Obecnie (2025) Międzynarodowy Komitet Ornitologiczny umieszcza wężówkę afrykańską w rodzaju Anhinga jako jeden z czterech gatunków. Dawniej wężówka afrykańska bywała uznawana za jeden gatunek z wężówkami: indyjską (A. melanogaster) i australijską (A. novaehollandiae). Klasyfikację taką zastosowano na przykład w Handbook of the birds of Europe, the Middle East and North Africa (1994) czy Check-list of birds of the world (1979). W 2005 roku Kennedy et al. opublikowali wyniki badania nad filogenetyką wężówek, kormoranów i głuptaków oparte na sekwencjonowaniu mtDNA. Uwzględnili wszystkie wężówki z wyjątkiem indyjskiej. Uzyskane przez nich wyniki wskazywały na odrębność gatunkową wężówek: amerykańskiej (A. anhinga), afrykańskiej i australijskiej.
IOC wyróżnia 3 podgatunki, podobnie jak autorzy HBW.
W 2013 doniesiono o zsekwencjonowaniu po raz pierwszy genomu mitochondrialnego wężówki afrykańskiej. Liczy on 19 385 par zasad. Przed 1994 zsekwencjonowano 16S rRNA (część podjednostki 30S), lecz wyników nie opublikowano.
Drzewo największego prawdopodobieństwa na podstawie Kennedy et al., 2005.