Niedługo później jednak do miasta po raz kolejny weszły oddziały szwedzkie, ponownie wymuszając okup i grabiąc miasto.
Schyłek thumb|lewo|Fragmenty murów w rejonie ulicy Wąskiej Co najmniej do końca XVII wieku fortyfikacje starano się utrzymywać w dobrym stanie, jednak postępująca dalsza rozbudowa terenów podmiejskich i miasta, działała na niekorzyść systemów obronnych. W związku z rozrastaniem się miasta od XVI wieku mury miejskie zaczęły być zabudowywane, a działania te rozpoczęły się przy murach wewnętrznych obok tarnowskiej katedry (aczkolwiek np. zlokalizowany tam dom Mikołajowski na żądanie władz miejskich posiadał korytarz dający dostęp do murów). Z biegiem lat proceder ten narastał, a właściciele miasta próbowali się mu przeciwstawiać, nie wiadomo jednak z jakim skutkiem. Zabudowywano m.in. część ulicy podmurnej, mającej zapewniać swobodny dostęp do murów. Pod koniec XVII wieku tarnowski system obronny, przy szybkim rozwoju techniki wojskowej, był już przestarzały. Ostatnie prace naprawcze przy miejskich obwarowaniach zostały odnotowane w latach 80. XVII wieku, kiedy to naprawiono spalone nakrycia murów oraz wały obronne.