náhľad|LINE reverzná transkripcia. Mechanizmus reverznej transkripcie s primingom cieľa (TPRT) priamo v mieste integrácie. L1 RNP rozpoznáva hexanukleotidy AAATT a aktivita endonukleázy ORF2 štiepi prvý reťazec DNA. L1 polyA koniec sa spája s presahom TTTT a hostiteľská DNA sa používa ako primer na iniciáciu reverznej transkripcie. ORF2 pravdepodobne tiež sprostredkováva štiepenie druhého reťazca a pripojenie novo syntetizovanej cDNA k templátu DNA, pričom opäť používa hostiteľskú DNA ako primer pre syntézu druhého reťazca. Neretrovirálny retrotranspozón je mobilný genetický element, ktorý patrí ku transpozónom, pretože sa presúva transpozíciou, a patrí ku retrotranspozónom, pretože využíva štádium RNA. Na rozdiel od retrovírusu podobnýého retrotranspozónu, neretrovirálny retrotranspozón vyžaduje na svoju funkciu endonukleázu, nepotrebuje integrázu, resp. transponázu. Podobne ako retrovírusu podobný retrotranspozón, neretrovirálny retrotranspozón vyžaduje na svoju funkciu reverznú transkriptázu.
Chromozómy stavovcov sú tvorené veľkým počtom repetujúcich DNA sekvencií, pričom u ľudí ide o zmutované neretrovirálne retrotranspozómy, ktoré kvôli mutáciám stratili schopnosť premiestňovani v genóme. Nie všetky neretrovirálne retrotranspozómy u človeka stratili schopnosť premiestňovania, evolučne nedávny posun L1 elementu (tiež LINE, ang. long interspersed nuclear element) vyvolal dedičnú hemofíliu kvôli inzercii tohto neretrovirálneho retrotranspozónu do génu kódujúceho zrážací Faktor VIII.
náhľad|Genetická štruktúra myších LINE 1 a SINE. Dole: navrhovaná štruktúra komplexov L1 RNA-proteín (RNP). Proteíny ORF1 tvoria triméry, ktoré vykazujú väzbovú aktivitu RNA a chaperónovú aktivitu nukleových kyselín.
Mechanizmus transpozície neretrovirálneho retrotranspozónu LINE a SINE sú netrerovirálne retrotranspozóny, ktoré tvoria až tretinu ľudského genómu.
LINE L1 element (tiež LINE, ang. long interspersed nuclear element, dlhý rozptýlený jadrový prvok)
Transpozícia L1 elementu začína väzbou endonukleázy a L1 reverznej transkriptázy na L1 RNA. tento trojzložkový komplex sa presunie ku cieľovej DNA a naštiepi jeden reťazec meterskej DNA za uvoľnenia 3´-hydroxylovej skupiny deoxyribózy DNA, pričom tento úsek DNA slúži ako primer na reverznú transkripciu za vzniku RNA-DNA hydridu, ktorý je pripojený ku materskej DNA. Z neho vznikne dvojvláknová DNA vo viacerých krokoch. V ľudskom genóme sa nachádza až viac ako pol milióna kópií LINE neretrovirálnych retrotranspozónov.
SINE náhľad|Ľudské metafázové chromozómy boli podrobené fluorescenčnej in situ hybridizácii so sondou k Alu elementu (zelené signály) a kontrastne farbené na DNA (červená) SINE (ang. short interspersed nuclear element, krátky rozptýlený jadrový prvok) je rodina neretrovirálnych retrotranspozónov, kam patrí Alu element. Alu element nenesie gén pre vlastnú endonukleázu, ani vlastnú reverznú transkriptázu, napriek tomu je namnožený v ľudskom genóme tak veľmi, že tvorí jeden z hlavný konštituentov ľudského genómu. V ľudskom genóme sa nachádza až viac ako milión kópií SINE neretrovirálnych retrotranspozónov.
Predpokladá sa, že SINE neretrovirálne retrotranspozóny zneužívajú na transpozíciu endonukleázy a reverzné transkriptázy iných transpozónov.
Referencie
Pozri aj
retrotranspozón transpozón transpozícia mobilný genetický element DNA transpozón retrovírusu podobný retrotranspozón
Kategória:Molekulárna biológia