Okres XVI, XVII, XVIII wieku Największy rozkwit miasta nastąpił w XVI wieku, zwłaszcza po wcieleniu w 1526 Mazowsza do Korony. Administracyjnie Przasnysz wchodził w skład ziemi ciechanowskiej jako stolica rozległego powiatu. 26 stycznia 1657 po zwycięskiej potyczce z oddziałem brandenburskim stoczonej w rejonie Chorzel pojawił się w Przasnyszu Stefan Czarniecki, ale został zmuszony wycofać się stąd pod naporem przeważających sił Szwedów dowodzonych przez Stenbocka. W mieście rozpoczęły stacjonować wojska szwedzkie. Upadek Przasnysza okazał się niezwykle długotrwały. Dopiero w 2 połowie XVIII w. miasto zaczęło się ponownie rozwijać. W czasie konfederacji barskiej w okolicach Przasnysza mieściła się baza wypadowa oddziału konfederatów słynnego Kozaka Józefa Sawy Calińskiego. W bitwie pod Szreńskiem został ranny, dostał się do niewoli rosyjskiej, zmarł z ran i został pochowany w okolicach Przasnysza w 1771. 13 marca 1794 stanął w Przasnyszu na czele zbuntowanej I Wielkopolskiej Brygady Kawalerii Narodowej gen. Antoni Józef Madaliński. Podczas marszu z Ostrołęki do Krakowa dał sygnał do wybuchu insurekcji kościuszkowskiej.