ДНК-компьютер — вычислительная система, использующая кодирование данных последовательностями молекул ДНК и применяющая к ним технологии молекулярной биологии для выполнения вычислительных операций.Рогожин Ю.В. Универсальные вычисления // Математические вопросы кибернетики. Вып. 8. Сборник статей / под ред. О.Б. Лупанова. — , Наука, Физматлит, 1999. — 320 с. — ISBN 5-02-015318-4 — с. 147-190
История В 1994 году Леонард Адлеман, профессор университета Южной Калифорнии, продемонстрировал, что с помощью пробирки с ДНК можно весьма эффективно решать классическую комбинаторную «задачу о коммивояжере» (кратчайший маршрут обхода вершин графа). — The first DNA computing paper. Describes a solution for the directed Hamiltonian path problem. Also available here: Классические компьютерные архитектуры требуют множества вычислений с опробованием каждого варианта.
Метод ДНК позволяет сразу сгенерировать все возможные варианты решений с помощью известных биохимических реакций. Затем возможно быстро отфильтровать именно ту молекулу-нить, в которой закодирован нужный ответ.
Проблемы, возникающие при этом: Требуется чрезвычайно трудоёмкая серия реакций, проводимых под тщательным наблюдением. Существует проблема масштабирования задачи.
Биокомпьютер Адлемана отыскивал оптимальный маршрут обхода для 7 вершин графа. Но чем больше вершин графа, тем больше биокомпьютеру требуется ДНК-материала.
Было подсчитано, что при масштабировании методики Адлемана для решения задачи обхода не 7 пунктов, а около 200, масса количества ДНК, необходимого для представления всех возможных решений превысит массу нашей планеты.
В 2002 году исследователи из Института Вейцмана в Реховоте, Израиль, представили программируемую молекулярную вычислительную машину, состоящую из ферментов и молекул ДНК. 28 апреля 2004 года, Эхуд Шапиро, Яаков Бененсона, Биньямин Гил, Ури Бен-Дор и Ривка Адар из Института Вейцмана сообщили в журнале «Nature» о создании ДНК-компьютера с модулем ввода-вывода данных.. Also available here: An autonomous molecular computer for logical control of gene expression
В январе 2013 года исследователи смогли записать в ДНК-коде несколько фотографий JPEG, набор шекспировских сонетов и звуковой файл.
В марте 2013 года исследователи создали транскриптор (биологический транзистор).
В 2019 группой молекулярных биологов под руководством Чунлея Го из Рочестерского университета создали на основе ДНК вычислительную систему, способную извлекать квадратные корни из 10-битных чисел.
Принцип работы Нити ДНК имеют в своём составе четыре азотистых основания: цитозин, гуанин, аденин, тимин. Их последовательность кодирует информацию. С помощью ферментов эту информацию можно изменять: полимеразы достраивают цепочки ДНК, а нуклеазы их разрезают и укорачивают. Некоторые ферменты способны разрезать и соединять цепи ДНК в местах, указываемых другими ферментами — лигазами. Таким образом, ДНК-компьютеры могут хранить и обрабатывать информацию. Также, химические реакции на разных частях молекул проходят независимо, параллельно, что обеспечивает высокую скорость вычислений.
Конечный биоавтомат Бененсона-Шапиро Конечный биоавтомат Бененсона-Шапиро — технология многоцелевого ДНК-компьютера, разрабатываемая израильским профессором и Яаковом Бененсоном из Вейцмановского института.
Его основой являются уже известные свойства биомолекул, таких как ДНК и ферменты. Функционирование ДНК-компьютера сходно с функционированием теоретического устройства, известного в математике как «конечный автомат» или машина Тьюринга.
См. также Биоинформатика Квантовый компьютер Молекулярный компьютер Нанокомпьютер Супрамолекулярная химия
Примечания
Ссылки Вычисления на ДНК. ИПМ им. М. В. Келдыша РАН
Категория:Нанотехнологии на основе ДНК Категория:Компьютеры по виду рабочей среды Категория:Квазибиологическая парадигма Категория:Модели вычислений