W czasie formowanie się zakonu sōtō świątynie były izolowane geograficznie, ale nie politycznie. Cechą charakterystyczną była sekciarska (w znaczeniu linii przekazu) frakcyjność, np. konflikty między klasztorami Daiji i Eihei, które przenosiły się na prawie całą sieć organizacyjną szkoły. Jednak przed okresem Tokugawy nie wszystkie klasztory należały do jakiejś frakcji. Wiele mniejszych klasztorów unikało konfliktu, gdyż ich opatami stawali się mnisi z różnych linii przekazu. Z drugiej strony czasem nawet klasztory należące do jednej linii przekazu – np. wybudowane przez uczniów Gasana Jōsekiego – Dōsō Dōaia (zm. 1379) i Chikudō Ryōgena – nigdy się nie łączyły. Dopiero w okresie Tokugawy wymuszono na szkole integrację wszystkich klasztorów według jasno określonej hierarchii.
Za koniec wstępnego – średniowiecznego – rozwoju sōtō, przyjmuje się 1570 r. Przyszły kształt szkoły został wyznaczony przez dwa główne wydarzenia: krwawą wojnę na północno-wschodnich terenach Japonii (Hokuriku) oraz politykę religijną regionalnych panów (jap. sengoku daimyō). Dziś trudno ocenić ile klasztorów zostało zniszczonych w trakcie zwycięskiej wojny Ody Nobunagi przeciwko klanowi Asakura (朝倉).