Jednak opaci Sōji-ji wykorzystali z sukcesem model Yōkō-ji i uczynili właśnie ten klasztor głównym.
Sōtō od samego początku istnienia było związane z wiejskimi rejonami Japonii. Uczniowie Dōgena założyli nowe świątynie w odległych miejscach, na północy w rejonie Kaga, na południu w rejonie Higo na wyspie Kiusiu. Keizan z kolei stworzył sieć świątyń od prowincji Kaga do Noto. Olbrzymi rozwój zawdzięcza sōtō jego spadkobiercy Gasanowi (1276–1366) (峨山韶碩), który ze swoimi 13 uczniami wybudował ponad 20 klasztorów w więcej niż 17 prowincjach Japonii. Nowe klasztory można podzielić na 2 grupy: ufundowane przez świeckich patronów (panów z kasty wojowników) oraz wybudowanych przez lokalnych nauczycieli szkoły w celu szerzenia wiary. Jednak prędzej czy później nawet ta druga grupa klasztorów otrzymywała wsparcie od lokalnych władz i ludności. Ostatecznie błyskawiczny rozwój nowych klasztorów szkoły był wynikiem umiejętności mnichów w zdobywaniu poparcia lokalnych ludzi władzy.