geny mitochondrialne COX2 i COX3) wykazały, że S. boulardii i S. cerevisiae w rzeczywistości należą do tego samego gatunku. Sekwencje domeny D1/D2 26S rDNA były w 100% identyczne. Analiza sekwencji mitochondrialnego genu oksydazy cytochromu-c II (COX2) dała w 100% identyczne sekwencje. Kariotypy elektroforetyczne okazały się identyczne, co sugeruje, że S. boulardii nie powinien być uznawany za odrębny gatunekVan der Aa Kühle, A., Jespersen, L. (2003). “The taxonomic position of Saccharomyces boulardii as evaluated by sequence analysis of the D1/D2 domain of 26S rDNA, the ITS1-5.8S rDNA-ITS2 region and the mitochondrial cytochrome-c oxidase II gene”. Systematic & Applied Microbiology. 2003 Nov; 26(4):564-71..
W badaniach z 2007 roku wykazano jednak, że S. boulardii różni się znacząco od S. cerevisiae. Stwierdzono różnice w liczbie kopii genów w regionach subtelomerycznych, jak również w liczbie retrotranspozonów drożdżowych.