Niektóre akta udało się natomiast przewieźć przez Paryż do Wielkiej Brytanii, gdzie znajdują się do dziś w Instytucie i Muzeum im. gen. Sikorskiego w Londynie oraz do USA (przechowywane są obecnie w Instytucie im. Józefa Piłsudskiego w Nowym Jorku). Resztę materiałów archiwalnych wchodzących w skład zasobu Archiwum przejęli okupanci. Niemcy już jesienią 1939 i na początku 1940 zgromadzili w Filii Poczdamskiego Archiwum Wojskowego w Gdańsku Oliwie ok. 15 tys. mb akt. Wśród nich znajdowały się dokumenty instytucji centralnych polskiego MSWojsk., rodzajów wojsk i służb, jednostek i zakładów wojskowych. W archiwum tym polskie akta wojskowe zostały wstępnie zinwentaryzowane oraz przygotowane do wykorzystania zgodnie z potrzebami władz okupacyjnych. Korzystało z nich Gestapo i SD do prześladowania przede wszystkim byłych powstańców śląskich i wielkopolskich oraz wojskowych. Na przełomie 1944 i 1945 władze niemieckie przetransportowały trzy wagony akt do Poczdamu i Berlina. Archiwalia te zostały następnie przejęte przez wojska radzieckie i wywiezione do ZSRR. Część z nich została odnaleziona w połowie lat 90 w Archiwach Rosyjskich, Litewski i Białoruskich skopiowana i zakupiona do CAW w ramach działalności tzw.