Сезон 2008/09 стал для Баварии 44-м в Чемпионате Германии и 109-м подряд со дня основания клуба. Сезон клуб начал под руководством нового тренера, бывшего игрока команды Юргена Клинсмана. Но он столкнулся со сменой поколений. Тренер не мог поставить игру, и результаты не удовлетворили руководство. Вылеты из Кубка Германии и Лиги чемпионов вынудили руководство уволить тренера и назначить исполняющим обязанности главного тренера посреди сезона Юппа Хайнкеса. При нём клуб закончил национальное первенство на 2-м месте.
Состав команды
! colspan="9" bgcolor="#B22222" align="left" | |----- bgcolor="#DFEDFD"
! colspan="9" bgcolor="#B22222" align="left" | |----- bgcolor="#DFEDFD"
! colspan="9" bgcolor="#B22222" align="left" | |----- bgcolor="#DFEDFD"
Трансферы
Пришли в клуб
Лето #№Поз.ИгрокОткудаСуммаДата122Вр Ханс-Йорг Бутт БенфикаСвободный агент1 июля 2008215ПЗ Зе Роберто НасьональАренда1 июля 2008324ПЗ Тим Боровски ВердерСвободный агент1 июля 2008423Защ Массимо Оддо МиланАренда1 августа 2008 Убытки:0
Зима #№Поз.ИгрокОткудаСуммаДата113Нап Лэндон Донован Лос-Анджелес ГэлаксиАренда1 января 2009
Убытки:0
Ушли из клуба
Лето #№Поз.ИгрокКудаСуммаДата11Вр Оливер Кан -Завершил карьеру1 июля 2008229Вр Бернд Дреер -Завершил карьеру1 июля 2008318Защ Андреас Гёрлиц КарлсруэАренда1 июля 2008432Защ Матс Хуммельс Боруссия ДортмундАренда1 июля 2008519Нап Ян Шлаудрафф Ганновер 962.000.0001 июля 2008626ПЗ Хулио Дос Сантос Атлетико ПаранаэнсеСвободный агент1 июля 2008734Нап Сандро Вагнер ДуйсбургСвободный агент1 июля 2008823Защ Марсель Янсен Гамбург8.000.00027 августа 2008 Прибыль:10.000.000
Зима #№Поз.ИгрокКудаСуммаДата12Защ Вилли Саньоль -Завершил карьеру1 января 2009239ПЗ Тони Кроос Байер 04Аренда31 января 2009
Прибыль:0
Общие убытки:0
Общая прибыль:10.000.000
Разница:10.000.000
Соревнования
Бундеслига
Результаты турнира
Турнирная таблица
«Вердер» получил право участия в Лиге Европы как победитель кубка Германии.
Кубок Германии
1-й раунд
2-й раунд
1/8 финала
1/4 финала
Лига чемпионов
Групповой этап
Плей-офф
1/8 финала
1/4 финала
Статистика
Игры и голы
! colspan="16" style="background:#dcdcdc; text-align:center;"| Вратари
! colspan="16" style="background:#dcdcdc; text-align:center;"| Защитники
! colspan="16" style="background:#dcdcdc; text-align:center;"| Полузащитники
! colspan="16" style="background:#dcdcdc; text-align:center;"| Нападающие
! colspan="16" style="background:#dcdcdc; text-align:center;"| Покинули клуб в течение сезона
Бомбардиры +МестоПозицияСтранаИгрокБундеслигаКубок ГерманииЛига чемпионовИтого1НапМирослав Клозе1037202НапЛука Тони1413183ПЗФранк Рибери914144НапЛукас Подольски61295ПЗБастиан Швайнштайгер52296ПЗТим Боровски51177ПЗЗе Роберто41278ЗащМартин Демичелис40049ЗащФилипп Лам310410ЗащДаниэль Ван Бюйтен3014