Z kolei projekty i nazwy łodzi podwodnych pochodziły od artystów 3D i programistów, które po kilku modyfikacjach trafiały do gry.
Prace nad grą rozpoczęły się około 1997 roku. W grudniu 1998 roku silnik gry był już gotowy, a wiele elementów interfejsu i projektu graficznego zostało ukończonych. Silnik, który został stworzony specjalnie dla gry, jest w stanie renderować krajobrazy 3D oraz generować pre-renderowane sprite'y 3D bez przyspieszenia sprzętowego. Pod koniec stycznia 1999 wydano pre-alfę gry do wstępnych testów, która zawierała dwie cywilizacje, częściowe AI, krajobrazy 3D i drzewka technologiczne. W połowie lutego 1999 wszystkie główne funkcje zostały już zaimplementowane w „jakiejś formie”, ale gra nadal wymagała dużo optymalizacji i testów. Początkowo planowano wydać Submarine Titans w czwartym kwartale 1999 roku.
17 grudnia 1999 roku ogłoszono beta-testy trybu wieloosobowego, które rozpoczęły w połowie stycznia i trwały do marca 2000 roku;