Sezonul 2009-2010 a fost al patrulea sezon al celui de-al treilea eșalon al fotbalului românesc de la schimbarea denumirii competiției în Liga a III-a. Problemele grave financiare ale multor echipe au dus la dese schimbări în componența celor șase serii, și la amânarea startului campionatului cu o săptămână (de la 14 august, la 21 august 2009). A fost ultima ediție cu serii alcătuite din 18 echipe, urmând ca din sezonul 2010-2011, Liga a III-a să conțină șase serii de câte 16 echipe. Pentru asta, la sfârșitul acestei ediții au retrogradat echipele clasate între locurile 13 și 18 în fiecare serie, precum și cea mai slab clasată formație de pe locul 12, dintre cele șase care au ocupat această poziție. Pentru stabilirea echipei de pe locul 12 care a retrogradat, pentru fiecare serie, s-a alcătuit un clasament special numai pe baza rezultatelor obținute de echipele de pe locul 12 în jocurile cu echipele de pe locurile 1–11.

În total, au retrogradat în Liga a IV-a 37 de echipe, și au promovat în locul lor 21 de echipe învingătoare în jocurile de baraj desfășurate între formațiile câștigătoare ale campionatelor Ligii a IV-a.

În Liga a II-a au promovat doar cele șase câștigătoare ale seriilor, fiind desființat barajul ocupantelor pozițiilor secunde în urma căruia în sezoanele anterioare alte două formații mergeau în eșalonul secund.

Seria I

<div style="text-align:center"> Poz<div style="text-align:center"> Club <div style="text-align:center"> M<div style="text-align:center"> V<div style="text-align:center"> E<div style="text-align:center"> Î<div style="text-align:center"> GM<div style="text-align:center"> GP<div style="text-align:center"> DG<div style="text-align:center"> PctComentarii 1CF Brăila (C, P)<div style="text-align:center"> 32<div style="text-align:center"> 25<div style="text-align:center"> 6<div style="text-align:center"> 1<div style="text-align:center"> 90<div style="text-align:center"> 18<div style="text-align:center"> +72<div style="text-align:center"> 81<div style="text-align:center"> Promovare in Liga II 2FC Panciu<div style="text-align:center"> 32<div style="text-align:center"> 21<div style="text-align:center"> 3<div style="text-align:center"> 8<div style="text-align:center"> 64<div style="text-align:center"> 32<div style="text-align:center"> +32<div style="text-align:center"> 66 3Petrotub Roman<div style="text-align:center"> 32<div style="text-align:center"> 19<div style="text-align:center"> 7<div style="text-align:center"> 6<div style="text-align:center"> 68<div style="text-align:center"> 30<div style="text-align:center"> +38<div style="text-align:center"> 64 4Politehnica II Iași<div style="text-align:center"> 32<div style="text-align:center"> 17<div style="text-align:center"> 6<div style="text-align:center"> 9<div style="text-align:center"> 60<div style="text-align:center"> 37<div style="text-align:center"> +23<div style="text-align:center"> 57 5Rapid CFR Suceava<div style="text-align:center"> 32<div style="text-align:center"> 16<div style="text-align:center"> 3<div style="text-align:center"> 13<div style="text-align:center"> 58<div style="text-align:center"> 42<div style="text-align:center"> +16<div style="text-align:center"> 51 6Ceahlăul II Piatra Neamț<div style="text-align:center"> 32<div style="text-align:center"> 15<div style="text-align:center"> 5<div style="text-align:center"> 12<div style="text-align:center"> 44<div style="text-align:center"> 47<div style="text-align:center"> -3<div style="text-align:center"> 50 7Politehnica Galați <div style="text-align:center"> 32<div style="text-align:center"> 14<div style="text-align:center"> 6<div style="text-align:center"> 12<div style="text-align:center"> 49<div style="text-align:center"> 47<div style="text-align:center"> +2<div style="text-align:center"> 48 8Willy Bacău<div style="text-align:center"> 32<div style="text-align:center"> 15<div style="text-align:center"> 3<div style="text-align:center"> 14<div style="text-align:center"> 61<div style="text-align:center"> 58<div style="text-align:center"> +3<div style="text-align:center"> 48 9Cetatea Târgu Neamț<div style="text-align:center"> 32<div style="text-align:center"> 14<div style="text-align:center"> 6<div style="text-align:center"> 12<div style="text-align:center"> 47<div style="text-align:center"> 46<div style="text-align:center"> +1<div style="text-align:center"> 4810Oțelul II Galați<div style="text-align:center"> 32<div style="text-align:center"> 14<div style="text-align:center"> 4<div style="text-align:center"> 14<div style="text-align:center"> 51<div style="text-align:center"> 36<div style="text-align:center"> +15<div style="text-align:center"> 4611CSM Focșani <div style="text-align:center"> 32<div style="text-align:center"> 12<div style="text-align:center"> 9<div style="text-align:center"> 11<div style="text-align:center"> 35<div style="text-align:center"> 31<div style="text-align:center"> +4<div style="text-align:center"> 45 12Aerostar Bacău<div style="text-align:center"> 32<div style="text-align:center"> 14<div style="text-align:center"> 2<div style="text-align:center"> 16<div style="text-align:center"> 52<div style="text-align:center"> 46<div style="text-align:center"> +6<div style="text-align:center"> 44 13Pambac Bacău <div style="text-align:center"> 32<div style="text-align:center"> 12<div style="text-align:center"> 7<div style="text-align:center"> 13<div style="text-align:center"> 44<div style="text-align:center"> 48<div style="text-align:center"> -4<div style="text-align:center"> 43<div style="text-align:center">Retrogadare în Liga a IV-a 14CSM Pașcani<div style="text-align:center"> 32<div style="text-align:center"> 11<div style="text-align:center"> 5<div style="text-align:center"> 16<div style="text-align:center"> 43<div style="text-align:center"> 53<div style="text-align:center"> -10<div style="text-align:center"> 38 15Dunărea II Galați <div style="text-align:center"> 32<div style="text-align:center"> 6<div style="text-align:center"> 4<div style="text-align:center"> 22<div style="text-align:center"> 22<div style="text-align:center"> 66<div style="text-align:center"> -44<div style="text-align:center"> 22 16FC Vaslui II<div style="text-align:center"> 32<div style="text-align:center"> 4<div style="text-align:center"> 4<div style="text-align:center"> 24<div style="text-align:center"> 24<div style="text-align:center"> 102<div style="text-align:center"> -78<div style="text-align:center"> 16 17CS Gura Humorului 2<div style="text-align:center"> 32<div style="text-align:center"> 2<div style="text-align:center"> 2<div style="text-align:center"> 28<div style="text-align:center"> 8<div style="text-align:center"> 81<div style="text-align:center"> -73<div style="text-align:center"> 8 18Școala de Fotbal Rădăuți 1<div style="text-align:center"> 0<div style="text-align:center"> 0<div style="text-align:center"> 0<div style="text-align:center"> 0<div style="text-align:center"> 0<div style="text-align:center"> 0<div style="text-align:center"> 0<div style="text-align:center"> 0 <small>1Școala de Fotbal Rădăuți s-a retras din campionat după etapa a șaptea, toate rezultatele obținute fiindu-i anulate.

2CS Gura Humorului s-a retras în retur, pierzând toate meciurile rămase de disputat cu 0-3.</small>

Seria II