Potop szwedzki Okres sprawowanej przez niego funkcji wypada na czas potopu szwedzkiego, który był jedną z największych tragedii w historii Rzeczypospolitej. Mimo iż Lublin był zagrożony atakami zarówno Szwedów, Kozaków, jak i wojsk moskiewskich oraz węgierskich przeor nie uląkł się zbliżającemu niebezpieczeństwu. Gdy wrogie wojska niszczyły kraj w Lublinie dzięki odważnej postawie przeora Górnego, rozwinął się jeden z największy ośrodków augustiańskich w całej Rzeczypospolitej. Wskutek ataków wrogich wojsk i postawy polskich zakonników klasztor wkrótce stał się celem ataków. Wojska szwedzkie, jako iż składały się głównie z wyznawców luteranizmu z wrogim wobec katolicyzmu nastawieniem, przypuścili szturm na klasztor augustiański. W lutym 1656 roku klasztor został spalony i wielu zakonników zostało zamordowanych w trakcie brutalnej napaści. Atak Szwedów nie powstrzymał jednak dalszych działań zakonników dotyczących pełnionej przez nich misji. Z kościoła przyklasztornego skradziono wiele przedmiotów służących do kultu religijnego takich jak szaty, naczynia liturgiczne itp. Następnie zrabowane przez obce wojska przedmioty zostały odkupione przez mieszkańców Lublina.