Seleukos II skorzystał z tej sytuacji, pokonując siły Ksantyposa, ptolemejskiego namiestnika podbitych ziem, i odzyskując kontrolę nad większością zajętych przez Egipt terenów; pod władaniem Ptolemeusza pozostały jednak kluczowy port syryjski Seleucja Pieria i niektóre porty Azji Mniejszej. W rejonie Anatolii Egipcjanie kontynuowali działania wojenne pod dowództwem brata króla, Ptolemeusza Andromachou.

Zachowała się informacja, że w trakcie wojny flota Seleukosa została zdziesiątkowana przez sztorm. Z kolei flota Ptolemeusza Andromachou doznała około 245 p.n.e. porażki z rąk Antygona Gonatasa nieopodal wyspy Andros, co może dowodzić, że w toku wojny Macedończycy w jakiś sposób działali wspólnie z Seleukidami przeciw Ptolemeuszom W 242 p.n.e. Seleukos odzyskał kontrolę nad wyspą Arados. Odbił również Antiochię. W pewnym momencie kampanii dotarł pod Damaszek w Celesyrii. Wówczas (lub wcześniej w Syrii) doznał porażki w bitwie z wojskami Ptolemeusza i wycofał się do Antiochii. Porażka ta nie przeszkodziła mu jednak stopniowo odzyskiwać kontroli nad północną Syrią.