Po wybuchu II wojny światowej zaangażowała się w pracę w warszawskim ratuszu, 29 września 1939 pod Lwowem poległ jej syn Jerzy Fabrycy, porucznik 7 Pułku Ułanów Lubelskich, a mąż został aresztowany i został zamordowany w Katyniu, o czym dowiedziała się dopiero po zakończeniu wojny. Po upadku kampanii wrześniowej wyjechała do Tarnopola, gdzie przez miesiąc pracowała jako pielęgniarka, a następnie przedostała się do Warszawy. Irena Pawlewska-Szydłowska zaangażowała się w działalność konspiracyjną przyjmując pseudonim Wisła, 1 stycznia 1940 wstąpiła w szeregi Związku Walki Zbrojnej. Razem z Jadwigą Krzemińską i Marią Heleną Gordon założyła pralnię PCK przy ulicy Puławskiej 132 w Warszawie, która była również punktem rozdzielczym tajnej prasy, schronieniem członków ruchu oporu i puntem przerzutowym dla uciekinierów z niemieckich obozów. 23 kwietnia 1941 została dekonspirowana, aresztowana przez gestapo i osadzona na Pawiaku. Razem z transportem lubelsko-warszawskim przybyła 23 września do obozu koncentracyjnego Ravensbrück (numer obozowy 7624), gdzie pracowała fizycznie, ale też była organizatorką życia kulturalnego wśród współwięźniarek. W 1943 została przeniesiona do obozu pracy w Neubrandenburgu, gdzie pracowała w fabryce urządzeń lotniczych.