thumb|250px|direita|Morro do Castelo, núcleo original da cidade do Rio de Janeiro (pintura de Eliseu Visconti (1866-1944).
A história da cidade do Rio de Janeiro, no Brasil, principia com sua ocupação por povos ameríndios em época ainda não determinada pela ciência, e segue até os dias de hoje.
Período Pré-Cabralino miniaturadaimagem|Selo brasileiro de 1965 em comemoração aos 400 anos da fundação do Rio de Janeiro
Por volta do ano 1000, a maior parte do atual litoral brasileiro, incluindo o território da atual cidade do Rio de Janeiro, foi invadida por povos tupis procedentes da Amazônia. Eles expulsaram os habitantes anteriores do litoral, chamados de tapuias pelos tupis, para o interior do continente.BUENO, E. Brasil: uma história. 2ª edição. São Paulo. Ática. 2003. p. 19.
No início do século XVI, o território da cidade do Rio de Janeiro era ocupado na sua maior parte pela tribo tupi dos tupinambás, também chamados tamoios. Uma das inúmeras aldeias tupinambás no território da atual cidade do Rio de Janeiro era a aldeia Carioca, cujo nome viria a se tornar, posteriormente, o gentílico da cidade.NAVARRO, E. A. Dicionário de tupi antigo: a língua indígena clássica do Brasil. São Paulo. Global. 2013. p. 555. Somente a atual ilha do Governador (então conhecida como ilha de Paranapuã) era ocupada por uma tribo tupi rival: os temiminós.
Período Colonial A Baía de Guanabara, que banha a cidade do Rio de Janeiro, foi descoberta pelos portugueses em 1º de janeiro de 1502, durante a viagem do florentino Américo Vespúcio de reconhecimento da costa da América Portuguesa. Há controvérsias sobre quem teria sido o capitão-mor dessa expedição, onde alguns autores afirmam ter sido Gaspar de Lemos ou Gonçalo Coelho, que participou da expedição de 1503SILVA, 2017, p. 259.. A baía foi, na ocasião, cartografada pelos navegadores portugueses com a toponímia "Rio de Janeiro". O nome aparece oficialmente pela primeira vez quando a segunda expedição exploratória portuguesa, comandada por Gaspar lemos, chegou em Janeiro de 1502, à baía, que o navegador supôs, compreensivelmente, ser a foz de um rio, por conseguinte, dando o nome à região do Rio de Janeiro.
Em 1503, Américo retorna ao Rio de Janeiro para a construção da feitoria de Cabo Frio, apesar de que existem provas de que ela teria sido fundada na Baía de Guanabara (feitoria da Baía de Guanabara), e os portugueses não teriam especificado exatamente o local por questões de estratégia.FERNANDES, Fernando L. A Feitoria Portuguesa no Rio de Janeiro. História (São Paulo). São Paulo, v. 27, n. 1, p.155-194, 2008. Disponível em: <http://dx.doi.org/10.1590/S0101-90742008000100010>. Acesso em 15 de setembro de 2018.SILVA, 2017, pp. 267-268.
Até a tentativa de colonização francesa, em 1555, como mostra o próximo título, a Baía de Guanabara serviu como porto de passagem de muitos viajantes espanhóis, portugueses e alguns franceses, que se abasteciam com mercadorias e suprimentos e/ou consertavam as embarcações danificadas antes de seguir viagem.SILVA, 2017, 255-322.
Por volta de 1554, os índios chamavam o porto do Rio de Janeiro de "Niterói",STADEN, H. Duas viagens ao Brasil: primeiros registros sobre o Brasil. Tradução de Angel Bojadsen. Porto Alegre/RS; L&PM. 2010. p. 119. nome que viria a designar, a partir de 1834, o atual município de Niterói.
A França Antártica
thumb|direita|250px|Mapa francês de 1555 da baía de Guanabara
A França Antártica se trata de uma tentativa de colonização francesa no interior da atual Baía de Guanabara. Liderados pelo vice-almirante Nicolas Durand de Villegagnon, os franceses chegaram em 1555 na Ilha de Serigipe. Com a aliança de alguns nativos da região, os tamoios, os novos colonos europeus conseguiram erguer o Forte Coligny e expulsaram os nativos temiminós da região, inimigos dos tamoios. A então chamada França Antártica só não se efetivou por completo devido a problemas internos, como questões religiosas, que se somaram ao ataque ao forte dos portugueses, liderados por Mem de Sá, ao forte, em 1560.
A cidade de São Sebastião do Rio de Janeiro miniaturadaimagem|293x293px|Marco padrão da cidade do Rio de Janeiro, no interior da Igreja de São Sebastião dos Capuchinhos, na Tijuca. A cidade de "São Sebastião do Rio de Janeiro" foi fundada por Estácio de Sá em 1° de março de 1565, quando desembarcou num istmo entre o Morro Cara de Cão e o Morro do Pão de Açúcar, erguendo uma paliçada defensiva. Foi a segunda cidade do Brasil, depois de Salvador, fundada em 1549 (antes só havia vilas e aldeias na colônia). O nome era uma dupla homenagem a D; Sebastião, o rei-menino, monarca de jure de Portugal, e a São Sebastião, a quem se atribui um milagre que culminou na fundação da cidade. Na região da Praia Vermelha, Estácio também mandou erigir a igreja de São Sebastião, o primeiro templo religioso da cidade, embora feito de pau a pique.MAURÍCIO, Augusto. Templos históricos do Rio de Janeiro. 2. ed. Rio de Janeiro: Gráfica Laemmert, 1946. miniaturadaimagem|250x250px|Morro do Castelo, com a Fortaleza e a Igreja de São Sebastião no topo, no canto esquerdo o Passeio Público, visto do terraço da Igreja da Glória, por Richard Bate em 1809. A vitória de Estácio de Sá, subjugando elementos remanescentes franceses (os quais, aliados aos tamoios, dedicavam-se ao comércio, ameaçando o domínio português na costa do Brasil), garantiu a posse do Rio de Janeiro, rechaçando, a partir daí, novas tentativas de invasões estrangeiras e expandindo, à custa de guerras, seu domínio sobre as ilhas e o continente. Em 1566, sob a liderança de Cristovão de Barros, o núcleo de começou a se espalhar pelo entorno da Baía de Guanabara, em particular, da Baixada Fluminense, dando início a Capitania Real do Rio de Janeiro, que pertencia a Coroa portuguesa e não a um donatário, como São Vicente ou Pernambuco. Só em 1567, no entanto, com a derrota final dos franco-tamoios em Uruçumirim (Praia do Flamengo), a colonização dos arredores prosperaria.
thumb|esquerda|300px|Gravura representando a fundação da cidade do Rio de Janeiro por Estácio de Sá em 1565
A povoação portuguesa foi refundada no alto do Morro do Castelo (completamente arrasado em 1922), no atual Centro da cidade. O novo povoado marca, de fato, o começo da expansão da cidade fundada pelos portugueses. miniaturadaimagem|250x250px|Igreja de São Sebastião dos Capuchinhos, no Morro do Castelo, durante a transladação dos restos mortais de Estácio de Sá, em 1922, antes da sua demolição. Acervo do Instituto Moreira Salles. Em 1573, o rei D. Sebastião, tendo já atingido a maioridade, deu ao Rio de Janeiro o título de "capital do Brasil" e criou um segundo governo-geral na cidade, colocando sob sua administração a "Repartição Sul," que incluía as capitanias de São Vicente, Rio de Janeiro e Espírito Santo. A Repartição Sul teve uma história conturbada, pois foi desfeita e recriada várias vezes: 1573–1578, 1608–1612 e na década de 1640, durante o governo de Salvador de Sá e Benevides. No entanto, mesmo nos períodos em que o governo da Repartição Sul não foi reconhecido por Portugal, "as capitanias do Rio de Janeiro" se recusaram a responder ao governo-geral de Salvador, levando a uma série de atritos, que culminaram na transferência do governo-geral de Salvador para o Rio em 1763, com o apoio da capitania de Pernambuco.
Durante quase todo o século XVII, a cidade teve um desenvolvimento urbano lento. Uma rede de pequenas ruelas conectava entre si as igrejas, ligando-as ao Paço e ao Mercado do Peixe, à beira do cais. A partir delas, nasciam as principais ruas do atual centro. Porém, com a invasão holandesa no Nordeste brasileiro, a produção de açúcar é aumentada a partir dos vários engenhos que se espalham pela cidade.
Essa importância tornou-se ainda maior com a exploração de jazidas de ouro em Minas Gerais no século XVIII: a proximidade levou à consolidação da cidade como proeminente centro portuário e econômico. Em 1763, o ministro português Marquês de Pombal transferiu a sede do Brasil Colônia de Salvador para o Rio de Janeiro, resolvendo os conflitos entre as repartições norte e sul. Na década de 1770, os governos-gerais dos Estados do Maranhão e do Grão-Pará são igualmente desfeitos, e toda a América Portuguesa passa a ter o governo do Rio como sede.
No início do século XIX, o Rio já era a segunda maior cidade do Brasil, atrás apenas de Vila Rica (atual Ouro Preto). Após a chegada da família real em 1808, a população cresceu rapidamente, e a cidade passou a ser a maior do país. Permaneceria sendo a maior do Brasil até a década de 1950, quando foi ultrapassada por São Paulo.
O Rio de Janeiro foi a capital do Brasil de 1763 a 1960, quando o governo federal foi em grande parte (mas não totalmente) levado para Brasília. Atualmente é a segunda mais populosa cidade do país, depois de São Paulo. Entre 1808 e 1815, foi a capital do "Reino Unido de Portugal e dos Algarves", como era oficialmente designado Portugal na época. Entre 1815 e abril de 1821, sediou o Reino Unido de Portugal, Brasil e Algarves, após elevação do Brasil a parte integrante do Reino Unido. miniaturadaimagem|250x250px|Rua Primeiro de Março e o Morro do Castelo ao fundo, do lado esquerdo do morro, no topo, está o Colégio dos Jesuítas e ao lado deste o antigo Observatório Nacional, vistos da igreja do Carmo. Fotografia de Juan Gutierrez, por volta de 1890. Acervo do Instituto Moreira Salles. Nos séculos XVIII e XIX, muitas casas e fazendas tinham nascentes e poços em seus terrenos. Também havia chafarizes, fontes e bicas, nas quais os moradores buscavam água e a carregavam em potes, barris ou baldes. Outra forma de se conseguir água era comprá-la dos "aguadeiros", escravos que percorriam as ruas em carroças vendendo água de casa em casa. Segundo relatos do professor alemão Hermann Burmeister em seu livro "Viagem ao Brasil", publicado em 1853:
miniaturadaimagem|250x250px|Vista da Lagoa do Boqueirão com o atual Arcos da Lapa e do Convento de Santa Teresa. Pintura de Leandro Joaquim, em 1790.
Período Imperial miniaturadaimagem|250x250px|Na parte superior, a atual Praça XV, do lado esquerdo o Paço Imperial (sede do governo Colonial, Real e Imperial) ao fundo o Convento e Igreja do Carmo (onde D. Pedro I e D. Pedro II foram coroados) e o Chafariz do Mestre Valentim, na frente. Na parte inferior um panorama da cidade com destaque o Corcovado. De Jean-Baptiste Debret, em 1830. alt=Paço de São Cristóvão, atual Museu Nacional, na Quinta da Boa Vista. Foi residência da família de D. João VI e da Família Imperial Brasileira. Em 1862.|miniaturadaimagem|250x250px|Paço de São Cristóvão, atual Museu Nacional, na Quinta da Boa Vista. Foi residência da família de D. João VI e da Família Imperial Brasileira. Em 1862. Após a Independência do Brasil em 1822, a cidade do Rio de Janeiro continuou como capital do império, enquanto a província do Rio de Janeiro enriqueceu com a agricultura canavieira da região de Campos e, principalmente, com o novo cultivo do café no Vale do Paraíba. De modo a separar a província da capital do Império, a cidade do Rio de Janeiro foi compreendida, no ano de 1834, no Município Neutro, passando a província do Rio de Janeiro a ter Niterói como capital. miniaturadaimagem|A antiga Casa de Câmara e Cadeia (Cadeia Velha), atual Palácio Tiradentes, onde ocorreu a Assembleia Constituinte do Brasil de 1823. E a primeira sede da Câmara dos Deputados. Na segunda metade do século XIX, a cidade crescia em ritmo acelerado, com as edificações utilizando madeira amplamente. Com incêndios causando transtornos na cidade, foi criado, em 1855, o Corpo de Bombeiros.
Como centro político do país, a cidade concentrava a vida político-partidária do Império. Foi palco dos Movimentos Abolicionista e Proclamação da República.