Z biegiem czasu i zgodnie z potrzebami również Grecy bywali pojmani i przetrzymywani w niewoli jako „schizmatycy” lub pod pretekstem, że będą handlować z Turkami.
W tej grupie znaleźli się również nowi konwertyci – byli muzułmanie (nie zostali wyzwoleni za nawrócenie), a także renegaci, którzy porzucili katolicyzm.
Po przybyciu thumb|Saint George's Square (Misraħ San Ġorġ) w Valletcie, dawny targ niewolników
Jak wszyscy podróżnicy przybywający z morza, jeńcy spędzali kwarantannę na statku lub w Lazzaretto na wyspie Manoela. Następnie klasyfikowano ich według płci, wieku, siły, a wszystkie te cechy wliczały się do ich wartości rynkowej. Jeśli niewolnicy zostali schwytani przez statek należący do Zakonu, rycerze decydowali o ich przeznaczeniu: galerach, służbie domowej, prezentach lub sprzedaży. Gdy zostali schwytani przez licencjonowany statek, kapitan mógł zapłacić Zakonowi określony procent przed sprzedażą za swoją cenę.