Pierwsze zachowane zapisy łacińskie związane są z rolniczym charakterem miejscowości. Zapis z 1245 „Villa Colonorum”, pochodzi od słów „villa” – „wieś” i „colonus” czyli „kolonista”. Nazwa ta związana jest ze stanem przywiązanego do ziemi dzierżawcy uprawiającego ziemię. Obecna nazwa Rataje pochodzi od słowa „Rataj” określającego najemnego robotnika wynajmowanego dawniej do prac polowych – głównie do orki. Do pracowników zajmujących się orką nawiązuje także jeden z pierwszych zapisów nazwy wsi w języku łacińskim darowany na 1253 - „Aratorum campum”. Pochodzi on od łacińskiego słowa „campus” oznaczającego „płaskie, równe pole - błonie” oraz od słowa „arator” czyli „oracz, ten kto orze”.
Po rozbiorach Polski jakie miały miejsce w latach 1772–1795, w okresie zaborów, przed traktatem wersalskim w XX wieku Niemcy używali zgermanizowanych nazw wsi – w 1888 „Rattay” oraz „Rattei”http://maps.mapywig.org/m/German_maps/series/100K_KDR_Generalstabskarte/600dpi/KDR100_301_(192)_Posen_ca_1856_nnxqxcZ_BN_Sygn._ZZK_S-8_820_A.jpg. Po odzyskaniu niepodległości Polski w okresie II RP miejscowość nosiła polską nazwę „Rataje”, a Niemcy skracali nazwę do „Rataj” nie stosując polskiej odmiany.