Pod jej wpływem jego poglądy polityczne uległy dalszej radykalizacji.
Akcja T4 31 stycznia 1940 roku został oddelegowany do udziału w akcji T4, czyli tajnym programie eksterminacji osób psychicznie chorych i niepełnosprawnych umysłowo. Wcześniej, gdyż już w połowie stycznia, wziął udział w eksperymentalnym gazowaniu ofiar, które przeprowadzono w nieczynnym zakładzie karnym w Brandenburgu. Później jako kierownik ds. medycznych nadzorował eksterminację chorych i niepełnosprawnych, którą prowadzono w ośrodku „eutanazji” zorganizowanym w tym więzieniu. Odpowiadał za gazowanie tlenkiem węgla jednorazowo 18–20 osób. W ten sposób od stycznia do października 1940 zabite zostały w ośrodku 9772 osoby. Eberl prowadził prywatny rejestr ofiar (odnaleziony po wojnie) odnotowując w nim liczby, narodowość i płeć zabijanych.