Jeńców strzegła grupa strażników, którymi dowodził por. Kiyoshi Yamaji – w cywilu wykładowca języka angielskiego na Uniwersytecie Tokijskim. Według Gregory’ego F. Michno statek nie przewoził żadnego ładunku poza pasażerami. Z kolei John A. Glusman podaje, że w ładowni nr 3 znajdowały się sztaby niklu oraz skrzynie z częściami samolotowymi.
Jeńców podzielono na sześć grup, każda po około 300 osób. W czasie załadunku miał miejsce alarm lotniczy, stąd Japończycy pośpiesznie upchnęli wszystkich jeńców w górnej części ładowni nr 2, zdolnej w normalnych warunkach pomieścić nie więcej jak 200–300 osób. Jeszcze tego samego popołudnia „Arisan Maru” opuścił Manilę. W obawie przed spodziewanymi amerykańskimi atakami początkowo obrał kurs na południe, po czym na kilka dni zakotwiczył u wybrzeży Palawanu. W tym czasie jeńcy i internowani cierpieli na skutek ścisku, zaduchu i pragnienia. Panująca w ładowni temperatura sięgała prawdopodobnie 49 °C. Sytuację sanitarną pogarszał fakt, że niemal wszyscy więźniowie cierpieli na dyzenterię lub inne choroby układu pokarmowego. Amerykańscy lekarze starali się pomóc chorym i wyczerpanym, jednakże tylko raz załoga wydzieliła im niewielkie ilości lekarstw. Dopiero 13 października Japończycy zgodzili się przenieść 600 jeńców do ładowni nr 1.