W dniu, w którym „lubelski sztab wysiedleńczy” wyjechał z Warszawy, większość została jednak zabita lub deportowana.
Okres „getta szczątkowego” 12 września 1942 roku, gdy „Wielka Akcja” dobiegała już końca, Höfle i jego podwładni opuścili Warszawę. Do kamienicy przy ul. Żelaznej 103 przenieśli się wtedy członkowie tzw. warszawskiego sztabu wysiedleńczego, kwaterujący dotąd w biurach Żydowskiej Służby Porządkowej przy ul. Ogrodowej 17. Ich dowódcą był SS-Untersturmführer Karl Georg Brandt – specjalista do spraw żydowskich w warszawskim Gestapo. Dziewięć dni później z Umschlagplatzu odjechał ostatni transport do Treblinki, a akcja deportacyjna została zakończona.
Po „Wielkiej Akcji” w getcie pozostało – legalnie lub nielegalnie – około 60 tys. Żydów. Warszawska dzielnica zamknięta stanowiła odtąd tzw. getto szczątkowe (niem. Restgetto) – jedno z sześciu w dystrykcie warszawskim, w których Żydzi mieli prawo legalnie zamieszkiwać. Całkowicie straciły na znaczeniu zarówno Judenrat i ŻSP, jak i cywilny urząd niemieckiego komisarza do spraw dzielnicy żydowskiej. Całkowitą władzę w getcie sprawowało odtąd dowodzone przez Brandta Sonderkommando der Sicherheitspolizei-Umsiedlung z siedzibą przy ul. Żelaznej 103.