28S рибосомная РНК — структурная рибосомная РНК (рРНК) большой субъединицы эукариотических цитоплазматических рибосом и, таким образом, одна из основных компонентов всех эукариотических клеток. Она имеет размер 25S у растений и 28S у млекопитающих, отсюда название 25S – 28S рРНК.
В сочетании с 5,8S рРНК на 5'-стороне, это эукариотический ядерный гомолог прокариотической 23S и митохондриальной 16S рибосомной РНК.
Использование в филогении Гены, кодирующие 28S рРНК, называют 28S рДНК. Сравнение последовательностей этих генов иногда используется в молекулярном анализе для построения филогенетических деревьев, например, у простейших, грибов, насекомых, тихоходок, и позвоночных.
Состав 28S рРНК имеет длину, как правило, 4000–5000 нт.
У некоторых эукариот 28S рРНК в рибосоме расщеплена на две части, что может происходить как до сборки рибосомы, так и после сборки. На последнее указывает поверхностное расположение места разреза в одном из исследованийBen-Shem, A. et al. The structure of the eukaryotic ribosome at 3.0 Å resolution. Science. 334, 1524–1529 (2011).. Явление названо «скрытым разрывом» (hidden break).
Базы данных Несколько баз данных предоставляют выравнивания и аннотации последовательностей рРНК LSU для сравнительных целей:
RDP, Проект базы данных рибосом; SILVA, проект базы данных генов рибосомных РНК.
Примечания
Категория:РНК