За часів четвертинного періоду відбулося вимирання великої кількості видів мегафауни, особливо на межі плейстоцену та голоцену. Проте, масове вимирання видів не припинилося і на кінець плейстоцену, а продовжувалося, особливо на ізольованих островах, так зване голоценове вимирання. Серед основних причин вимирання палеонтологи припускають природну зміну клімату та знищення людьми-мисливцями, які з'явилися в середньому плейстоцені та мігрували до багатьох регіонів світу в пізньому плейстоцені та голоцені. Також розглядається гіпотеза хижацтва другого порядку, яка приділяє більше уваги не прямому збитку, а знищенню представниками роду Homo, хижаків першого порядку. Розглядається також гіпотеза епідемій.
Вимирання плейстоцену або льодовикового періоду Вимирання пізнього плейстоцену заторкнуло багато ссавців вагою понад 40 кг. У Північній Америці вимерло близько 33 з 45 родів великих ссавців. У Південній Америці 46 з 58 В Австралії 15 з 16 В Європі 7 з 23 У Субсахарській Африці тільки 2 з 44
Існують три основні гіпотези вимирання плейстоцену: Вимирання відбулось через зміни клімату, пов'язані з наступом і відступом льодовикових шапок або льодовикових щитів. Тварини були винищені людиноюUpdating Martin's global extinction model. Richard Gillespie. Quaternary Science Reviews. Volume 27, Issues 27–28, December 2008, Pages 2522–2529. Ice Age Refugia and Quaternary Extinctions: An Issue of Quaternary Evolutionary Palaeoecology.. Вимирання мамонта (з будь-якої причині, можливо, знищення людьми) змінило великі луки на березові ліси, а наступні лісові пожежі потім змінили кліматDonald K. Grayson, David J. Meltzer. 2002. Clovis Hunting and Large Mammal Extinction: A Critical Review of the Evidence. Journal of World Prehistory. December 2002, Volume 16, Issue 4, pp 313-359. http://link.springer.com/article/10.1023/A:1022912030020 Geophysical Research Letters, Vol. 37, L15703, Biophysical feedbacks between the Pleistocene megafauna extinction and climate: The first human-induced global warming? Christopher E. Doughty, Adam Wolf, and Christopher B. Field.
Африка і Азія Тропіки Старого світу майже не зазнали плейстоценового вимирання. Африка і Азія є єдиними регіонами, що мають наразі наземних ссавців вагою понад 1000 кг. Тим не менш, під час раннього, середнього і пізнього плейстоцену деякі великі форми тварин зникли з цих регіонів, не будучи замінені видами-нащадками. У південно-східній Азії, найімовірніше, причиною вимирання були зміни клімату
Великі тварини, які зникли в Африці або Азії в ранньому, середньому і пізньому плейстоцені: Жирафи, (в тому числі Sivatherium та Giraffa jumae; Giraffa вимерли в Азії у середньому плейстоцені) Paracamelus Camelus moreli Soergelia Damalops Parmularius Різноманітні Gazella (на кшталт Gazella psolea) Makapania Duboisia santeng Bos acutifrons Мегафауновий вовк Кілька видів бородавочників, на кшталт Metridiochoerus Chalicotheres Deinotherium, Anancus і Mammuthus subplanifrons — родичі слона Hippopotamus gorgops (велетенський бегемот) Хибні шаблезубі кішки, на кшталт Dinofelis Велетенський хижий ведмідь Agriotherium Шаблезубі кішки — Megantereon і Homotherium Велетенський тапір Megatapirus Велетенська мавпа Gigantopithecus Велетенська гієна Pachycrocuta Великі тварини, які зникли в деяких частинах Африки та Азії в пізньому плейстоцені: Велетенський буйвіл (Pelorovis) Велетенський бубал (Megalotragus) Elephas recki (різновид слона) Loxodonta adaurora (різновид африканського слона)
Австралія і Нова Гвінея
Раптова хвиля вимирань відбулася раніше, ніж у Північній і Південній Америці. Більшість доказів вказує на період, безпосередньо після заселення континенту людиною - вважається трохи менш 5000 років після цієї події. Австралійські види, які вимерли: Diprotodon (велетенський родич вомбата) Zygomaturus ("сумчастий носоріг") Hulitherium (великий сумчастий травоїдний) Phascolonus (велетенський вомбат) Palorchestes azael ( сумчастий "тапір") Macropus titan (велетенський кенгуру·) Procoptodon goliah Sthenurus (велетенський кенгуру) Simosthenurus (велетенський кенгуру) Protemnodon (велетенський кенгуру) Propleopus oscillans (всеїдний кенгуру) Wonambi (п'яти-шести метрова австралійська змія) Thylacoleo carnifex (сумчастий хижак розміром з левицю) Varanus priscus (або Megalania prisca) (велетенський варан ) Dromornithidae (Вся родина велетенських птахів. Хоча мали розміри ему, насправді були більше пов'язані з качками та іншими водоплавними птахами )
Деякі зниклі види мегафауни, на кшталт Діпротодонів, могли бути джерелами древніх криптозоологічних легенд.
Північна Євразія
(80,000–4,000 років тому)
Шерстистий мамонт (Mammuthus primigenius) Шерстистий носоріг (Coelodonta antiquitatis) Ірландський лось (Megaloceros giganteus) Homotherium Велетенський білий ведмідь (Ursus maritimus tyrannus) Печерний лев (Panthera leo spelaea) Печерний ведмідь (Ursus spelaeus) Печерна гієна (Crocuta crocuta spelaea) Степовий зубр (Bison priscus) Слонові (Palaeoloxodon) Elasmotherium (Elasmotherium sibiricum ) Stephanorhinus kirchbergensis Етруський ведмідь (Ursus etruscus), предок печерного і бурого ведмедя, дожив до 11 000 років тому вздовж узбережжя Середземного моря. Неандертальці, збереглися близько до 24 000 років тому на Піренейському півострові.
Північна Америка За останні 60 000 років, у тому числі в кінці останнього льодовикового періоду, приблизно 33 роди великих ссавців вимерли в Північній Америці. З них вимирання 15 родів може бути надійно віднесено до короткого інтервалу 9 500 — 8 000 радіовуглецевих років до нашої ери, незабаром після прибуття людей Кловіс у Північну Америку. Більшість інших вимирань погано обмежені в часі, хоча деякі напевно відбулися за межами цього вузького інтервалу На противагу цьому, тільки приблизно півдюжини дрібних ссавців зникли за цей час. Попередні північноамериканські імпульси вимирання сталися наприкінці заледеніння, але не з таким екологічним дисбалансом між великими і дрібними ссавцями. (Більше того, попередні імпульси вимирання було можна порівняти з четвертинним вимиранням; вимерлі види з попередніх вимирань були замінені відповідно більш пристосованими видами, а голоценове вимирання призвело до того, що багато екологічних ніш залишилися незайнятими). У мегафауні вимирання зазнали дванадцять родів травоїдних (H), і п'ять великих хижаків (C). Види вимерлі: Американські коні (Equus, від трьох до п'яти видів) (H) Юконський дикий осел (Equus lambei) (H) Tapirus californicus та Tapirus merriami) (H) Tapirus veroensis (H) Західний верблюд (Camelops hesternus) (H) Північно-американська лама (Hemiauchenia)(H) Оленеві (Cervidae, два роди) (H) Вилоріг (Antilocapridae, два роди) (H) Cervalces scotti (H) Euceratherium collinum та Bootherium bombifrons (наразі в живих лишилися лише Ovibos moschatus) (H) (Bison antiquus) (H) Bison latifrons (H) Castoroides, два види (H) Saiga tatarica (H) Teratorns (C) Neochoerus pinckneyi (H) Eremotherium та Nothrotheriops(H) Megalonyx(H) Paramylodon (H) Glyptodontidae (H) Pampatheriidae (H) Arctodus simus (більший за сьогоденного Ursus arctos) (C) Ведмідь флоридський печерний (Tremarctos floridanus) (C) Smilodon (C) Homotherium serum (C) Велетенський білий ведмідь (Ursus maritimus tyrannus (C) Американський лев (Panthera leo atrox, більший за сьогоденного африканського лева) (C) Американський гепард (Miracinonyx, проте не є справжнім гепардом) (C) Жахливий вовк (Canis dirus) (C) Mammuthus, декілька видів (H) Американський мастодонт (Mammut americanum) (H) Platygonus (H)
Південна Америка Південна Америка була ізольована, як острівний континент, протягом багатьох мільйонів років, і тому мала широкий спектр ссавців-ендемиків, хоча багато з них вимерло під час Великого міжамериканського обміну близько 3 мільйонів років тому. Родини, які пережили обмін: велетенські лінивці, гліптодонти, Pampatheriidae і Notoungulata; всі з них, крім Notoungulata мали експансію до Північної Америки. У плейстоцені, Південна Америка практично не зазнала зледеніння, окрім гірського заледеніння в Андах (Патагонський льодовиковий щит), мегафауна майже не зазнала втрат. На початку голоцену, вся мегафауна вимерла. Їхні дрібні родичі залишилися, в тому числі Vermilingua, Folivora, Dasypodidae; Сумчасті Нового світу: Didelphimorphia, Paucituberculata, і Dromiciops (насправді більше пов'язані з австралійськими сумчастими). У XXI столітті найбільшими наземними ссавцями, які залишилися в Південній Америці, є дикі лами: гуанако і вікуньї та їхні одомашнені аналоги лама і альпака. Інші відомі представники мегафауни, які вижили: тапіри, нанду, ягуари, удави, анаконди, каймани, і велетенські гризуни на кшталт капібари.
Зникли: Smilodon fatalis та populator Arctotherium Велетенські лінивці — три родини Гліптодонти Pampatheriidae Hippidion Коні (Equus) Toxodon Macrauchenia Cuvieronius Stegomastodon
Пізніші вимирання
Середземноморські острови Карликові бегемоти Кіпру (Phanourios minutus), Криту (Hippopotamus creutzburgi), Мальти (Hippopotamus melitensis) і Сицилії (Hippopotamus pentlandi) Козел балеарський (Myotragus balearicus) Майорка і Менорка Карликові слони Кіпру (Elephas кіпріоти), Сицилія, Мальта (E. falconeri) та багатьох інших островів Велетенський лебідь (Cygnus falconeri) Мальти Велетенська соні: Hypnomys mahonensis, Hypnomys morphaeus Prolagus sardus Сардинії і Корсики
Макаронезійські острови Нова Зеландія З 1500 нашої ери кілька видів вимерли після колонізації полінезійцями островів, в тому числі:
Моа, велетенські нелітаючі безкілеві птахи, десять видів Орел Хааста в (Harpagornis moorei) Aptornis, велетенські нелітаючі хижі птахи, два види Chenonetta finschi
Тихий океан, включаючи Гаваї Нещодавні дослідження, на основі археологічних та палеонтологічних розкопок на 70 різних островах, показали, що численні види вимерли в той час, як люди рухалися через Тихий океан, починаючи 30 000 років тому з архіпелагу Бісмарка і Соломонових Островів (Steadman & Martin 2003). Наразі припускається, що 2000 видів птахів Тихого океану вимерли з приходом людей (Steadman 1995). Деякі вимерлі види: Моа-нало, велетенські гавайські качки Нене-Нуї Sylviornis, великий куроподібний птах Нової Каледонії Mekosuchinae крокодили Нової Каледонії, Фіджі і Самоа Meiolania черепахи Лорд-Хау та Нової Каледонії
Мадагаскар За останні 1500 років від прибуття австронезійців на острів була майже повністю знищена мегафауна острову, в тому числі:
Вісім або більше видів епіорнісових 17 видів субфоссильних лемурів, у тому числі: Велетенський ай-ай (Daubentonia robusta) Palaeopropithecidae Pachylemur Archaeolemuridae Megaladapis Велетенська черепаха Малагасійські бегемоти, три види Plesiorycteropus Велетенська Фосса Орел малагасійський вінценосний (Stephanoaetus mahery)
Острови Індійського океану Останні 500 років, вимерло кілька видів на островах від людської діяльності, у тому числі: Кілька видів гігантської черепахи на Сейшельських островах і Маскаренських островах Багато видів птахів на Маскаренських островах, у тому числі додо, Pezophaps solitaria та Threskiornis solitarius.
Кариби Heptaxodontidae Geocapromys columbianus Brotomys
Примітки