за негово ликвидирање. Под раководство на војводата Спиро Црне била формирана чета, која во 1880 година го ликвидирала насилникот. Марко Цепенков, најплодниот собирач на македонски народни умотворби, за да ја напише драмата „Црне Војвода“, бил инспириран токму од овој настан.

мини|десно|Четата на Коне Павлев Во периодот пред создавањето на МРО во Прилепско постоеле и четите на Димо Дедото, Ѓорѓија Лажот и уште неколку такви од арамиски вид (Тале Мелезот, Диме Шикев). Понатаму, Ангеле Мијајлев, Ристо Сурлев, Андреја Башиноселец, Илија од с. Мало Радобил, Јосиф Марковчето, Ицко Бале, Тоде и Иле Бочварчето, Диме и Мијајле Чакреви, Коне Павлев и десетина други се претставници на предорганизациското револуционерно движење. На Тодоровден, 1886 година, четата на ајдутинот Коне Павлев влегла во манастирот „Свети Архангел Михаил” во Варош, но била откриена од Турците и била разбиена.

мини|лево|250п|Улица во Прилеп кон крајот на XIX и почетокот на XX век Во 1889 била отворена и првата аптека во Прилеп, од страна на Џорџу Љонта, Влав од Крушево, која по 10 години ја продал на Дамјан Симитчиев, кој завршил студии по фармација во Лиеж, Белгија.

Во почетокот на XX век Прилеп е центар на Прилепската каза, дел од Битолскиот санџак.