Dowódca trałowca stanowczo sprzeciwił się jednak tej propozycji, twierdząc, że niektórzy mogliby zostać uratowani przez amerykański okręt podwodny, a wtedy alianci zdobyliby potencjalnie ważne informacje wywiadowcze.
Masakra rozpoczęła się około 16:00. Przez blisko dwie godziny W-12 krążył w miejscu zatopienia „Suez Maru”, a jego marynarze i ocalali strażnicy metodycznie mordowali rozbitków ogniem karabinów i broni maszynowej. Japońscy świadkowie odnotowali, że w obliczu nieuchronnej śmierci niektórzy jeńcy do końca zachowywali godną postawę, stojąc wyprostowani na tratwach w oczekiwaniu na kule. Gdy zaczął zapadać zmierzch, trałowiec staranował kilka pustych szalup, po czym odpłynął w kierunku Jawy. Do dowództwa w Batawii nadano meldunek drogą radiową, informując, że jeńców „zlikwidowano”, gdy „usiłowali uciec”. Po kilku miesiącach aliantów poinformowano fałszywie, że wszyscy jeńcy zatonęli wraz ze storpedowanym statkiem.
Nie ocalał żaden z jeńców. Zginęło także 69 Japończyków. „Suez Maru” jest zaliczany do grona japońskich „piekielnych statków” (ang. Hellships).
Odpowiedzialność sprawców Podpułkownik Sanso Anami został w lipcu 1946 roku skazany przez aliancki trybunał wojskowy w Singapurze na karę śmierci przez powieszenie.