Przez resztę XVI wieku inkwizycja w Sewilli skoncentrowana była głównie na społeczności morysków (chrześcijan pochodzenia arabskiego podejrzewanych o potajemne wyznawanie islamu) oraz pilnowaniu ortodoksji kastylijskich „starych chrześcijan”. Ci pierwsi stanowili około 20% podsądnych trybunału w latach 1560–1599, ci drudzy ponad 40%. Jednakże w latach 1609–1614 społeczność morysków została całkowicie wygnana z Hiszpanii.
W XVII i I połowie XVIII wieku głównym celem inkwizytorów Sewillii byli natomiast potomkowie portugalskich żydów nawróconych na chrześcijaństwo (tzw. „nowi chrześcijanie” lub judaizanci). Podejrzewano ich, podobnie jak piętnastowiecznych marranów, o potajemne wyznawanie judaizmu. W swym ojczystym kraju byli oni prześladowani przez portugalską inkwizycję, toteż od powstania Unii Iberyjskiej (1580) wielu z nich wyjechało do Hiszpanii, licząc, że tamtejsza inkwizycja będzie ich traktować łagodniej. Nadzieje te okazały się płonne – byli oni najsurowiej traktowaną grupą podsądnych hiszpańskiej inkwizycji. Jeszcze w latach 20. XVIII wieku w Sewilli odbyło się kilkanaście autos da fe, w których spalono na stosie 16 portugalskich judaizantów. W 1781 w Sewilli wykonano ostatni w historii hiszpańskiej inkwizycji wyrok śmierci.