Dzięki temu, że pozostali tak długo nieobecni w Krakowie, uniknęli aresztowania i egzekucji w „Sonderaktion Krakau”, do której wydarzeń doszło zaledwie 4 dni przed ich powrotem.
Klinika Chirurgiczna wznowiła swoje działanie, jednak w sierpniu roku 1941 jej kierownictwo objął oficer niemiecki Schörcher, chirurg pochodzący z Monachium, usuwając tym samym ze stanowiska prof. Jana Glatzla. Zaledwie dwa dni po przejęciu kontroli nad Kliniką, Schörcher zwolnił z pracy Józefa Gasińskiego, widząc, iż kompetencje i umiejętności polskiego chirurga znacznie przewyższają jego własne (Gasiński był w stanie wykonać skomplikowaną operację strumy Basedowa w ciągu zaledwie 20 minut, podczas gdy o wiele prostszy zabieg zajął Schörcherowi całe dwie godziny).
Po utracie zatrudnienia w Klinice Chirurgicznej, Gasiński podjął pracę w Ubezpieczalni Społecznej w charakterze chirurga specjalisty, a także w różnych prywatnych lecznicach, w tym w Domu Zdrowia, gdzie zatrudnienie znalazł także jego dawny przełożony, prof. Jan Glatzel. Znaczną część zabiegów, które wykonywali ówcześnie Glatzel i Gasiński stanowiły rany postrzałowe, które pacjenci odnosili w wyniku starć z siłami okupacji.