As tartarugas têm sido classificadas de diferentes maneiras por diferentes autores. Embora tenham sido previamente consideradas anápsidas, são agora consideradas mais derivadas. Análises recentes de evidência molecular sugeriram fortemente que elas pertencem ao clado Archosauromorpha (também conhecido como Archelosauria). Abaixo estão muitas das classificações possíveis de Testudines e Testudinata:
Thomson e Shaffer, 2010 Abaixo está um cladograma de testudines viventes encontrado por Thomson e Shaffer em 2010:
Sterli 2010 Abaixo está um cladograma encontrado por Sterli em 2010 numa análise filogenética de Pleurodira:
Joyce, 2007 Abaixo segue um cladograma encontrado por Joyce em 2007 na sua publicação sobre a filogenia das tartarugas:
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