Latem 1939 został zmobilizowany i jako porucznik rezerwy brał udział w kampanii wrześniowej w grupie operacyjnej „Polesie”. Od 6 października 1939 do końca wojny przebywał w niewoli niemieckiej, w tym w Oflagu II C Woldenberg. Rozpoczął wówczas naukę języka arabskiego, początkowo pod kierunkiem Kazimierza Michałowskiego.
W 1945 początkowo powrócił do „Grupy Technicznej”, gdzie objął stanowisko dyrektora administracyjnego. 1 października 1945 rozpoczął pracę w Ministerstwie Spraw Zagranicznych na stanowisku radcy w Departamencie Politycznym. Od stycznia 1946 do 30 września 1948 kierował Wydziałem Konsularnym Poselstwa w Kairze. Jednocześnie dokształcał się w zakresie arabskiego w Instytucie Języków Wschodnich przy Uniwersytecie Amerykańskim w Kairze. Po powrocie do centrali na stanowiskach radcy, starszego radcy i naczelnika wydziału. W tym czasie prowadził także lektorat języka arabskiego na Uniwersytecie Warszawskim.