Filipów, podobnie jak inne miejscowości Suwalszczyzny (poza Suwałkami, Augustowem i Sejnami), przeżywał okres stagnacji.

Około roku 1904/1905 Józef Hrynkiewicz, ówczesny wikary tutejszej katolickiej parafii Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny, zaczął wygłaszać kazania nawiązujące do mariawityzmu i postaci Feliksy Kozłowskiej. Następnie z częścią parafian utworzył parafię mariawicką, która około 1909 liczyła 450–600 wiernych. W latach 1910–1912 ukazywało się w Filipowie czasopismo mariawitów w języku litewskim pt. „Marijavitas” będące tłumaczeniem na litewski czasopisma „Mariawita” i redagowane przez Józefa Hrynkiewicza.

I wojna światowa W początkach I wojny światowej w latach 1914–1915, gdy na Suwalszczyźnie toczyły się intensywne walki, Filipów został dość mocno zniszczony – spłonęły zabudowania w 62 gospodarstwach, zaś w całej gminie Filipów poszkodowanych było 270 rodzin. Filipów został zajęty przez Niemców już 12 września 1914, jednak w listopadzie 1914 Niemcy wycofali się z Suwalszczyzny do Prus.