W 1848 Zach uczestniczył w praskim Kongresie Słowiańskim jako wiceprezydent delegacji południowo-słowiańskiej i członek delegacji czesko-słowackiej, gdzie był jednym z najaktywniejszych uczestników, redagując razem z Františkiem Palackým jedyny dokument zjazdu: Manifest do narodów Europy. Po przerwaniu kongresu przez powstanie praskie wyjechał do Brna. Z Moraw razem z Bedřichem Bloudekiem 16 września poprowadził kilkusetosobowy oddział ochotników na zachodnią Słowację, doprowadzając do krótkotrwałego powstania przeciw Węgrom. Był członkiem przewodzącej powstaniu Słowackiej Rady Narodowej. Nie mógł pogodzić się z polskim wsparciem dla Węgrów, co wyraził w liście do Czartoryskiego. Skutkiem tego było zerwanie z polskim ruchem.
Wobec niezgody cesarskiego ministra spraw wewnętrznych, Aleksandra von Bacha na pobyt „byłego emigranta i rewolucjonisty” w cesarstwie wyjechał w październiku 1849 do Serbii. W Belgradzie na prośbę Garašanina założył szkołę artylerii, stając się jej dowódcą i nauczycielem. Prowadził ją z przerwami w latach 1850–1859, 1860–1865 i 1868–1874. Szkoła po uzyskaniu niepodległości przez księstwo w 1878 przekształciła się w belgradzką Akademię Wojskową.