W latach 1937–1939 był zatrudniony jako docent na Uniwersytecie w Monachium, a ponadto pracował w Seminarium Duchownym we Freising. Gdy w 1939 roku zamknięty został Wydział Teologiczny na Uniwersytecie w Monachium, powrócił do Gdańska, gdzie przygotowywał się do habilitacjiErmlandbriefe, Ostern 2017 Die Dorotheenpredigt Kardinal Ratzingers in der Münchener Michaelskirche am 17. Juni 1979 Von Hans-Jürgen Karp.
W 1943 roku uzyskał habilitację na Wydziale Teologicznym Seminarium Duchownego w Braniewie na podstawie pracy Die Trinitätslehre des Johannes de Ripa, przygotowanej pod kierunkiem prof. Gottlieba Söhngena. Praca ta mogła się ukazać drukiem jednakże dopiero w 1974 roku. W latach 1941–1945 ks. Borchert posługiwał jako duszpasterz w kościołach diecezji gdańskiej. W 1941 roku został kuratusem w Niedźwiedzicy (Bärwalde) – po zamordowaniu 18 grudnia 1940 roku w obozie koncentracyjnym KL Stutthof tamtejszego proboszcza ks. Ernesta Karbauma. W 1942 roku został kuratusem przy kościele parafialnym pw. Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny w Gdańsku. W 1945 roku, razem z innymi niemieckimi kapłanami, został wysiedlony do Niemiec. Przez krótki okres posługiwał w berlińskiej dzielnicy Tempelhof, po czym powrócił na znaną sobie z okresu przedwojennego uczelnię – Uniwersytet w Monachium.