Kierownicy Wydziałów Generalnego Inspektoratu Sił Zbrojnych; kpt. dr Jan Giergielewicz i kpt. Wiktor Brummer rozpoczęli wykonanie polecenia wywiezienia z Warszawy w dniu 5 września 1939 roku. Część akt tajnych GISZ, ewakuowano z Warszawy autobusem do Brześcia, a następnie pociągiem, mimo stałych bombardowań transportu kolejowego; przez Sarny-Równe-Dubno-Złoczów. 15 września archiwalne akta zostały zbombardowane na stacji kolejowej Brody, w wyniku czego wiele z nich uległo zniszczeniu. Pozostałe akta przekroczyły granicę polsko-rumuńską pod Serafinami 17 września. Druga najcenniejsza część akt była ewakuowana transportem kołowym, przez pracowników archiwum, Bolesława Waligórę i Władysława Bocheńskiego. 18 września przekroczyły one granicę polsko-rumuńską i wraz z pracownikami Archiwum znalazły się w Rumunii, docierając do Băile Herculane, które władze rumuńskie przeznaczyły na stałe miejsce internowania w obozach.