Ogólne różnice występowały zarówno na poziomie genomicznym, jak i fizjologicznym, szczególnie w przypadku sporulacji, liczby kopii poszczególnych chromosomów i genów, zdolności do pseudoprzełączania oraz przetrwania w niskich poziomach kwasowości, przy czym dwie ostatnie cechy mają bezpośredni wpływ na probiotyczny charakter Saccharomyces boulardiiEdwards-Ingram, L., Gitsham, P., Burton, N., Warhurst, G., Clarke, I., Hoyle, D., Oliver, S. G., and Stateva, L. (2007). “Genotypic and Physiological Characterization of Saccharomyces boulardii, the Probiotic Strain of Saccharomyces cerevisiae”. Appl Environ Microbiol. 2007 April; 73(8): 2458–2467..
Znaczenie dla zdrowia Saccharomyces boulardii działa jak transporter uwalniający enzymy, białka, czynniki troficzne podczas tranzytu jelitowego, aby poprawić obronę immunologiczną gospodarza, trawienie i wchłanianie składników odżywczych. Jest w stanie wydzielać poliaminy (sperminę i spermidynę) podczas tranzytu jelitowego w celu regulacji ekspresji genów i syntezy białek. S. boulardii łagodzi objawy uszkodzenia jelit i zapalenia wywołanego przez szereg patogenów. Ponadto, S. bouldardii promuje wydzielanie przeciwciała znanego jako Immunoglobina A (IgA) w jelicie czczym szczura (znajdującym się w jelicie cienkim).