Dejiny Japonska sú dejinami ostrovného národa, ktorý zažil dlhé obdobia dobrovoľnej izolácie od okolitého sveta aj obdobie radikálnych zmien a preberania cudzích vzorov.
Predhistorické obdobie Preddžómonské obdobie Archeologické výskumy naznačujú, že prví ľudia prišli na Japonské ostrovy okolo 30 000 pred Kr. Prišli cez pevninské mosty, ktoré počas ľadových dôb spájali Hokkaidó s ázijským kontinentom a najmä z Kórejského polostrova. Existujú však aj dôkazy, ktoré potvrdzujú, že niektorí obyvatelia prišli po mori z juhovýchodnej Ázie počas migrácie smerom k Tichému oceánu.
Obdobie Džómon (14 500 pred Kr. – 900 pred Kr.)
thumb|right|Keramika z obdobia Džomón (10 000-8 000 pred Kr.) Tokijské národné múzeum, Japonsko. Z migrantov, ktorí prišli južnou cestou sa vyvinula džómonská kultúra. V tomto období má pre celú kultúrnu históriu Japonska mimoriadny význam zrod keramiky. To z japonskej keramiky robí najstaršiu keramiku sveta.
Obdobie Jajoi (900 pred Kr. – 300 po Kr.)
Začiatkom prvého tisícročia pred Kr. začala džómonskú kultúru nahrázať nová kultúra zvaná Jajoi (jajoská kultúra), podľa lokality Jajoi v dnešnom tokijskom obvode Bunkjó, kde boli vykopané prvé keramické nádoby pre ňu charakteristické. Jajoiská kultúra vznikla v období, keď do Japonska prišlo množstvo imigrantov z Kórei, ktorí so sebou priniesli pestovanie ryže a technológiu spracovania kovov. S jej príchodom Japonsko vstúpilo do železnej doby. V tomto období sa postupne zvyšoval počet obyvateľov a spoločnosť sa stala komplexnejšou, tkali plátno, žili v trvalých roľníckych dedinách, stavali budovy z dreva a kameňa, získavali majetok prostredníctvom vlastníctva pôdy a uskladňovania obilia a vytvorili zreteľné spoločenské triedy. Jajoiské obdobie trvalo približne 600 rokov, až do konca 3. storočia nášho letopočtu.
Obdobie Kofun (300 – 710)
thumb|right|Železná prilba a brnenie s bronzovou dekoráciou z 5. storočia. Tokijské národné múzeum. Veda ešte stále nedospela k definitívnemu názoru a k jednoznačnej odpovedi na otázku, kedy Japonci vytvorili jednotný štát a sformovali národ. Predpokladá sa, že sa tak stalo medzi 4. a 6. storočím po Kristovi. V tom prípade sa toto obdobie kryje s obdobím kofunskej kultúry, ktorá vystriedala jajoskú kultúru a trvala od konca 3. storočia do konca 7. storočia. Kofunská kultúra sa vyznačovala stavbou veľkých sypaných mohýl (kofunov) slúžiacich ako pohrebiská vládnucej elity. Toto obdobie bolo svedkom nástupu budhizmu a čínskeho písma z ázijského kontinentu a svedkom vzostupu rodu Jamato, mocnej dynastie, ktorá sa koncentrovala v regióne Asuka. Podľa čínskeho modelu vytvorili centrálnu správu a ríšsku sústavu súdov (štátne zriadenie Ritsurijo) a spoločnosť bola organizovaná podľa zamestnaní – farmári, rybári, tkáči, hrnčiari, remeselníci, zbrojári a rituálni špecialisti. Hoci v tomto období už v Japonsku bolo známe čínske písmo, jeho používanie bolo obmedzené na obchodné styky s Kóreou a Čínou. Jedinými písomnými informáciami o živote v Japonsku v tomto období sú čínske pramene.
Japonci začali písať svoje dejiny až v poslednom storočí kofunského obdobia, nazývanom aj obdobie Asuka, podľa vtedajšieho hlavného mesta, kedy prevzali čínske znakové písmo a prispôsobili ho svojmu jazyku. V písanej histórii je prvá zmienka o Japonsku známa z roku 57, kedy bolo prvýkrát spomenuté v čínskych záznamoch ako národ „Wa“ (po čínsky „Wo“) alebo „trpaslík“. Japonská kronika opisuje legendárnejšie dejiny Japonska, podľa ktorých ľudia Japonska majú pôvod v samotných bohoch. Koncom 6. storočia dynastia Jamata definitívne stratila moc (čo na dlhý čas znamenalo aj koniec jednotného Japonska) a vlády sa zmocnili progresívnejšie rodiny orientované na budhizmus. V celku možno toto obdobie považovať za začiatok súčasnej japonskej kultúry.
Obdobie Asuka
Obdobie Asuka sa považuje za prechodné obdobie medzi predhistorickým a novodobým Japonskom.
Japonsko vyšlo z obdobia Kofun, ako krajina, ktorá navonok pôsobila ako jednotný štátny celok, ale v skutočnosti bola zmietaná vnútornými bojmi jednotlivých mocných rodov o nadvládu a vplyv v krajine. Autorita cisára v tomto období bola veľmi slabá a jeho pozícia krehká, pretože skutočnú moc v krajine mali predstavitelia mocných kniežacích rodov združujúcich sa okolo cisárskeho dvora, ktorý medzi sebou bojovali o rozhodujúci vplyv v krajine. Jedným z najmocnejších rodov bol rod Saga, ktorý držal takú veľkú moc, že dokonca podľa ľubovôle dosadzoval a odvolával niektorých cisárov. V priebehu 6. storočia do Japonska preniká budhizmus a nadväzujú sa obchodné a diplomatické kontakty s Čínou a Kóreou, prostredníctvom ktorých preniká do Japonska aj čínske filozofické a politické myslenie - predovšetkým Konfucianizmus. Základnou politickou myšlienkou konfucianizmu je predstava, že hierarchicky usporiadaná spoločnosť s presne vymedzenou deľbou moci a s dominantným postavením panovníka vo všetkých sférach života krajiny, je najlepšou formou vlády. V druhej polovici 6. storočia vzniká v Číne po chaotickom období striedania vlád severných a južných dynastií vláda dynastie Suej, ktorá bola čoskoro nahradená oveľa úspešnejšou a dlhšie trvajúcou dynastiou Tchang. V oboch prípadoch bola štátna moc v Číne koncentrovaná v rukách cisára a jeho dvorského aparátu. Japonsko, naproti tomu vystupovalo pri vtedajšom porovnaní s Čínou ako krajina bez silného centrálneho zriadenia, zmysluplnej a životaschopnej administratívnej štruktúry a s neohrabanými zvykmi. V priebehu 6. storočia sa sformovala na cisárskom dvore silná reformám naklonená a čínskym konfucianizmom inšpirovaná skupina dvoranov, ktorý chceli zreformovať správu a administratívu krajiny podľa čínskeho vzoru. Snaha o reformu správy krajiny získala veľkú podporu najmä po nástupe cisára Šótoku. On a jeho nasledovníci vytvorili efektívny štátny systém, na čele ktorého bola postava cisára. Reformy správneho systému krajiny uskutočnené v tomto období, predovšetkým Reforma Taika z roku 645 a kódex Taiho z roku 701 vytvorili základy nového politického usporiadania v krajine, ktoré bolo v nasledujúcom období Nara plne využité.
Tradičné Japonsko Obdobie Nara (710 – 794)
Založenie hlavného mesta Heidžó-kjó (dnešná Nara) znamená začiatok obdobia Nara, ktoré môžeme charakterizovať postupným vyzrievaním spoločenského zriadenia Ritsurijo inšpirovaného Číňanmi a aktívnym prijímaním ostatných výdobytkov čínskej kultúry a technológií. Obdobie Nara sa stalo aj svedkom rozkvetu všetkých druhov umení. Osobitá kultúra a kultúrne prejavy tohto obdobia vošli do dejín pod spoločným názvom kultúra Tempijo. Boli zostavené prvé diela japonskej literatúry - Japonské historické kroníky, Kodžiki a Nihon Šoki a taktiež prvá z veľkých zbierok japonskej poézie – Manjóšú. Budhizmus dosiahol oficiálne uznanie ako nové štátne náboženstvo a budhistické chrámy sa stavali po celom Japonsku v snahe podoprieť autoritu centralizovaného štátu a cisára. V neskoršom období v snahe, aby sa zabránilo čoraz väčšiemu narastaniu politického vplyvu budhistických kláštorov, ktorým veľkorysými darmi zo strany cisára a šľachty vzrástla hospodárska a politická moc natoľko, že si vydržiavali vlastné vojská a začali súperiť s cisárskym dvorom, cisár preložil hlavné mesto roku 794 do Nagaoky a o 10 rokov neskôr 11. novembra 794 do Heian-Kyo (dnešné Kjóto).
Obdobie Heian (794 – 1185)
Obdobie Heian sa začína preložením hlavného mesta cisárstva do Heian-Kjó (794). Boli to časy ohromnej tvorivosti v literatúre (Gendži monogatari – Príbeh o Gendžim, Kokinšú), náboženstve (prekvital budhizmus sekta Tendai, Šingon) a umení (štýl v architektúre a úprave záhrad, vo zvitkových maľbách a budhistickom sochárstve). Čínske literárne umenie a konfucionizmus nestrácali svoj vplyv, ale japonský jazyk nachádzal omnoho jednoduchšie vyjadrovanie v próze a verši rozvojom slabičného písma kana. V Japonsku taktiež vzniká zenové umenie čajového obradu a aranžovania kvetín (Ikebana). V tomto období síce vládol mier a bezpečnosť, ale politická situácia sa vyhrocovala. Príčinou bola pretrvávajúca decentralizácia Japonska. Jednotlivé provincie mali značný stupeň autonómie a tento stav sa nezlepšil ani nahrádzaním regionálnych vodcov menovanými guvernérmi. Skutočná moc sa preniesla z cisára na náčelníkov klanov, ktorí mali vlastných sluhov a vojenskú družinu, ktorí im boli bezpodmienečne oddaní. V priebehu obdobia Heian stratili cisári aj posledný zvyšok kontroly nad krajinou a vládu prevzal klan Fudžiwara. Jednotliví vodcovia klanov sídliaci v provinciách si však aj naďalej nárokovali právo na ovládnutie celej krajiny. Zlom nastal v roku 1155, kedy trón ostal bez nástupcu a došlo k občianskej vojne Heidži, po ktorej definitívne získali rozhodujúci vplyv na dianie v krajine rodiny Taira a Minamoto, medzi ktorými vypukli najprudšie vzájomné boje o moc a vplyv v krajine. Na konci obdobia Heian, po ďalšej občianskej vojne, bola väčšina rodu Minamoto zavraždená a rod Taira získal vedúce postavenie. Prebrali najdôležitejšie dvorné hodnosti, provinčné funkcie udeľovali svojim spojencom a rozširovali držbu pôdy v snahe ovládnuť úplne cisársky úrad. V roku 1185 v bitke pri Dannoury bol rod Taira porazený rodom Minamoto. Bitkou roku 1185 sa končí obdobie Heian.
Obdobie Kamakura (1185 – 1333)
thumb|Japonskí samuraji nastupujúci na mongolskú loď v 1281. Víťazstvo Minamotov nad Tairami na konci 12. storočia znamenalo začiatok nového režimu. Joritomo Minamoto získal titul šóguna, vojenského zmocnenca cisára a v Kamakure založil svoj šogunát, alebo bakufu. Stal sa diktátorom, ktorý vládol zo svojho tábora za pomoci rodiny a feudálnych zväzkov. Šogún sa stal významnou japonskou inštitúciou, aj keď po Joritomovej smrti bola jeho rodina vyhnaná a moc prevzal rod Hódžó. V 20. rokoch 14. storočia sa vojenskí vazali, nespokojní s rodom Hódžó, zhromaždili okolo cisára Godaiga. S podporou rodu Ašikaga bol Godaigo schopný zvrhnúť šógunát a v roku 1333 znovu založiť to, čo nazýval priamou cisárskou vládou.
Medzi najvýraznejšie rysy tohto obdobia patrí kult bojovníka alebo samuraja, ktorý bol cenený za svoju schopnosť výnimočne zaobchádzať s mečom, pre svoju vernosť, schopnosť znášať bolesť a pripravenosť zabiť v prípade nutnosti aj sám seba. Japonský meč, ktorý bol vyrábaný cechom majstrov, bol tak vynikajúcej kvality, že sa stal predmetom mystického kultu. V tomto období môžeme sledovať aj nástup Zen Budhizmu a vznikanie nových obľúbených budhistických sekt.
Obdobie Muromači (1333 – 1568)
thumb|Skupina cudzincov z Portugalska, 17. storočie, Japonsko. Začiatkom obdobia Muromači je zničenie šogunátu Kamakura silami Ašikagu Takaudžiho, ktorý prešiel na stranu cisára a zvrhol rodinu Hodžo. Postupne sa obrátil aj proti cisárovi a podporil nástupníctvo jedného z princov. Cisár utiekol na juh a postavil sa na odpor. Týmto sa cisárstvo rozdelilo na Severný a Južný dvor, ktoré medzi sebou súperili až do r. 1392. Šogunát nebol schopný držať na uzde ambície mocných guvernérov provincií (Daimjóv), postupne sa rozpadol na množstvo malých, proti sebe bojujúcich štátov, a úplne sa zrútil po vojne Onin v roku 1467. Po tejto vojne nasledovalo storočie občianskych nepokojov známe ako obdobie Sengoku (1467 – 1568). V roku 1543 pristáli v Japonsku prví Európania – portugalskí moreplavci, ktorí prišli na čínskych lodiach, vrátane jezuitského misionára svätého Františka Xaverského a obchodníkov, ktorí premenili Nagasaki z rybárskej dediny na prekvitajúci prístav. V priebehu niekoľkých desaťročí sa tu podarilo rozšíriť kresťanstvo.
Obdobie Azuči-Momojama (1568 – 1600)