Zarzuty obejmowały, m.in.: naruszenie okólnika nr 14, wydanie wicekonsulowi w Bajonnie nakazu wystawiania wiz (dodatkowo bez pobierania opłat), wydanie konsulowi honorowemu w Tuluzie zgody telefonicznie na wystawianie wiz, działanie w sposób narażający na szwank relacje Portugalii z Hiszpanią i Niemcami, fałszowanie paszportów.
19 października 1940 komisja dyscyplinarna wydała werdykt, w którym ze względu na niewykonywanie poleceń służbowych zawnioskowano o degradację. 30 października 1940 Salazar odrzucił tę rekomendację i zdecydował o nałożeniu kary jednego roku zakazu wykonywania obowiązków służbowych z obniżonym do połowy uposażeniem, po którym to okresie Sousa Mendes miał zostać przeniesiony na emeryturę. Dodatkową dolegliwością był ostracyzm społeczny, jaki dotknął Sousę Mendesa i jego rodzinę. Jego status materialny pogorszył się do tego stopnia, że musiał się żywić z rodziną w stołówce wspólnoty żydowskiej w Lizbonie. Po roku jednak przywrócono mu pełną pensję w wysokości 1593 escudo (dla porównania nauczyciel zarabiał wówczas 500 escudo). Pozostawał na ministerialnej liście płac do śmierci. Po zwycięstwie państw alianckich i zakończeniu II wojny światowej Salazar postanowił wykorzystać propagandowo działalność Sousy Mendesa i przedstawiał Portugalię jako państwo przyjmujące uchodźców.