W 1799 Filipów liczył 802 mieszkańców, wśród których było 38 rzemieślników (1 rzemieślnik na 21 mieszkańców), zaś liczba domów wynosiła 219. W 1827 Filipów zamieszkiwało 2325 osób w 323 domach. W 1861 Filipów liczył 2551 mieszkańców (w tym 812 Żydów) i 291 dymów, zaś w 1881 – 2247 mieszkańców. W 1907 Filipów zamieszkiwało 2529 osób, w tym 895 Żydów (35,6% mieszkańców), 354 mariawitów, 103 luteran i 28 prawosławnych. W 1840 przy ul. Garbarskiej powstała synagoga, zaś obok niej dom modlitwy i mieszkanie rabina. Funkcjonował także cmentarz żydowski.
W XIX wieku Filipów był ośrodkiem przemysłu włókienniczego. Stanowił także ruchliwy punkt graniczny (dzięki eksportowi towarów do Prus). W 1870, dokładnie 300 lat po otrzymaniu praw miejskich, ze względu na swoje niewielkie rozmiary został zdegradowany do statusu wsi przez władze carskie. W czasach carskich w Filipowie mieścił się II okręg sądowy, któremu podlegały gminy Przerośl, Czostków, Wólka i Filipów, a także agencja pocztowa i apteka. W 1853 miasto posiadało jedną sikawkę strażacką. W XIX w. liczba uczniów w szkołach początkowych wynosiła: w 1838 – 22, w 1850 – 14, w 1860 – 51. Ogólnie w XIX w.