W 1848 r. wyjechał do Skopje, gdzie prowadził szkołę przy soborze Narodzenia Matki Bożej. Nauczał według własnego programu, obejmującego m.in. lekcje dobrego wychowania, arytmetyki, geografii, języków bułgarskiego, serbskiego i rosyjskiego, historii Cerkwi prawosławnej, historii ogólnej, katechezy, gramatyki cerkiewnosłowiańskiej oraz bułgarskiej. W szkole prowadził zajęcia z wykorzystaniem systemu Bella-Lancastera, dającego możliwość kształcenia większej liczby wychowanków. W mieście utworzył Dom Słowiański, razem z uczniami organizował przedstawienia teatralne. Kilkakrotnie wyjeżdżał ze Skopje do Konstantynopola, ponownie był też fałszywie oskarżany przez greckich duchownych o szpiegostwo. Posadę w szkole w Skopju ostatecznie stracił za sprawą starań miejscowego biskupa Joachima, Greka z pochodzenia, który doprowadził do tego, że w styczniu 1857 r. Jordan Chadżikonstantinow został aresztowany przez władze tureckie i usunięty z miasta. Przez rok żył w Belgradzie.