Kiedy przeniosła swoje zainteresowanie na malarstwo portretowe, stworzyła kilka dojrzałych dzieł, takich jak portrety: rzeźbiarza Vernera Åkermana, doktora Moritsa Rubensona, Lisen Bonnier jako rekonwalescentki i Hanny Marcus (Nationalmuseum). To właśnie w portrecie jej sztuka osiągnęła najwyższy poziom. Obok wspomnianych znalazły się tu portrety doktora Hjalmara Lundbohma, K. J. Meijerberga i Oskara Levertina. Portrety te, namalowane w latach dziewięćdziesiątych, były zarazem punktem kulminacyjnym i końcowym sztuki Evy Bonnier.
Związek z Perem Hasselbergiem Podczas pobytu w Paryżu Eva Bonnier poznała rzeźbiarza Pera Hasselberga. Oboje połączył skomplikowany związek uczuciowy. W 1892 roku mieli się pobrać, jednak zaręczyny zostały zerwane. Gdy Per Hasselberg w 1894 roku zmarł nagle na kiłę, Eva Bonnier adoptowała jego nowo narodzoną ze związku pozamałżeńskiego córkę, Julię.