Powrót do Szwecji Eva Bonnier powróciła do Szwecji, do studia przy Hamngatan w Sztokholmie by rozpocząć karierę zawodową. Zrealizowała serię portretów, ale po kilku latach przestała malować z powodu niskiej samooceny artystycznej. Prowadziła niezależne i wyemancypowane życie, różniące się znacznie od życia kobiet tamtych czasów. Dzięki odziedziczonemu majątkowi była niezależna finansowo i nie musiała pracować, by móc się utrzymać. Na przełomie stuleci wykonała kilka przedmiotów artystycznych, które wystawiała na dorocznych wystawach Konstnärsförbundet, ale w 1901 roku opuściła to stowarzyszenie.
Mecenat artystyczny i działalność donacyjna mały|left|Eva Bonnier, Svenskt Porträttgalleri XX, 1901 Po zaniechaniu działalności artystycznej Eva Bonnier poświęciła się publicznemu mecenatowi. Przekazała dużą darowiznę na rzecz udekorowania Sztokholmu. Była jedną z pierwszych osób, które rozpoznały talent Hermana Norrmana i nabyły niektóre z jego największych dzieł. W 1902 roku przekazała jako darowiznę marmurowy posąg Carla Eldha Linnea dla Stockholms högskola, a w 1903 roku posągi Arona Jerndahla Ma się ku zmierzchowi i Portret dla Östermalms folkskola. Począwszy od 1903 roku przekazywała corocznie kwotę 10 tysięcy koron na rzecz dekoracji budynków i miejsc publicznych w stolicy.